• Share
  • Email
  • Embed
  • Like
  • Save
  • Private Content
Reaxys
 

Reaxys

on

  • 662 views

Prezentace Jiřího Jiráta

Prezentace Jiřího Jiráta

Statistics

Views

Total Views
662
Views on SlideShare
662
Embed Views
0

Actions

Likes
0
Downloads
3
Comments
0

0 Embeds 0

No embeds

Accessibility

Categories

Upload Details

Uploaded via as Adobe PDF

Usage Rights

© All Rights Reserved

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Processing…
Post Comment
Edit your comment

    Reaxys Reaxys Presentation Transcript

    • ReaxysJiří Jirát, Elsevier Freelance Trainer
    • Agenda• Co je Reaxys? • Co obsahuje a jaké primární zdroje informací zahrnuje?• Pro koho je určen? • Jaká je přidaná hodnota pro různé typy uživatelů?• Online ukázka 2
    • Co je Reaxys?
    • Co je Reaxys?  Pracovní nástroj č. 1 pro výzkumníky v chemii a příbuzných oborech  Rozsáhlá databáze chemických vlastností a reakčních dat reprezentovaných a uspořádaných podle chemie jako organizačního prvku  Zdroj přesných a validovaných experimentálních dat. Odpovědi vysoké kvality, které lze použít s důvěrou.  Jednoduché rozhraní, se kterým lze snadno pracovat. Analytické a plánovací nástroje nabízejí nové a rychlé funkce, které pomohou identifikovat a plánovat syntézu molekul.  Webová aplikace, která zefektivňuje chemický výzkum a pomáhá dosáhnout lepších výsledků. Snadný přístup na adrese www.reaxys.com
    • J. Org. Chem. Co je Reaxys? J. Med. Chem. J. Am. Chem. Soc.• Chemie • ~200 let organické, organokovové a anorganické chemie Heterocycles • Experimentálně validované struktury, chemická a fyzikální data z článků a patentů • Založen na CrossFire Beilstein, CrossFire Applied Spectroscopy Gmelin a Patent Chemistry Database• Intuitivní J. Of Mass Spectrometry • Snadné příjemné webové rozhraní, dostupné kdekoli a kdykoli bez omezení, bez nutnosti instalace • Umožňuje chemikům hledat a filtrovat data Biomolecular Spectroscopy vlastností, navrhovat optimální syntézní cestu, zobrazovat vícekrokové reakce. • Vytvořena vědci pro vědce Biochemical Pharmacology• Pracovní nástroj • Pomáhá vědcům z oblasti „life sciences“ a chemie v průmyslu i akademickém prostředí v Bioorganic and Med. jejich denní práci • Nabízí podporu při rozhodování při hledání relevantních a validovaných chemických Chemistry informací • Pomáhá snížit čas a námahu nutnou při sestavování plánů syntéz Chem. of Natural Compounds Experimental Physiology
    • Co chce chemik vědět?1. Co to je za látku?• Je nová? Patentovaná?• Jaké jsou její fyzikální charakteristiky (mol. hmotnost, bod tání, atd?)2. Co dělá, jak působí?• Je to reagent? Rozpouštědlo?• Jakou má bioaktivitu? Jaké jsou farmakologické účinky?• Je toxická?3. Jak ji mohu připravit?• Jak ji mohu modifikovat?• Jak ji mohu vylepšit?
    • Kde můžete Reaxys potřebovat TO: CHMINF-L@listserv.indiana.edu SUBJECT: [CHMINF-L] Looking for Information My patron is looking for a prep of CAS RN 1603-02-7 which is 4-pyrmidinol, 2,5,6-triamino- 4- (hydrogen sulfate).
    • ‘Standardní’ stará metoda hledání odpovědí –prohrabat se literaturou TO: CHMINF-L@listserv.indiana.edu SUBJECT: [CHMINF-L] Looking for Information One of our searchers at found these two references through . These may provide information relevant to query: Bisheterocyclic synthesis and antimicrobial studies on some biologically significant 2-[N-(3- chloro-4-substituted azetidinone-2)]amino-6-hydroxypurines. Sharma, Pratibha; Kumar, Ashok; Sharma, Shikha. School of Chemical Sciences, Devi Ahilya University, Indore, India. Indian Journal of Chemistry, Section B: Organic Chemistry Including Medicinal Chemistry Dvě citace, žádná data (2004), 43B(2), 385-388. Publisher: National Institute of Science Communication, CODEN: IJSBDB ISSN: 0376-4699. Journal written in English. Synthesis of guanine. Chen, Xin; Wang, Ying. China Pharm. Univ., Nanjing, Peop. Rep. China. Zhongguo Yiyao Gongye Zazhi (1992), 23(1), 32-3. CODEN: ZYGZEA Journal written in Chinese. Message----- -----Original Nezodpovědělo otázku From: xxxxxx Tazatel chce vědět jak, ne jestli a kde To: CHMINF-L@listserv.indiana.edu My patron is looking for a prep of CAS RN 1603-02-7 which is 4-pyrmidinol, 2,5,6-triamino- 4- (hydrogen sulfate).
