Your SlideShare is downloading. ×
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Plaque assay metode
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Thanks for flagging this SlideShare!

Oops! An error has occurred.

×
Saving this for later? Get the SlideShare app to save on your phone or tablet. Read anywhere, anytime – even offline.
Text the download link to your phone
Standard text messaging rates apply

Plaque assay metode

2,886

Published on

0 Comments
1 Like
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

No Downloads
Views
Total Views
2,886
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0
Actions
Shares
0
Downloads
23
Comments
0
Likes
1
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. Plaque Assay Metodeassay adalah suatu teknik yang digunakan untuk mengisolasi dan memurnikan virus dan untukmenentukan titer virus (konsentrasi terendah virus yang mengakibatkan infeksi). Sebuah uji plak,awalnya disebut alat tes virologi, dikembangkan untuk mengukur dan menghitung infektivitasbakteriofag. Menurut Biologi-Online.org, belakangan juga diterapkan untuk menghitung virusmamalia. 1. Fakta o plak adalah, konfluen monolayer budaya sel. Membentuk sebagai akibat infeksi dari salah satu sel oleh partikel virus tunggal, menurut Biologi-Online.org. Setelah sel terinfeksi, virus bereplikasi dan akhirnya membunuh sel. Selanjutnya, virus baru direplikasi partikel menyebar, menulari dan membunuh sel-sel di dekatnya. Fungsi o Dalam uji plak, budaya pertama diwarnai dengan pewarna tertentu. Noda ini mati hanya layak (hidup) sel, menurut Biologi-Online.org. Akibatnya, sel-sel mati muncul tak bercacat dalam budaya, terhadap latar belakang dicelup. Saat ini, alat tes plak diterapkan untuk mendeteksi sel-sel yang menghasilkan antibodi yang menghancurkan eritrosit oleh hemolisis. Fitur o Eritrosit adalah sel (juga disebut sel-sel darah merah) yang mengandung hemoglobin dan transportasi oksigen dan karbon dioksida dalam darah, dari paru- paru dan jaringan. Hemolisis terjadi ketika istirahat hemoglobin eritrosit terbuka dan rilis, menurut Biologi-Online.org. Akibatnya, dalam uji plak, dasar adalah plak jelas dan menunjukkan bahwa sel-sel darah merah telah hemolysed oleh antibodi. Metode Bagian I o pengenceran Sepuluh kali lipat dari stok virus dipersiapkan sebelum melakukan uji plak dan aliquiots 0.1ml diletakkan ke monolayers sel. Campuran ini diinkubasi selama jangka waktu tertentu sehingga virus memiliki waktu untuk menyerang sel. Selanjutnya, monolayers dijamin dengan media nutrisi yang mengandung zat (biasanya agar-agar), menurut "Mendeteksi Virus: Sebuah Uji Plak" oleh Vincent Racaniello. Bentuk gel medium nutrisi dan setelah budaya adalah diinkubasi, sel-sel yang terinfeksi virus keturunan asli rilis. Gel membatasi penyebaran virus ke sel-sel di sekitarnya, dan sebagai hasilnya, partikel menular menghasilkan zona melingkar yang disebut plak. Dengan waktu, plak tumbuh ke
  • 2. ukuran yang terlihat dengan mata telanjang dan pewarna yang digunakan untuk meningkatkan tampilan. Metode Bagian II o Titer virus dihitung dalam plak membentuk unit, disebut PFU, per mililiter. Mereka dihitung dan, kesalahan diminimalkan, piring hanya yang mengandung antara 10 dan 100 dihitung plak. Selanjutnya, sesuai dengan "Mendeteksi Virus: Sebuah Uji Plak," untuk setiap 100 plakat menghitung titer yang sama akan berbeda-beda menurut plus atau minus 10 persen. Oleh karena kesalahan estimasi alat tes plak adalah sekitar 10 persen, jika dilakukan dengan benar.Viral Plaque tesDalam tes plak virus, struktur terlihat terbentuk dalam kultur sel yang terkandung dalambeberapa media hara (seperti agar-agar). Dengan menyebarkan dalam kultur sel, virusmenghasilkan zona kerusakan sel yang dikenal sebagai plak. Plak ini dapat dideteksi secaravisual-kadang-kadang dengan mata telanjang, dan kadang-kadang melalui teknik lain sepertipewarnaan, mikroskop, hemadsorption atau immunofluorescence, untuk beberapa nama. Denganmendeteksi dan mengevaluasi plakat ini, seorang peneliti dapat mengukur aktivitas virus danefektivitas, serta virus efektif enumerasi. Dasar dari teknik ini adalah untuk mengukurkemampuan suatu infeksi tunggal virus untuk membentuk "plak" di konfluen monolayer budayadari sel . Sebuah plak terbentuk sebagai hasil dari infeksi dari satu sel oleh satu virus partikeldiikuti dengan replikasi dari virus , dan akhirnya, pada kematian dari sel . Yang baru diulangvirus partikel kemudian akan menginfeksi dan membunuh sekitar sel . The budaya kemudianakan diwarnai dengan pewarna , yang hanya noda yang layak sel tetapi tidak mati sel . Olehkarena itu, orang mati sel-sel dalam plak akan muncul tak bercacat terhadap latar belakangberwarna.Saat ini, uji plak diterapkan untuk mendeteksi sel-sel memproduksi antibodi yangmenghancurkan eritrosit (oleh hemolisis ). dasar adalah jelas plak yang menunjukkan sel-seldarah merah telah hemolysed oleh antibodi .http://elispot.tripod.com/defs/viral-plaque-assays.htmlhttp://www.ehow.com/about_5480231_plaque-assay-method.htmlJumat, 26 November 2010bakteriopage. Jelaskan bentuk dan struktur virus bakteriofage!Bakteriofage ialah virus yang menginfeksi bakteri . Walaupun spektrum bakteri yang dapat diinfeksi satubakteriofage itu terbatas, banyaknya bakteriofage yang ada tak terhitung jumlahnya itu maka sangatmungkin bahwa paling sedikit terdapat satu bakteriofage untuk setiap tipe bakteri.
