Kenneth Devloo, 2e Ma CW:MMC<br />Promotors:<br />Philip Dutré<br />Abram Aertsen<br />Distributie en segregatie van cellu...
Inhoud<br />Achtergrond/doel<br />Uitdagingen<br />Algoritme/tests<br />Implementatie<br />Bronnen<br />Planning<br />
Achtergrond/Doel<br />Groei van populatiecellenvolgen<br />Cellenautomatischtracken door videobeelden<br />Filmpje<br />To...
Uitdagingen<br />Wisselendekwaliteitbeelden<br />Robuustheid<br />Geen replica bestaandetoepassingen<br />Gebruik van info...
Algoritme/tests: Software<br />Matlab<br />Fiji<br />Cellprofiler<br />
Algoritme/tests: Algoritme<br />Detectie<br />Beschrijving<br />Tracking<br />Correctie<br />
Algoritme/tests: Detectie<br />Uitdagingen<br />Beeldkwaliteit<br />Overlap<br />Achtergrond<br />
Algoritme/tests: Detectie<br />Preprocessing: wisselendekwaliteit/achtergrondtegengaan<br />Bilateral<br />Normalisatie<br...
Algoritme/tests: Detectietests<br />Thresholding<br />Probleem: histogram<br />Probleem: valse features<br />Oplossing: ac...
Algoritme/tests: Detectietests<br />Bilateral filter<br />Achtergrond/cellen smoothen met respect voor rand<br />Grayscale...
Algoritme/tests: Detectietests<br />
Algoritme/tests: Beschrijving<br />Uitdagingen<br />Nietveelvariatie in 1 cel<br />Omgevingverandert constant<br />Beschri...
Algoritme/tests: Tracking<br />Uitdagingen<br />Verschuivendebeelden<br />Detectienognietzeker 100% correct<br />Meerderep...
Implementatie<br />C++ met openMP<br />Qt<br />openCL?<br />
Implementatie: Tools<br />Fast Bilateral filter (bestaande code)<br />Morfologie op deel van afbeelding<br />Normalisatie<...
Implementatie: Tools<br />Fast Bilateral filter (bestaande code)<br />Morfologie op deel van afbeelding<br />Normalisatie<...
Implementatie: Tools<br />Threshold: iso-data<br />Distance maps<br />
Implementatie: Tools<br />Threshold op distance<br />Region growing<br />
Implementatie: Tools<br />Distance per cel<br />skeleton<br />
Implementatie: Tools<br />Distance per cel<br />skeleton<br />
Implementatie: Tools<br />Growing<br />
Implementatie: Tools<br />Per celanalyse (omrekeingtehouden met variatie per afbeelding)<br />Windowed<br />Hoek<br />Bree...
Implementatie: herbruikbaarheid<br />Weinigafhankelijkheden van klasses<br />Templates<br />Documentatie : file://localhos...
Tekst<br />Abstract<br />Inleiding<br />situering<br />doel<br />Theorie: zonder in te gaan op het probleem zelf de theori...
Bronnen<br />Bestaandetoepassingen<br />Implementatie/test <br />Detection<br />Description<br />Tracking<br />Tiff<br />V...
Planning<br />Tragerdanverwacht<br />2e week febr.: beschrijving<br />25 februari: tracking<br />Begin maart: correctie va...
Vragen?<br />kenneththesis.wordpress.com<br />
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

MasterProef 01/02/11

562 views
499 views

Published on

Published in: Technology
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
562
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
24
Actions
Shares
0
Downloads
1
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