    • Reaxys extrahuje cenné chemické vlastnosti adetaily reakcí z časopisů a patentů... 1H NMR 300 MHZ
    • ... a nabízí co žádná jiná databáze nemá...• > 29 miliónů reakcí (jak jsou látky připravovány)• vlastnosti pro > 18 miliónu sloučenin
    • Stovky prohledávatelných polí
    • Interoperabilita se Scopusem a Science Direct –úplné řešení pro výzkumníky
    • Výhody Reaxysu• “Více než prostý součet částí” • Jedno rozhraní ke třem kvalitním, ale odděleným samostatným produktům: CrossFire Beilstein, Gmelin a Patent Chemistry Database• Hledání relevantních dat rychleji, snadněji a efektivněji • Zpřístupnění analytických a hodnotících nástrojů založených na „chemickém“ hodnocení k bohaté sadě dat umožní vědcům a společnostem zvýšit produktivitu• Snížené náklady na zaučení a instalaci • Intuitivní webová aplikace a jednoduchý start umožňují uživatelům využít maximum už od začátku• Žádné náklady na údržbu • Reaxys je hostován Elsevierem a zákazníci mají automaticky přístup k posledním vylepšením a okamžitě mají prospěch z rychlého vývojového cyklu• Interoperabilita a možnosti exportu přidávájí významnou hodnotu • Vestavěné odkazy na plné texty u vydavatelů (vč. ScienceDirect) a patentových úřadů • Možný přístup k vlastní knihovně pomocí OpenURL • Data mohou být exportována a použita v různých „in house“ aplikacích
    • Pro koho je Reaxys?
    • Navržen k navracení jasných odpovědí• Jaká chemie se týká daného tématu? • Které sloučeniny mají určité fyzikálně-chemické vlastnosti? • Které sloučeniny vykazují určité biologické efekty?• Existuje tato sloučenina a pokud ano, co je o ní známo? • Je toxická? • Jaké jsou její fyzikální charakteristiky (bod tání, rozpustnost, atd?) • Jsou známy nějaké biologické účinky?• Jak mohu získat danou sloučeninu? Melting Point Solubility • Mohu ji vyrobit, pokud ano, jak? Pharm.Effect • Mohu ji koupit? • Mohu vyrobit něco podobného? • Mohu to udělat lépe?
    • Jak může Reaxys zodpovědět otázky výzkumníků?Stačí jednoduchý dotaz, Reaxys jim dá přesnou odpověď s detailnímiexperimentálními údaji a odkazy na plný text, pokud je potřeba. "...výhoda je, že reakční data jsou již vyextrahována z odkazovaných článků, zatímco SciFinder vrátí seznam odkazů, které je nutno objednat a pak přečíst “ subject librarian, USA
    • Jedinečné nástroje, které ušetří dny čtení• Vytvoření kompletního syntézního plánu se všemi experimentálními detaily• Každý krok je z jiné publikace • Komplexní problémy normálně vyžadující týdny hledání mohou být vypracovány během minut “What you just showed would have taken me a week to do” Dr Andy Liepa, CSIRO Chief Research Scientist and namesake of Liepa phenanthrenes synthesis
    • Pro koho je Reaxys?• Reaxys pomáhá procesu objevování v syntetické chemii a příbuzných disciplinách Procesní inženýr Medicinský chemik Syntézní chemik Chemický inženýr Informační specialista