  • 3. Komposisi dan struktur kimia.Bakteriofage terdapat dalam bentuk-bentuk pilihan dan, seperti virus hewan, semuanya mempunyaikapsid protein yang membungkus asam nukleat bakteriofage. Beberapa juga mempunyai strukturkompleks yang digunakan untuk menempelkan bakteriofage pada sel yang rentan.Kepala bakteriofage, yang berisi asam nukleat, sering ikosahedral, tetapi ada beberapa bentuk lain lain,termasuk bentuk bulat dan gilig (silindris). Tidak semua bakteriofage mempunyai ekor; diantaranya yangmempunyai, terdapat cukup keanekaragaman dalam strukturnya.2. Mengapa ada orang yang tidak setuju memasukkan virus sebagai makhluk hidup.Virus bukanlah prokariota (organisme bersel satu, terkadang berkoloni, sel-selnya tidak memilikinukleus, mitokondria, plastida, aparat Golgi, mikrotubulus). Virus hampir tidak memiliki ciri-ciri khaseukariota dinding peptidoglikan, ribosom, dan sebagainya. Mereka tidak memiliki mesin enzimatik untukmembuat ATP atau melakukan aspek-aspek lain dari metabolisme. Mereka tidak mampumemperbanyak diri sendiri. Sebenarnya, mereka gagal mencukupi sedemikian banyak kriteriakehidupan, sehingga bahkan tidak dapat dianggap sebagai makhluk hidup.Virus adalah partikel yang terdiri atas inti yang mengandung asam nukleat (dan sering kali molekulprotein pula) yang dikelilingi oleh kapsid yang terbuat dari protein, dan kadang-kadang, molekul-molekullain misalnya lipid. Kapsid itu berfungsi untuk menyuntikkan inti kedalam sel inang yang sesuai. Asamnukleat dalam inti itu – DNA pada beberapa virus, RNA pada yang lainnya – membawa sejumlah genyang dapat menggulingkan mesin metabolik sel inang untuk membuat partikel virus yang baru. Padasituasi tertentu, gen-gen virus bakteri dapat bergabung ke dalam genom sel inang, suatu proses yangdisebut lisogeni. Fenomena serupa terjadi pada sel-sel hewan dan, kadang-kadang, dapat menyebabkansel inang menjadi bersifat kanker.Jadi apakah virus itu ? Ialah suatu asam nukleat yang dapat menginfeksi, dikemas dalam rakitan makromolekul (kapsid) yang sebagian besar menentukan sel-sel apa yang dapat diinfeksinya. Kalau sudahterdapat di dalam sel inang, maka asam nukleat yang dapat menginfeksi ini dapat melakukan satu ataudua hal. Asam nukleat tersebut pada hakekatnya dapat menggulingkan seluruh mesin metabolikinangnya (sebagai contoh, enzim-enzim produksi ATP, ribosom, tRNA) untuk satu tujuan : membuatsalinan tambahan dari dirinya sendiri (dalam daur lisisnya). Atau, asam nukleat itu dapat bersembunyiuntuk sementara menyamar sebagai bagian dari genom inangnya sendiri. Akibatnya bagi inang mungkinkecil saja, umpamanya sariawan yang kadang-kadang melanda sebagai stress pengeksposan terhadapcahaya mengubah injeksi virus herpes simpliks yang laten (HSV) menjadi lisis. Tetapi akibatnya dapatparah karena sel inang yang terinfeksi dapat terlepas dari mekanisme pengaturan normal pada tubuhdan tumbuh secara tidak terkendali menjadi kanker.Menentukan apakah virus itu hidup atau tidak. Virus sebagai satuan biologi yang dalam keadaan sendiritidak memiliki kehidupan , sebab virus memanifestasi kehidupan seperti yang diukur oleh reproduksihanya setelah berhasil memasuki sel inang yang rentan. Jadi, virus berada dalam daerah semantiksamar-samar antara ‘hidup’ dan ‘tidak hidup’, statusnya bergantung kepada apakah virus berkembangbiak di dalam sel yang rentan atau apakah virus berada dalam keadaan ekstraselula.Salah satu komponen yang tidak dimiliki semua virus adalah sistem pembangkit ATP. Sintesis biologismemerlukan energi, dan energi ini disediakan pada ATP sebagai energi kimia dalam bentuk ikatan fosfatberenergi tinggi. Namun, untuk kehidupan mandiri, sel harus melakukan oksidasi untuk menyediakanenergi bagi pembangkitan (regenerasi) ikatan fosfat berenergi tinggi yang diperlukan untuk reaksi
  • 4. biosintesis. Tidak ada virion (partikel virus) yang mempunyai sisten regenerasi ini; oleh karena itu harusmengandalkan sistem pembangkit ATP yang ada dalam sel inang yang diinfeksi. Komponen kedua yangtidak dimiliki virus, dan yang harus disediakan inang adalah komponen struktural untuk sistesis protein,yaitu ribosom. Sintesis protein apapun memerlukan asam ribonukleat (RNA pesuruh) terikat padaribosom hingga masing-masing asam amino dapat disalurkan untuk membentuk protein. Virion memangmembawa asam ribonukleatnya sendiri (RNA) atau asam deoksiribonukleat (DNA), tetapi sejauh yangdiketahui kini, semua virus harus menggunakan ribosom sel inang untuk sintesis protein. Ciri lain yangkhas hanya pada virus adalah bahwa sementara semua bentuk kehidupan lain mengandung RNA danDNA, virus hanya mengandung satu tipe asam nukleat; dalam suatu hal kandungan itu adalah RNA, dandalam keadaan yang lain DNA, tetapi tidak pernah keduanya.3. Jelaskan cara berkembang biak bakteriofage.Replikasi.Urutan peristiwa yang berlangsung selama replikasi bakteriofage sama untuk kebanyakan bakteriofage;langkah-langkahnya sebagai berikut.Virion melekat di permukaan sel inang. Protein-protein kapsidnya bertugas menyuntikkan inti DNA kedalam sel. ♣Setelah berada di dalam sel, beberapa dari gen bakteriofag (gen-gen ♣ “awal”) ditranskripsi (oleh RNApolimerese inang) dan ditranslasi (oleh ribosom inang, tRNA, dan lain-lain) untuk menghasilkan enzimyang akan membuat banyak salinan dari DNA bakteriofage dan akan membunuh (bahkanmenghancurkan) DNA inangnya.Begitu kopi baru dari DNA itu terkumpul, gen-gen lain (gen-gen ♣ “akhir”) ditranskripsi dan ditranslasiuntuk membuat protein-protein kapsid.Timbunan inti DNA dan protein kapsid dirakit menjadi virion yang lengkap. ♣Gen “akhir” yang lain ditranskripsi dan ditranslasi menjadi molekul ♣ lisozim. Lisozim ini menyerangdinding peptidoglikan (tentu saja dari dalam). Akhirnya sel itu robek dan mengeluarkan kandunganvirionnya. Kini daur tersebut lengkaplah sudah dan siap untuk diulang.Penyerapan.Penyerapan bakteriofage terjadi ekor dulu pada tempat reseptor yang khas pada dinding sel bakteri.Infeksi tidak dapat terjadi tanpa penyerapan; jadi, apabila bakteri kehilangan kemampuan untukmensintesis reseptor bakteriofage yang khas, bakteri akan menjadi resisten terhadap infeksi.Penetrasi.Setelah penyerapan, bakteriofage menginjeksikan asam nukleatnya ke dalam sitoplasma bakterisementara kapsid protein tetap di luar bakterium. Perhatikan bahwa prosedur ini tidak seperti yangdiikuti pada virus hewan, yang harus memasuki sel inangnya sebelum terjadi penanggalan selubung.Transkripsi DNA Bakteriofage.Langkah yang terlibat dalam replikasi DNA bakteriofage cukup bervariasi dari satu bakteriofage ke yanglain, namun dalam urutan kejadian yang biasa asam nukleat yang diinjeksikan menjadisinteisi sejumlahenzim. Enzim-enzim ini menyebabkan perusakan asam nukleat bakteri dan mengarahkan sistesis lebihbanyak asam nukleat bakteriofage dan lebih banyak kapsid bakteriofage.Perakitan dan Pelepasan.Apabila sintesis asam nukleat dan protein struktural tengah berjalan, bakteriofage mulai merakiti
  • 5. menjadi partikel bakteriofage yang matang, seperti. Setelah perakitan 100 sampai 200 partikelbakteriofage, sel bakteri melisis karena pembentukan lisozim yang disandi bakteriofage yangmenghidrolisis peptidoglikan bakteri, dengan melepaskan bakteriofage yang telah diselesaikan.LisogeniBerbeda dengan pelepasan banyak virus hewan, pembebasan partikel bakteriofage yang matang selaluberakibat lisis dan kematian bakteri yang diinfeksi. Bakteriofage-bakteriofage yang infeksinya diikutidengan reproduksi dan lisis disebut bakteriofage ‘virulen’. Akan tetapi banyak bakteriofage dapatmenginfeksi bakteri tanpa merangsang produksi lebih banyak atau lisis sel yang terinfeksikan. Dalam halini, DNA bakteriofage menjadi bagian material genetik bakteri inangnya. DNA bakteriofage yangterdapat dan mereplikasi bersama dengan DNA bakteri disebut ‘probakteriofage’ atau ‘profage’ Bakteriyang membawa profage diberi istilah ‘lisogen’, yang menunjukkan adanya potensi untuk melisis danbakteriofage yang dapat memproduksi lisogen disebut bakteriofage ‘temperate’. Sudah tentu, kecualibila profage sewaktu-waktu menjadi virulen dan memproduksi partikel bakteriofage matang, suitlahuntuk mengetahui apakah galur bakteri tertentu lisogen atau tidak. Namun, bakterium yang kadang-kadang lisogen memang akan menempuh daur lisis, dan bakteriofage yang dibebaskan dapat diasaidengan mencawankan supernat pada biakan bakteri kedua yang dilisis oleh bakteriofage temperat yangdibebaskan.Konversi lisogen.Walaupun profage tidak menyalin semua DNA nya (kecuali jika profage itu memasuki daur lisis), tidakberarti bahwa semua gen DNA profage mungkin disalin untuk membentuk protein yang baru bagibakteri. Produk ini mungkin berupa enzim yang merangsang perubahan dalam struktur lipopolisakaridamembran luar bakteri atau yang memprduksi racun yang dikeluarkan oleh bakteri ke dalam lingkungansekitarnya. Protein racun yang dikeluarkan, yang disebut eksotoksin, merupakan dasar untuk penyakitgawat seperti difteria, demam skarlet dan botulisme. Diperolehnya karakter baru yang disandi oleh DNAprofage disebut konversi lisogen.4. Apa HIV itu? Jelaskan bentuk dan strukturnya.HIV adalah Human Immune Virus yaitu virus yang menyebabkan penyakit AIDS (Acquired ImmuneDeficiency Syndrome) yaitu penyakit menurunnya sistem kekebalan tubuh. Strukturnya termasuk virusyang kompleks.5. Teknologi apa yang dapat dikembangkan dari pengetahuan tentang virus ?Teknologi untuk pengamatan virus berhasil mengembangkan mikroskup elektron. Teknologi pembuatanantigen dan antibodi untuk keperluan pengobatan. Teknologi berskala nanometer yang secara intensifmasih dalam penelitian. Ditemukan teknologi hibridoma yaitu penggunaan penyatuan sel somatik untukmenggabungkan sel darah putih kanker (myeloma) dengan sel normal B yang sudah dimatangkan (jadidewasa) untuk memproduksi antibodi spesifik sebagai antibodi monoklonal.http://yudha-sman1ultra.blogspot.com/2010/11/bakteriopage.htmlIndikator VirusTerdapat empat kandidat mikroorganisme yang digunakan sebagai indikator virus[1].