MasterProef 01/02/11

  1. 1. Kenneth Devloo, 2e Ma CW:MMC<br />Promotors:<br />Philip Dutré<br />Abram Aertsen<br />Distributie en segregatie van cellulaire schade in bacteriële populaties<br />
  2. 2. Inhoud<br />Achtergrond/doel<br />Uitdagingen<br />Algoritme/tests<br />Implementatie<br />Bronnen<br />Planning<br />
  3. 3. Achtergrond/Doel<br />Groei van populatiecellenvolgen<br />Cellenautomatischtracken door videobeelden<br />Filmpje<br />Toepassing<br />
  4. 4. Uitdagingen<br />Wisselendekwaliteitbeelden<br />Robuustheid<br />Geen replica bestaandetoepassingen<br />Gebruik van info verschillende frames voorsegmentatie<br />
  5. 5. Algoritme/tests: Software<br />Matlab<br />Fiji<br />Cellprofiler<br />
  6. 6. Algoritme/tests: Algoritme<br />Detectie<br />Beschrijving<br />Tracking<br />Correctie<br />
  7. 7. Algoritme/tests: Detectie<br />Uitdagingen<br />Beeldkwaliteit<br />Overlap<br />Achtergrond<br />
  8. 8. Algoritme/tests: Detectie<br />Preprocessing: wisselendekwaliteit/achtergrondtegengaan<br />Bilateral<br />Normalisatie<br />Detectiemogelijkheden<br />Regio:<br />Morfologie<br />Threshold<br />Watersheds/Floodfill<br />Level set snakes<br />Edge:<br />Canny<br />Flexible hough<br />Wavelet<br />Cellenonderscheiden: tegen overlap<br />Distance maps/Skeletonisation<br />Gebruik van data verschillende frames<br />
  9. 9. Algoritme/tests: Detectietests<br />Thresholding<br />Probleem: histogram<br />Probleem: valse features<br />Oplossing: achtergrondwegwerken<br />Rolling ball algoritme<br />Gray scale morphology<br />
  10. 10. Algoritme/tests: Detectietests<br />Bilateral filter<br />Achtergrond/cellen smoothen met respect voor rand<br />Grayscale morphology<br />Donkereobjectenzoeken<br />Kleinereobjectenelimineren<br />Minder valse features <br />Achtergrondelimineren<br />Histogram meerbruikbaar<br />Floodfill<br />http://kenneththesis.wordpress.com/2010/12/22/preprocessing-thresholding1/<br />
  11. 11. Algoritme/tests: Detectietests<br />
  12. 12. Algoritme/tests: Beschrijving<br />Uitdagingen<br />Nietveelvariatie in 1 cel<br />Omgevingverandert constant<br />Beschrijving<br />Omgeving met SIFT-’achtig’<br />Celzelf, distributie, breedte, lengte, hoek..<br />Positietovpopulatie (relatief)<br />Lengte<br />
  13. 13. Algoritme/tests: Tracking<br />Uitdagingen<br />Verschuivendebeelden<br />Detectienognietzeker 100% correct<br />Meerderepopulaties<br />Tracking<br />Alignment op achtergrond<br />Correctie<br />Kennis van gedeeldecellengebruiken in andere frame<br />Geenbeslissing op algoritme<br />
  14. 14. Implementatie<br />C++ met openMP<br />Qt<br />openCL?<br />
  15. 15. Implementatie: Tools<br />Fast Bilateral filter (bestaande code)<br />Morfologie op deel van afbeelding<br />Normalisatie<br />Threshold: iso-data<br />Distance maps<br />Skeletons<br />Region Growing<br />Region merging<br />->Vormanalyseren<br />
  16. 16. Implementatie: Tools<br />Fast Bilateral filter (bestaande code)<br />Morfologie op deel van afbeelding<br />Normalisatie<br />
  17. 17. Implementatie: Tools<br />Threshold: iso-data<br />Distance maps<br />
  18. 18. Implementatie: Tools<br />Threshold op distance<br />Region growing<br />
  19. 19. Implementatie: Tools<br />Distance per cel<br />skeleton<br />
  20. 20. Implementatie: Tools<br />Distance per cel<br />skeleton<br />
  21. 21. Implementatie: Tools<br />Growing<br />
  22. 22. Implementatie: Tools<br />Per celanalyse (omrekeingtehouden met variatie per afbeelding)<br />Windowed<br />Hoek<br />Breedte<br />Lengte<br />.. <br />
  23. 23. Implementatie: herbruikbaarheid<br />Weinigafhankelijkheden van klasses<br />Templates<br />Documentatie : file://localhost/C:/Users/Kenneth/Desktop/master/html/index.html<br />
  24. 24. Tekst<br />Abstract<br />Inleiding<br />situering<br />doel<br />Theorie: zonder in te gaan op het probleem zelf de theorie(waaronder literatuurstudie dus) overlopen<br />Image processing<br />Detectie/beschrijving/tracking<br />Enkele bestaande (deel-)oplossingen<br />Algoritme Uit de theorie wordt een algoritme samen gesteld en verantwoord voor deze toepassing<br />preprocessing/detectie<br />Beschrijving/tracking<br />Implementatie<br />Technologie+motivering<br />Back-end (algoritme)<br />front-end (gui)<br />Resultaten lineages, gui, verklaring van al dan niet goede resultaten<br />Besluit<br />
  25. 25. Bronnen<br />Bestaandetoepassingen<br />Implementatie/test <br />Detection<br />Description<br />Tracking<br />Tiff<br />Vakken<br />http://kenneththesis.wordpress.com/bronnen/<br />
  26. 26. Planning<br />Tragerdanverwacht<br />2e week febr.: beschrijving<br />25 februari: tracking<br />Begin maart: correctie van gedetecteerdecellen<br />Eindmaart/begin april: applicatie<br />Half mei: tekst<br />
  27. 27. Vragen?<br />kenneththesis.wordpress.com<br />

×