    • Hodnota Reaxysu pro medicinské chemiky a cheminformatikyMožnost vyhnout se zbytečným experimentům kvůli chybně spočteným datům, díky použití experimentálně ověřených měřených údajů o sloučeninách dodaných přímo až ke stolu, • Bod tání/varu, rozpustnost • Rozdělovací koeficient oktanol/voda • Disociační konstanta pKa • Bioaktivita a toxikologická data, např.: • Inhibiční/efektivní koncentrace (např. IC/EC50) • Vazebné/disociační konstanty (Ki/kd)Vyhnout se těžkopádnému sběru dat použitím “Substance Profiles“ – shromáždění všech dat o jedné látce do jednoho záznamuSnadné porovnání vlivu struktury látky na její vlastnosti • export struktur s jejich daty do tabulek: XLS, WORD, PDF • spojení dat z Reaxysu s interními/externími daty pomocí formátů jako např. SDF (Structure-Data-File), RDF (Reaction-Data-File), MolFiles, Smiles, XMLObjevit příbuzné koncepty v jiných publikacích díky propojení „cited by“ s databázi Scopus
    • Hodnota Reaxysu pro syntetické chemiky• Nejlepší rozsáhlý zdroj informací o reakcích, a to včetně „historického“ obsahu, který je velmi špatně pokryt jinde: časopisecká literatura (1771- ); patentová literatura (1886- ) • Možnost vyhnout se přehlédnutí relevantních a cenově efektivních reakcí • Nalezení rychlých a vyčerpávajících odpovědí na jakoukoli otázku týkající se syntézy• Texty popisující reakční postupy extrahované z patentových publikací + reakční data doručená až na pracovní plochu • Okamžitá validace reakcí založená na datech v kontextu• Hodnocení a filtrování založené na chemickém pohledu • Rozhodnutí, které látky syntetizovat a které kupovat, založená na označeních dostupnosti (commerial-/inhouse*-availability). • Rychlé nalezení „nejlepších“ – nejefektivnějších/nejekonomičtějších – reakcí• Měřené fyzikální/spektrální “otisky prstů“ • Rychlé porovnání produktů pomocí porovnání vlastních dat s publikovanými výsledky• Synthesis Planner, který vybírá a přidává „nejlepší“ reakce k vícekrokové syntézní strategii • Hledání reakcí napříč publikacemi a vývoj nejefektivnější syntézní strategie * Může být vyvinuto ve spolupráci.
    • Hodnota Reaxysu pro chemické a procesníinženýry• Ohromné množství různých měřených vlastností sloučenin přímo na pracovní ploše (ne jen základní vlastnosti) • Možnost vyhnout se nepotřebnýcm drahým experimentům• Hluboce indexovaná reakční data (výtěžek, teplota, tlak, čištění, reakční enthalpie, …) • Okamžité ohodnocení reakčních podmínek a jejich relevantnost• Textové/formulářové zadávání dotazů („Generate structure by name” nebo hledání pomocí názvu, CAS RN, INChI-Key nebo sumárního vzorce) • Podporuje odlišné potřeby vyhledávání různých uživatelských skupin
    • Novinka – prohledávání databáze PubChem• Integrované prohledávání látek z databáze PubChem • spolupráce týmu Reaxys a PubChem • strukturní hledání Reaxysu současné prohledává i látky z PubChem • snadné vyfiltrování sloučenin, které jsou pouze v PubChem • přímé odkazy do PubChem
    • Reaxys Xcelerate• Placená nadstavba nad systémem Reaxys zahrnuje:• AutoPlan • automatické plánování syntézy • sestavení syntéz pro neznámé molekuly na základě podobnosti• Analysis View • přehledná vizualizace výsledků, možnost výběru vlastních parametrů pro klastrování • klastrování dat na základě vybraných taxonomií (látky, reakce, rozpouštědla, katalyzátory)• Enhanced Reporting • obohacené možností sestavování reportů, možnost anotování a sdílení s týmem• … a další • 2D alignment – struktury ve výsledném zásahu zarovnané tak, aby se blížily zobrazenému dotazu • taxonomie – zlepšení přehlednosti a možnost snadnějšího sestavování složitých dotazů (první sada: rozpouštědla, reakce a katalyzátory, během r. 2012 sloučeniny a rozšířená klasifikace katalyzátorů)
    • Mezinárodní ohodnocení ReaxysuŽebříček světových univerzit v chemii – 2010http://www.arwu.org/SubjectChemistry2010.jsp Všech 10 nejlepších výzkumných univerzit a 40 z nejlepších 50 výzkumných univerzit
    • Děkuji za pozornost. Dotazy?Ing. Jiří Jirát, PhDJiri.Jirat@vscht.cz