  • 6. • Kolifage, yaitu baktriofage yang menginfeksi E.coli dan bakteri koliform lainnya. Bakteri yang diinfeksi tidak memiliki fili sehingga virus menempel langsung pada dinding selnya. Sifatnya tidak spesifik pada feses dan deteksi bergantung pada inangnya. Contohnya adalah myoviridae, podoviridae, dan siphoviridae. • Kolifage jantan, yaitu colifage yang menginfeksi E.coli jantan (yang memilliki strain F+) sehingga dapat menghasilkan fili dan penempelan terjadi melalui reseptor fili. Bersifat spesifik pada feses. Contohnya adalah leviviridae • Fage Bacteroides fragilis, bersifat spesifik feses manusia. Namun konsentrasinya sangat rendah sehingga belum dapat ditunjukkan spesifitasnya • Fage Salmonella, terdapat pada feses manusia dan hewan. Digunakan untuk mengindikasi banyaknya bakteri Salmonella, namun konsentrasinya juga terlalu rendah[1].http://id.wikipedia.org/wiki/Mikroorganisme_indikatorTransduksiVirus mempunyai kemampuan menstranfer informasi genetik dari sel host yang satu ke sel hostyang lainnya. Proses ini dinamakan transduksi. Telah diidentifikasi dua jenis transduksi. Yangpertama, transduksi umum, transfer fragmen DNA host ke sel penerima. Jenis kedua, dinamakantransduksi khusus yang melibatkan transfer gen khusus dari satu sel ke sel yang lain. Suatu virusdapat mengubah kode genetik dari suatu sel melalui transduksi.C. Peranan Virus dalam Kehidupan Manusia1. Menyebabkan Penyakit pada manusia antara lain sebagai berikut. • Penyakit influensa, penularannya melalui udara pernapasan dari penderita. • Penyakit cacar, penularannya melalui kontak dengan kulit atau persinggungan dengan penderita. • Penyakit campak, penularannya melalui persinggungan dengan penderita. • Penyakit hepatitis B, penularannya antara lain melalui suntikan, luka, dan tranfusi darah. • Penyakit Hepatitis A dan C, penularannya melalui makanan. Penyakit hepatitis disebut juga penyakit kuning. • Penyakit demam berdarah (dengu) yang penularannya melalui gigitan nyamuk Aedes aeqypti. • Penyakit Aids (HIV), penularannya melalui suntikan, transfusi darah, dan hubungan seksual. Orang yang kena penyakit Aids, daya tahan tubuhnya akan menurun, sehingga ia mudah tertular penyakit lain. • Penyakit Polio (lumpuh) pada anak-anak yang penularannya melalui makanan. • Penyakit Rabies (gila anjing) dan penularannya kepada manusia melalui gigitan anjing yang berpenyakit rabies. • Penyakit pada alat kelamin disebabkan oleh virus papiloma. • Penyakit Herves pada kulit, penularannya melalui persing-gungan dengan kulit si penderita.2.Penyakit pada HewanVirus pada hewan dikelompokkan berdasarkan jenis Asam intinya. No. Kelas Contohnya/penyakit
  • 7. I DNA ganda Virus papova Papiloma (kanker servik), 1. polioma (tumor pada hewan tertentu) 2. Virus Adeno Penyakit pernapasan, menyebabkan tumor pada hewan tertentu 3. Virus Herves Herpes simpleks I (di mulut), herves simpleks II (di genital), Varicella zoster (cacar air) chiken poks (cacar sapi ) 4. Virus pox Smallpox, vaksinia, cacar sapi II DNA tunggal Virus Parvo Roseola, kebanyakan virus parvo harus menginfeksi bersama adenovirus untuk agar bisa tumbuh. III RNA ganda Virus Reo Diare dan penyakit saluran pernapasan IV RNA tunggal sebagai RNAm 1. Virus Picorna Virus polio dan Rinovirus (demam) 2. Virus Toga Virus rubela, virus demam kuning, virus ensepalus. V. RNA tunggal, templet untuk mRNA 1. Virus Rhabdo Rabies (penyakit anjing gila) 2. Virus Paramyxo Beguk 3. Ortomiksovirus Influenza VI. RNA tunggal, templet untuk sintesis DNA Retrovirus Virus tumor RNA (contoh, leukemia), HIV (virus AIDS).3. Penyakit Pada TumbuhanVirus pada tanaman dapat menghambat pertumbuhan tanaman dan menurunkan hasil panen.Kebanyakan virus tanaman yang ditemukan adalah virus RNA, termasuk virus mozaik. Virus inimempunyai kapsid berbentuk batang dengan protein yang tersusun dalam bentuk spiral. Virusmozaik menyerang tanaman tembakau, tomat, dan kentang. Daun tembakau yang kena penyakittersebut akan bewarna belang-belang dan keriting.
  • 8. Penularan virus ada yang melalui serangga, alat pemotong tanaman, dan peralatan lain, sertapetani sendiri. Setelah virus masuk ke dalam sel tanaman dan mulai bereproduksi, partikel virusdapat menyebar ke seluruh bagian tanaman melalui plasmodesmata.Penyakit tungro pada padi, penularannya melalui gigitan serangga. Padi yang kena penyakit virusini akan menjadi kerdil dan bijinya juga kecil. Penyakit degenerasi pembuluh tapis pada tanamanjeruk ( CVPD ), dan penularannya juga melalui peran-taraan serangga.Para ahli pertanian belum berhasil menemukan obat untuk beberapa penyakit yang disebabkanvirus. Oleh sebab itu para ahli hanya berusaha mencegah terjadinya penyakit danmengembangkan jenis tanaman yang tahan virusManfaat VirusDi samping menyebabkan penyakit, virus ada juga yang menguntungkan. Virus dapat digunakanuntuk memproduksi interferon. Interferon dihasilkan jika sejenis virus menginfeksi sel, virusmenghasilkan zat (protein) yang menghalangi infeksi virus yang lain. Interferon ini dapatdigunakan untuk mencegah penyakit tertentu. Selubung virus dapat juga digunakan sebagaivaksin, misalnya selubung virus hepatitis B. Selubung virus dapat dikembangbiakan denganrekayasa genetik dalam bakteri Escherichia coli .Selasa, 13 Juli 2010Plaque Virus Virus adalah satu set dari satu atau lebih molekul genom berupa asam nukleat (RNA atauDNA), yang biasanya dibungkus oleh selubung pengaman berupa protein selubung ataulipoprotein dan hanya dapat memperbanyak diri dalam sel inang yang sesuai denganmemanfaatkan metabolisme, materi, dan energi dari sel inang. Virus merupakan unit elemenyang masih menunjukkan tanda kehidupan, sehingga virus dapat juga didefinikan sebagaiorganisme tak sel yang mempunyai genom yang hanya dapat bereplikasi dalam sel inang denganmenggunakan perangkat metabolisme sel inang untuk membentuk seluruh komponen virus(Akin, 2006). Setiap siklus replikasi menghasilkan asam nukleat dan mantel protein virus dalam jumlahyang banvak. Mantel protein virus bergabung bersama-sama membentuk kapsid yang berfungsimembungkus dan menjaga stabilitas asam nukleat virus terhadap lingkungan ekstraseluler.Selain itu juga berfungsi untuk mempermudah penempelan serta penetrasi virus terhadap sel baruyang dapat dimasukinya. Infeksi virus terhadap sel inang yang dimasukinya dapat berefek ringanatau bahkan tidak berefek sama sekali namun mungkin juga bisa membuat sel inang rusak ataubahkan mati (filzahazny, 2008).
  • 9. Adapun sifat-sifat khusus virus menurut Lwoff, Home dan Tournier (1966) adalah bahan genetikvirus terdiri dari asam ribonukleat (RNA) atau asam deoksiribonukleat (DNA), akan tetapi tidak terdiridari kedua jenis asam nukleat sekaligus. Struktur virus secara relatif sangat sederhana, yaitu terdiri daripembungkus yang mengelilingi atau melindungi asam nukleat. Virus mengadakan reproduksi hanyadalam sel hidup, yaitu di dalam nukleus, sitoplasma atau di dalam keduanya dan tidak mengadakankegiatan metabolisme jika berada di luar sel hidup. Virus tidak membelah diri dengan cara pembelahanbiner. Partikel virus baru dibentuk dengan suatu proses biosintesis majemuk yang dimulai denganpemecahan suatu partikel virus infektif menjadi lapisan protein pelindunng dan komponen asam nukleatinfektif. Asam nukleat partikel virus yang menginfeksi sel mengambil alih kekuasaan dan pengawasansistem enzim hospesnya, sehingga selaras dengan proses sintesis asam nukleat dan protein virus. Virusyang menginfeksi sel mempergunakan ribosom sel hospes untuk keperluan metabolismenya.Komponen-komponen utama virus dibentuk secara terpisah dan baru digabung di dalam sel hospestidak lama sebelum dibebaskan. Selama berlangsungnya proses pembebasan,beberapa partikel virusmendapat selubung luar yang mengandung lipid protein dan bahan-bahan lain yang sebagian berasaldari sel hospes. Partikel virus lengkap disebut virion dan terdiri dari inti asam nukleat yang dikelilingilapisan protein yang bersifat antigenik yang disebut kapsid dengan atau tanpa selubung di luar kapsid. Pendeteksian adanya virus dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya langsung, PCR,pelacak DNA dan metode Plaque. Plaque sering digunakan karena lebih mudah dan sederhana yaitudengan melihat zona jernih dari biakan bakteri yang ditumbuhkan. Zona jernih tersebut diakibatkanlisisnya bakteri akibat virus (Anonim, 2008). Virus dapat menyerang hewan, manusia, tumbuhan dan bakteri. Virus pada tumbuhan tidakmemiliki alat penetrasi untuk menembus dinding sel tumbuhan, sedangkan pada virus hewan, manusiadan bakteri dapat melakukan penetrasi secara langsung melalui selaput sel. Adapun contoh penyakityang diakibatkan oleh virus yaitu cow pox (cacar sapi), Foot and Mouth desease pada sapi, Newcastledesease pada ayam, herpes simplex, HIV dan influenza pada manusia, bakteriofag pada bakteri. Ada duamacam cara virus menginfeksi sel hospes, yaitu secara litik dan secara lisogenik. Tujuan praktikum pengamatan virus pada bakteri dengan metode plaque adalah untukmengetahui ada tidaknya virus dalam sampel yang melisiskan sel bakteri. Terlihat dari zona jernih atauadanya plaque yang terbentuk di dalam media NA yang telah diinokulasi sampel dari bakteri E.coli.
  • 10. 1. Sampel dari limbah cair ternak yang diduga mengandung virus dimasukkan ke dalam botol sampel steril.2. Media pertumbuhan NA disiapkan.3. Sampel diambil sebanyak 0,1 ml dengan menggunakan pipet ukur secara aseptis dan di tuang ke dalam media NA.4. Sampel cair yang dituang pada media diratakan dengan menggunakan durgalsky.5. Cawan ditutup dengan wrap cling setelah itu diinkubasi 2x24 jam di inkubator.6. Plaque yang terbentuk diamati. Salah satu prosedur yang penting dalam virologi adalah mengukur konsentrasi virus dalamsampel. Pendekatan yang banyak digunakan untuk menentukan jumlah seberapa banyak virus yangmenginfeksi adalah dengan tes plak atau metode Plaque. Teknik ini pertama kali dikembangkan untukmenghitung banyaknya bakteriofage. Renato Dulbecco mengembangkan metode ini pada tahun 1952untuk digunakan dalam virologi hewan. Teknik ini melihatkan penyebaran virus progeni yang ditandaidengan zona lingkar sel (Dulbecco, 1953). Uji plak dilakukan dengan mengamati plak dalam sampel bakteri E.coli yang ditumbuhkan padamedia NA. Sampel dimasukkan ke dalam Na sebanyak 0,1 ml tanpa melalui pengenceran dimaksudkanagar bakteri tetap dalam jumlah yang banyak sehingga kemungkinan besar didapatnya plak yangdiakibatkan oleh virus. Hasil praktikum menunjukkan adanya zona jernih atau plak yang diakibatkan olehlisisnya sel bakteri akibat infeksi virus. Siklus hidup virus ada 2 cara yaitu lisis dan lisogenik (Anonim,2008). Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virushanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan mengendalikan sel makhlukhidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Istilah virus biasanyamerujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak jenisorganisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofage atau fage digunakan untuk jenis yang menyerangjenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel). Biasanya virus mengandungsejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungisemacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya.Genom virus menyandi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yangdibutuhkan dalam daur hidupnya. Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup karena ia
  • 11. tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya secara bebas. Karena karakteristik khasnya ini virus selaluterasosiasi dengan penyakit tertentu, baik pada manusia (misalnya virus influensa dan HIV), hewan(misalnya virus flu burung), atau tanaman (misalnya virus mosaik tembakau/TMV) (filzahazny, 2008). Lisis diawali dengan proses melekatnya virion pada permukaan sel inang yang diperantarai olehinteraksi spesifik antara virus dengan reseptor (protein,polisakarida,lipoprotein,glikoprotein) kemudianmasuknya genom virus ke dalam sel inang. Virus memasukkan materi genetik (DNA) ke dalam sel.Pelepasan selubung berlangsung melalui serabut ekor faga yang berkontraksi sehingga terjadicengkeraman pada bagian spike pada membran sel bakteri selaput ekor berkontraksi dan DNA virusmasuk melalui pori-pori pada ujung ekor. Ekor melepaskan lysozim dan capsid ditinggal diluar, setelahmasuk protein virus dibentuk dengan menggunakan energy dari sel inang dan mengalami pendewasaanDNA fagadirakit menjadi Virion. virion dibebaskan dari sel, faga memerintahkan untuk memproduksilisozim yang mencerna dinding sel bakteri, plasma membran pecah dan sel lisis. Lisogeni diawali dengan Ekor virus melekat pada spesifik reseptor pada permukaan sel danmenginjeksikan DNA ke dalam sel, Phage DNA berintegrasi dengan kromosom bakteri dan membentukprophage. Prophage tetap bersifat latent. Prophage DNA dilepaskan berhubungan dengan stimulusseperti Uv radiasi, senyawa kimia lain dan akan masuk ke siklus litik. Virus yang melisiskan sel bakteri adalah bakteriofage. Bakteriofage berasal dari kata bacteriadan phagus (bahasa Yunani). Dari asal kata tersebut, maka dapat disimpulkan bahwa bakteriofagemerupakan virus yang menyerang bakteri. Bakteriofage termasuk ke dalam ordo Caudovirales. Salahsatu contoh bakteriofage adalah T4 virus yang menyerang bakteri Eschericia coli. E. coli merupakanbakteri yang hidup pada saluran pencernaan (Wikipedia). Macam-macam virus pada manusia salah satunya retrovirus (HIV) yang secara khususmenyerang sel darah putih (sel T). Retrovirus adalah virus ARN hewan yang mempunyai tahap ADN.Virus tersebut mempunyai suatu enzim, yaitu enzim transkriptase balik yang mengubah rantai tunggalARN (sebagai cetakan) menjadi rantai ganda kopian ADN (cADN). Selanjutnya, cADN bergabung denganADN inang mengikuti replikasi ADN inang. Saat ADN inang mengalami replikasi, secara langsung ADNvirus ikut mengalami replikasi. Virus Herpes Virus herpes merupakan virus ADN dengan rantai gandayang kemudian disalin menjadi mARN. Virus Infuenza Siklus replikasi virus influenza hampir same
  • 12. dengan siklus replikasi virus herpes. Hanya saja, pada virus influenza materi genetiknya berupa rantaitunggal ARN yang kemudian mengalami replikasi menjadi mARN. Paramyxovirus adalah semacam virusARN yang selanjutnya mengalami replikasi menjadi mARN. Paramyxovirus merupakan penyebabpenyakit campak dan gondongan (Anonim, 2008). Penyakit tetelo, yakni jenis penyakit yang menyerang bangsa unggas, terutama ayam.Penyebabnya adalah new castle disease virus (NCDV). Penyakit kuku dan mulut, yakni jenis penyakityang menyerang ternak sapi dan kerbau. Penyakit kanker pada ayam oleh rous sarcoma virus (RSV).Penyakit rabies, yakni jenis penyakit yang menyerang anjing, kucing, dan monyet. Penyebabnya adalahvirus rabies (Anonim, 2008).Diposkan oleh chanlightz di 12:57:00 AMKirimkan Ini lewat Email BlogThis! Berbagi ke Twitter Berbagi ke Facebook Berbagi ke Google BuzzSelasa, 13 Juli 2010Postulat Koch Virus adalah satu set dari satu atau lebih molekul genom berupa asam nukleat (RNA atauDNA), yang biasanya dibungkus oleh selubung pengaman berupa protein selubung ataulipoprotein dan hanya dapat memperbanyak diri dalam sel inang yang sesuai denganmemanfaatkan metabolisme, materi, dan energi dari sel inang. Virus merupakan unit elemenyang masih menunjukkan tanda kehidupan, sehingga virus dapat juga didefinikan sebagaiorganisme tak sel yang mempunyai genom yang hanya dapat bereplikasi dalam sel inang denganmenggunakan perangkat metabolisme sel inang untuk membentuk seluruh komponen virus(Akin, 2006). Adapun sifat-sifat khusus virus adalah bahan genetik virus terdiri dari asam ribonukleat (RNA)atau asam deoksiribonukleat (DNA), akan tetapi tidak terdiri dari kedua jenis asam nukleat sekaligus.Struktur virus secara relatif sangat sederhana, yaitu terdiri dari pembungkus yang mengelilingi ataumelindungi asam nukleat. Virus mengadakan reproduksi hanya dalam sel hidup, yaitu di dalam nukleus,sitoplasma atau di dalam keduanya dan tidak mengadakan kegiatan metabolisme jika berada di luar selhidup. Virus tidak membelah diri dengan cara pembelahan biner. Partikel virus baru dibentuk dengan
  • 13. suatu proses biosintesis majemuk yang dimulai dengan pemecahan suatu partikel virus infektif menjadilapisan protein pelindunng dan komponen asam nukleat infektif. Asam nukleat partikel virus yangmenginfeksi sel mengambil alih kekuasaan dan pengawasan sistem enzim hospesnya, sehingga selarasdengan proses sintesis asam nukleat dan protein virus. Virus yang menginfeksi sel mempergunakanribosom sel hospes untuk keperluan metabolismenya. Komponen-komponen utama virus dibentuksecara terpisah dan baru digabung di dalam sel hospes tidak lama sebelum dibebaskan. Selamaberlangsungnya proses pembebasan, beberapa partikel virus mendapat selubung luar yang mengandunglipid protein dan bahan-bahan lain yang sebagian berasal dari sel hospes. Partikel virus lengkap disebutvirion dan terdiri dari inti asam nukleat yang dikelilingi lapisan protein yang bersifat antigenik yangdisebut kapsid dengan atau tanpa selubung di luar kapsid (Lwoff et al., 1966). Virus tumbuhan pertama kali ditemukan pada tahun 1576, sebagai patogen yang menimbulkangejala perubahan warna pada bunga tulip yang semula berwarna polos menjadi bergejala strip (bercakbergaris). Mekanisme penularan virus tersebut belum dapat dijelaskan secara ilmiah oleh pakar biologihingga tahun 1886. Meyer melakukan percobaan untuk mempelajari etiologi penyakit tanaman yangdisebabkan oleh virus pada tanaman tembakau bergejala mosaik (tobacco mosaic virus/TMV). Meyerbelum sampai menyimpulkan bahwa penyakit itu disebabkan oleh virus. Patogen mosaik tembakaudapat melewati saringan yang tidak dapat dilalui oleh bakteri. Martinus Beijerinck pada tahun 1898 jugamengulangi percobaan Meyer dan melaporkan bahwa patogen mosaic tembakau bukanlah bakteritetapi merupakan contagium vivum fluidum yaitu sejenis cairan hidup pembawa penyakit (Akin, 2006). Virus tumbuhan dalam beberapa hal berbeda dengan virus yang menyerang hewan dan bakteri.Salah satu perbedaan tersebut adalah mekanisme penetrasi virus ke dalam sel inang. Virus tumbuhanhanya dapat masuk ke dalam sel tumbuhan melalui luka yang terjadi secara mekanis atau yangdisebabkan oleh serangga vector. Hal ini disebabkan virus tumbuhan tidak mempunyai alat penetrasiuntuk menembus dinding sel tumbuhan. Asam nukleat yang menjadi genom virus tumbuhan sebagianbesar merupakan molekul ssRNA. Namun, ada beberapa virus tumbuhan yang mempunyai genomdsDNA, ssDNA, dan dsRNA (Akin, 2006). Tujuan dari praktikum Postulat Koch adalah untuk memberikan pemahaman praktek PostulatKoch dalam penularan penyakit tanaman yang disebabkan oleh virus tumbuhan. Khususnya mengetahuibagaimana cara penularan virus dari tanaman yang satu ke tanaman yang lain menggunakan metodesap, karena sangat penting untuk penelitian virus dalam laboratorium.
  • 14. A. Pengamatan langsung1. Daun kacang-kacangan yang terkena penyakit karat daun disiapkan.2. Daun yang diduga terkena penyakit karat daun diamati gejalanya dengan tanda-tanda penyakit yang ditimbulkan pada tanaman kacang.3. Asosiasi ini ditandai dengan adanya patogen pada tanaman yang sakit. B. Pembuatan ekstrak atau sap dari tanaman yang terinfeksi virus1. Tanaman kacang-kacangan yang mengalami sakit dicari, kemudian dipetik beberapa daun muda yang sakit.2. Daun yang sakit dimasukkan ke dalam mortar, daun dilumatkan dalam akuades dengan penumbuk porselen.3. Daun yang telah dilumatkan disaring dengan kertas saring sampai sap yang diperoleh hanya berupa cairan atau ekstrak. C. Pengujian1. Dua tanaman kacang-kacangan sehat disiapkan, satu tanaman sebagai kontrol dan satu tanaman lagi sebagai uji perlakuan.2. Sap atau ekstrak dari daun yang sakit diolesi dengan cotton bud ke daun yang sehat pada tanaman perlakuan yang sebelumnya permukaan daun sudah dilukai dengan menggunakan amplas secara perlahan.3. Setelah itu kedua daun tanaman baik kontrol maupun perlakuan ditutup dengan menggunakan plastik transparan yang terpisah agar tanaman kontrol tidak ikut terinfeksi. Penutupan dengan plastik transparan dimaksudkan untuk menjaga kondisi agar tetap lembab yang akan mendukung pertumbuhan patogen pada tanaman inang.
  • 15. 4. Perubahan yang terjadi pada daun diamati baik pada daun yang diinokulasi maupun control setiap hari sampai 7 hari. Mengamati apakah menimbulkan gejala yang sama antara daun awal yang terinfeksi virus dengan daun yang telah diinokulasi. D. Uji penegasan1. Uji penegasan dilakukan sesuai dengan kriteria Postulat Koch yang ketiga dan keempat yaitu, (3) mikroorganisme penyebab penyakit hasil isolasi harus dapat menimbulkan gejala yang sama dengan gejala penyakitnya, apabila diinokulasikan, dan (4) mikroorganisme penyebab penyakit harus dapat direisolasi dari gejala yang timbul hasil inokulasi. Maka dilakukan reisolasi atau perlakuan kembali seperti pada metode poin A, B dan C.2. Daun awal yang terinfeksi virus, daun pada inokulasi sap pertama, daun pada inokulasi sap kedua dan kontrol dibandingkan. Virus tumbuhan adalah virus yang menginfeksi tumbuhan. Umumnya memiliki asam nukleat berupa ssRNA. Namun, ada beberapa virus tumbuhan yang memiliki genom dsDNA, ssDNA, dan dsRNA. Sifat khas infeksi virus tumbuhan adalah tidak adanya alat penetrasi sehingga apabila virus tumbuhan akan menginfeksi inangnya harus melalui mekanis atau dengan perlukaan (Akin, 2006). Postulat Koch adalah metode yang digunakan untuk mengetahui ada tidaknya virus yang menginfeksi suatu tumbuhan. Postulat Koch berkembang pada abad ke-19 sebagai panduan umum untuk mengidentifikasi patogen yang dapat diisolasikan dengan teknik tertentu. Walaupun dalam masa Koch, dikenal beberapa penyebab infektif yang memang bertanggung jawab pada suatu penyakit dan tidak memenuhi semua postulatnya. Usaha untuk menjalankan postulat Koch semakin kuat saat mendiagnosis penyakit yang disebabkan virus pada akhir abad ke-19. Masa itu virus belum dapat dilihat atau diisolasi dalam kultur. Hal ini merintangi perkembangan awal dari virologi (Gibbs, 1980). Tahun 1880, Koch memanfaatkan kemajuan metoda laboratorium dan menentukan kriteria yang diperlukan untuk membuktikan bahwa mikroba spesifik merupakan penyebab penyakit tertentu. Kriteria ini dikenal dengan postulat Koch yaitu: 1. Mikroorganisme tertentu selalu ditemukan berasosiasi dengan penyakit yang ditimbulkan.
  • 16. 2. Mikroorganisme dapat diisolasi dan ditumbuhkan sebagai biakan murni di laboratorium.3. Biakan murni tersebut bila diinjeksikan pada tanaman yang sesuai dapat menimbulkan penyakit.4. Mikroorganisme tersebut dapat diisolasi kembali dari tanaman yang telah terinfeksi tersebut. Adanya kriteria tersebut menjadi jalan ditemukannya berbagai bakteri penyebab berbagaipenyakit dalam waktu yang cukup singkat (kurang dari 30 tahun). Penemuan virus, adanya bakteri yangdapat menimbulkan berbagai penyakit serta adanya penyakit tertentu yang ditimbulkan oleh lebih dari 1mikroorganisme memerlukan modifikasi dari postulat Koch (Kock, 1884). Virus mengalami perubahan bentuk ketika berada dalam sel tanaman inang sesuai dengan tahapreplikasi virus. Morfologi virus yang lengkap dapat diamati pada partikel virus atau dikenal dengan istilahvirion. Bentuk virus ada yang tak-isometri berbentuk tongkat dan virus isometric berbentuk isosahedron(Akin, 2006). Mekanisme pengifeksian virus ke tanaman yaitu partikel virus masuk ke dalam tanaman melaluiluka pada permukaan tanaman dengan perantaraan tepung sari dan sebagainya, maka akan terjadikontak antara virus dengan sitoplasma sel tanaman. Sesudah terjadi inokulasi, RNA yang merupakanbagian virus yang infektif keluar dari selubung protein. Usaha tersebut dilakukan dengan perantaraan seltanaman karena virus tidak mempunyai energi untuk keperluan tersebut. Semua aktivitas biologistergantung dari tanaman yang diserangnya. Keadaan ini merupakan perbedaan utama dalam hubungantanaman inang dengan parasit untuk penyakit virus dan penyakit yang disebabkan oleh patogen lainnya.Protein yang ditinggalkan kemungkinan tertinggal dalam sel tanaman dan selanjutnya menjadi bagianprotein sel tanaman inang. RNA yang keluar tersebut merangsang tanaman inang untuk membentukenzim yang disebut RNA-polymerases, RNA-synthetases atau RNA-replicates. Enzim tersebutmembentuk RNA baru dan RNA baru selanjutnya merangsang sel tanaman inang untuk mensintesamolekul protein yang spesifik untuk dijadikan selubung RNA (Akin, 2006). Pengaruh infeksi virus terhadap sintesis makromolekul diamati pada penurunan sintesis asamnukleat, protein, dan karbohidrat. Sementara itu infeksi virus terhadap fotosintesis tanaman inangdiamati pada pengaruh infeksi virus terhadap berkurangnya laju fotosintesis tanaman inang. Gejalapenyakit virus pada tanaman dibagi menjadi dua yaitu gejala eksternal dan gejala internal (Akin, 2006).
  • 17. Gejala eksternal berupa gejala lokal dan gejala sistemik. Gejala lokal merupakan gejala yanghanya terbatas pada situs infeksi primer dan dalam virologi dikenal dengan istilah bercak lokal. Bercaklokal dapat berupa klorosis karena hilang atau berkurangnya klorofil atau nekrosis karena terjadikematian sel tanaman inang. Contohnya pada daun Chenopodium amaranticolor yang terinfeksi PStV.Gejala sistemik terjadi apabila virus yang diinokulasi pada tanaman inang tidak hanya terbatas pada situsinfeksi primer, tetapi menyebar ke bagian lain dan menyebabkan terjadinya infeksi sekunder. Gejalainfeksi ini secara umum disebut gejala sistemik. Tanaman dikatakan bantut apabila ukuran tanamanyang terinfeksi lebih kecil bila dibandingkan dengan tanaman normal. Contohnya pada tanaman kedelaiyang terserang CPMMV (cowpea mild mottle virus). Mosaik menunjukkan adanya warna yang berbedasecara tidak teratur, seperti warna hijau tua yang diselingi dengan hijau muda. Gejala mosaic biasanyadidahului oleh pemucatan sepanjang tulang daun (vein clearing) atau akumulasi warna hijau sepanjangtulang daun (vein banding). Contoh pada tanaman tembakau yang terkena TMV. Bercak cincin padabagian tanaman yang terinfeksi dilingkari garis berbentuk cincin. Selain berupa klorosis atau nekrosis,kadang-kadang gejala tersebut dapat berupa lingkaran terpusat. Contoh pada tanaman paprika yangterkena CMV. Layu (Wilting) akibat nekrosis pada pembuluh tanaman. Contoh tomat yang terinfeksiTSWV. Malabentuk daun akan menimbulkan perubahan sitologi sel tanaman, seperti bentuk dan ukurankloroplas, penggumpalan kloroplas, berkurangnya jumlah klorofil total daun, serta terjadinyapenumpukan karbohidrat pada daun. Contoh pada kedelai yang terinfeksi SMV (Akin, 1998). Tanaman kacang panjang sangat berpotensial untuk dikembangkan sebagai usaha tani, karenaselain mudah dibudidayakan, pangsa pasarnya juga cukup tinggi. Salah satu kendala dalam usaha dalammeningkatkan produksi kacang panjang adalah gangguan penyakit tanaman. Beberapa penyakitdiantaranya layu (Fusarium sp.), antraknosa (Colletotrichum sp.), nematoda puru akar (Meloidogyne sp.),dan penyakit mosaik. Penyakit mosaik pada kacang panjang dapat ditularkan melalui vektor yaitu Aphiscraccivora, vektor ini banyak ditemukan pada tangkai bunga tanaman kacang-kacangan. A. craccivoradapat menularkan lebih dari 30 virus tanaman secara non persisten. Oleh karena itu, peranan A.craccivora dalam menularkan virus di lapang sangat penting, apalagi kutudaun (A. Craccivora) adasepanjang tahun. Selain itu, penyakit mosaic dapat ditularkan melalui benih, dan secara mekanis.Penyakit mosaik merupakan penyakit tanaman kacang panjang yang banyak dijumpai dan merupakansalah satu penyakit penting yang dapat menurunkan kualitas dan kuantitas kacang panjang. Beberapapenyakit mosaik diantaranya Bean Common Mosaic Virus (BCMV), Bean Yellow Mosaic Virus (BYMV),
  • 18. Cowpea Aphid Borne Mosaic Virus (CABMV), ketiga virus ini termasuk ke dalam genus potyvirus (Suryadi,2007). Postulat Koch pada inokulasi pertama mengalami kegagalan diakibatkan tanaman layu sebelumterlihat gejala-gejala yang diakibatkan oleh virus dan pada inokulasi kedua ada tanaman yang berhasildan ada yang gagal hal ini dikarenakan dimungkinkan kekurangan konsentrasi virus yang akanmenginfeksi tanaman inang. Meurut Akin (2006), konsentrasi virus untuk dapat menginfeksi tanamanharus sebanyak (105 virion) dan faktor lainnya adalah umur tanaman semakin tua tanaman tersebutmaka akan semakin terbatas penyebaran virus dalam tanaman, genotip tanaman, dan lingkungan (Akin,2006).Virologi - BAB DUADASAR virologi: REPLIKASI DARI VIRUSDr Margaret HuntEN ESPAÑOL DI PORTUGIS SHQIP - Albania Marilah kita tahu apa yang Anda pikirkanKOMENTAR CARI SAHAM BookMark PRINT HALAMAN INI
  • 19. Gambar logo © Jeffrey Nelson, Rush University, Chicago, Illinois dan The MicrobeLibrary MEMBACA: Murray et al., Mikrobiologi 5 Ed., Bab 6 TUJUAN PENGAJARAN Pandangan keseluruhan siklus replikasi virusPERISTIWA UTAMA TERLIBAT DALAM REPLIKASIAdsorpsiLangkah pertama dalam infeksi sel adalah lampiran ke permukaan sel. Lampiran adalah melalui interaksiionik yang suhu-independen. Lampiran protein reseptor spesifik virus mengakui, yang mungkin protein,karbohidrat atau lemak, pada bagian luar sel. Sel tanpa reseptor yang tepat tidak rentan terhadap virus.PenetrasiVirus memasuki sel dalam berbagai cara sesuai dengan sifat virus.Menyelimuti virus(A) Entry dengan menggabungkan dengan membran plasma. Beberapa sekering virus menyelimutilangsung dengan membran plasma. Dengan demikian, komponen internal virion segera dikirimkan kesitoplasma sel (gambar 1).(B) Entry melalui endosomes pada permukaan sel (gambar 2)Beberapa virus menyelimuti memerlukan pH asam untuk fusi terjadi dan tidak dapat sekering langsungdengan membran plasma. Virus ini diambil oleh invagination dari membran ke endosomes. Sebagaiendosomes menjadi diasamkan, laten fusi aktivitas virus protein menjadi diaktifkan oleh penurunan pH dansekering membran virion dengan membran endosome. Hal ini menyebabkan pengiriman komponeninternal virus ke sitoplasma selNon-menyelimuti virusNon-menyelimuti virus dapat melintasi membran plasma secara langsung atau mungkin diangkat keendosomes. Mereka kemudian silang (atau menghancurkan) selaput endosomal.Uncoatingasam nukleat harus cukup uncoated bahwa replikasi virus dapat dimulai pada tahap ini. Bila asam nukleatadalah uncoated, partikel virus yang menular tidak dapat pulih dari sel - ini adalah awal dari fase ECLIPSE- yang berlangsung sampai virion menular baru dibuat.Sintesis asam nukleat dan protein virusBanyak strategi yang digunakan, beberapa akan dibahas dalam bab-bab selanjutnya.
  • 20. Majelis / pematanganpartikel virus baru dirakit. Mungkin ada langkah pematangan yang mengikuti proses perakitan awal.PelepasanVirus dapat dilepaskan akibat lisis sel, atau, jika terbungkus, mungkin tunas dari sel. virus Budding (angka3 dan 4) tidak harus membunuh sel. Dengan demikian, beberapa virus tunas mungkin dapat mengaturinfeksi persisten. merilis virus partikel semua Bukan yang menular. Rasio non-infeksius untuk partikelinfeksi bervariasi dengan virus dan kondisi pertumbuhan.STRUKTUR VERSUS NON-STRUKTUR PROTEINSemua protein dalam partikel virus dewasa dikatakan protein struktural - bahkan jika mereka tidakmembuat kontribusi terhadap morfologi atau kekakuan virion - protein non-struktural adalah mereka proteinvirus yang ditemukan dalam sel tetapi tidak dikemas menjadi virion. Gambar 1. Fusi virus dengan membran plasma setelah lampiran ke reseptor permukaansel Gambar 2. Fusi virus dengan membran dari endosome Gambar 3. Transmisi mikrograf elektron HIV-1, budding dan bebas CDC Gambar 4. HIV tunas dari jaringan getah bening manusia (TEM x133, 335) © Dennis KunkelMikroskopi, Inc izin. Digunakan dengan Gambar 5. Sebuah uji plak. Serial pengenceran virus telah disebar pada budayamonolayer konfluen sel. Sel-sel yang bernoda setelah periode waktu di mana satu virus menginfeksisebuah sel, menghasilkan partikel virus baru dan menginfeksi sel-sel sekitarnya. Daerah putih
  • 21. menunjukkan wilayah budaya di mana sel-sel telah terbunuh. Setiap "plak" adalah hasil dari adanya satupartikel virus menular asli.PENGARUH VIRUS PADA HOST SINTESIS makromolekulBanyak virus host menghambat RNA, DNA atau sintesis protein (atau kombinasi dari semuanya).Mekanisme dengan mana virus melakukan hal ini sangat bervariasi.Cytopathic efek (CPE)Kehadiran virus sering menimbulkan perubahan morfologi pada sel inang. Setiap perubahan terdeteksidalam sel inang akibat infeksi yang dikenal sebagai efek cytopathic. efek Cytopathic (CPE) dapat terdiridari pembulatan sel, disorientasi, bengkak atau menyusut, kematian, lepas dari permukaan, dllBanyak virus menginduksi apoptosis (kematian sel terprogram) di sel yang terinfeksi. Hal ini dapat menjadibagian penting dari pertahanan sel inang terhadap virus - kematian sel sebelum berakhirnya siklus replikasivirus dapat membatasi jumlah progeni dan penyebaran infeksi. (Beberapa virus menunda atau mencegahapoptosis - sehingga memberikan diri kesempatan untuk meniru virion lebih.)Beberapa virus mempengaruhi pengaturan ekspresi gen sel host yang ini dapat memiliki hasil penting baikbagi virus kemampuan untuk tumbuh, dan dalam hal efek pada sel inang.Efek cytopathic dihasilkan oleh virus yang berbeda bergantung pada virus dan sel-sel di mana ia tumbuh.Ini dapat digunakan di laboratorium virologi klinis untuk membantu dalam identifikasi virus isolat.Pengujian untuk unit pembentuk plakEfek CPE dapat digunakan menduga jumlah partikel virus yang menular oleh pembentukan unit uji-plak(Gambar 5).Sel yang tumbuh pada permukaan yang datar sampai mereka membentuk monolayer sel meliputi botolplastik atau piring. Mereka kemudian terinfeksi virus. Media tumbuh yang cair diganti dengan padat satusetengah sehingga virus setiap partikel yang dihasilkan sebagai akibat infeksi tidak bisa bergerak jauh daritempat produksi mereka. plak adalah dihasilkan ketika partikel virus menginfeksi sel, ulangan, dankemudian membunuh sel itu. Sekitar sel yang terinfeksi oleh virus baru direplikasi dan mereka jugadibunuh. Proses ini dapat mengulang beberapa kali. Sel-sel ini kemudian diwarnai dengan pewarna yanghanya noda sel-sel hidup. Sel-sel mati di plak tersebut tidak noda dan muncul sebagai daerah tak bercacatpada latar belakang berwarna. Setiap plak merupakan hasil infeksi dari satu sel per satu virus diikuti olehreplikasi dan penyebaran virus itu. Namun, virus yang tidak membunuh sel-sel tidak dapat menghasilkanplak.Tes untuk virusBeberapa metode (misalnya elektron-mikroskop) memungkinkan setiap virion dihitung namun tidakinformatif tentang infektivitas. Metode lain (misalnya hemaglutinasi) adalah kurang sensitif mengukurbagaimana virus banyak hadir, tapi sekali lagi tidak informatif tentang infektivitas. Metode lain, misalnya ujiplak, mengukur jumlah partikel virus yang menular.
  • 22. Mendeteksi virus: alat tes plak6 Juli 2009Salah satu prosedur yang paling penting dalam virologi adalah mengukur titer virus - konsentrasivirus dalam sampel. Pendekatan yang banyak digunakan untuk menentukan jumlah virus yangmenular adalah tes plak. Teknik ini pertama kali dikembangkan untuk menghitung titer sahambakteriofag. Renato Dulbecco diubah prosedur ini pada tahun 1952 untuk digunakan dalamvirologi hewan, dan sejak saat itu telah digunakan untuk penentuan handal dari titer dari virusyang berbeda.
  • 23. Untuk melakukan uji plak, pengenceran 10 kali lipat dari stok virusdisusun, dan 0,1 ml Aliquot diinokulasi ke sel monolayers rentan. Setelah masa inkubasi, untukmemungkinkan virus untuk melampirkan sel, monolayers ditutupi dengan medium yangmengandung zat gizi, biasanya agar-agar, yang menyebabkan pembentukan gel. Ketika piringyang diinkubasi, sel yang terinfeksi virus keturunan asli rilis. Penyebaran virus baru dibatasiuntuk sel-sel tetangga dengan gel. Akibatnya, setiap partikel menular menghasilkan zonalingkaran sel yang terinfeksi yang disebut plak. Akhirnya plak menjadi cukup besar untuk dapatdilihat dengan mata telanjang. Pewarna bahwa sel-sel hidup noda sering digunakan untukmeningkatkan kontras antara sel-sel hidup dan plak. Hanya virus yang menyebabkan kerusakansel dapat diuji dengan cara ini. Contoh plak dibentuk oleh virus polio pada sel HeLa monolayerditampilkan di sebelah kiri. Dalam gambar ini, sel-sel telah diwarnai dengan kristal violet, danplak dapat segera terlihat dimana sel telah dihancurkan oleh infeksi virus.Titer suatu persediaan virus dapat dihitung dalam satuan pembentuk plak (PFU) per mililiter.Untuk menentukan titer virus, plak dihitung. Untuk meminimalkan kesalahan, hanya piring berisiantara plak 10 dan 100 yang dihitung, tergantung pada ukuran dari pelat kultur sel yangdigunakan. prinsip-prinsip statistik mendikte bahwa ketika 100 plak yang dihitung, titer sampelakan bervariasi dengan plus atau minus 10%. Setiap pengenceran berlapis dalam rangkap untukmeningkatkan akurasi. Dalam contoh yang ditunjukkan di bawah ini, ada 17 plakat pada pelatterbuat dari pengenceran 10 -6. Titer dari saham virus itu 1,7 x 10 8 PFU / ml.Selanjutnya kita akan mempertimbangkan bagaimana uji plak dapat digunakan untukmenyiapkan stok virus klonal, langkah yang penting untuk mempelajari genetika virus.
  • 24. Dulbecco, R., & Vogt, M. (1953). Beberapa permasalahan virologi hewan yang dipelajari olehteknik plak Spring. Cold Harbor gejala. Quant. Biol 18.,, 273-279Sekarang bermain: pembentukan plak Viral3 Februari 2010 Salah satu prosedur yang paling penting dalamvirologi adalah mengukur titer virus - konsentrasi virus dalam sampel. Sebuah pendekatan yangdigunakan secara luas untuk menentukan jumlah virus yang menular adalah assay plak . Dalamteknik ini, penyebaran virus keturunan dilepaskan oleh sel individual yang terinfeksi dibatasiuntuk tetangga sel oleh media setengah padat. Akibatnya, setiap partikel menular menghasilkanzona lingkaran sel yang terinfeksi yang disebut plak. Dengan membayangkan hidup, sel yangterinfeksi virus dengan menggunakan mikroskop, film yang indah telah dibuat yangmenunjukkan bagaimana sebuah plakat berkembang secara real time.Untuk menghasilkan film, sel yang terinfeksi virus vaccinia, ditutupi dengan media semi-padat,dan ditempatkan dalam inkubator. Para monolayers diperiksa secara berkala sampai sebuahplakat kecil menjadi terlihat. Sel-sel yang terinfeksi itu kemudian diletakkan di mikroskopinverted dilengkapi dengan kamera. Gambar dari plak diambil setiap jam selama 12-19 jam dandirakit menjadi sebuah film.Film pertama menunjukkan pembentukan plak pada sel monyet terinfeksi virus vaccinia. Infeksivirus dimulai pada fokus kecil di tengah, kemudian menyebar secara radial ke luar. Sebagaimenyebar infeksi, sel-sel mengalami perubahan tahu sebagai efek cytopathic. Lingkaran besarsel-sel mati akan muncul sebagai plak jika monolayer itu ternoda.Film kedua, dilakukan pada perbesaran yang lebih tinggi, menunjukkan tersebar di tepi plakvirus. Virus vaccinia digunakan untuk percobaan ini membawa gen pengkode ditingkatkan green
  • 25. fluorescent protein (EGFP). Oleh karena itu sel yang terinfeksi berpendar hijau sebagai hasilreplikasi virus.Dengan menunjukkan sangat jelas bagaimana sebuah plakat virus berkembang, film ini akanmenjadi sumber pengajaran yang tak ternilai untuk tahun yang akan datang. Saya berterima kasihkepada para penulis studi ini untuk memberikan pandangan yang up-dekat teknik yangvirologists binatang telah menggunakan sejak tahun 1952.Doceul, V., Hollinshead, M., van der Linden, L., & Smith, G. (2010). Tolakan dari virionSuperinfecting: Sebuah Mekanisme Ilmu Penyebaran Virus Rapid DOI:10.1126/science.1183173 PENYAKIT MENULARBakteriologi Imunologi Ilmu jamur Parasitologi Ilmu pengetahuan virus VIDEO CERAMAHBakteriologi - BAB TUJUHBakteriofagDr Gene Mayer DI SPANYOL DI AlbaniaMarilah kita tahu apa yang Anda pikirkanKOMENTAR CARI SAHAM BookMark PRINT HALAMAN INI Gambar logo © Jeffrey Nelson, Rush University, Chicago, Illinois dan The MicrobeLibrary TUJUAN PENGAJARAN Untuk menggambarkan komposisi umum dan struktur bakteriofag Untuk membahas proses menular dan siklus litik perkalian Untuk menjelaskan siklus lisogenik dan pengaturannya
  • 26. © CellsAlive - James A. SullivanI. PENDAHULUANBakteriofag (fag) adalah parasit intraseluler obligat yang berkembang biak di dalam bakteri denganmenggunakan beberapa atau semua biosintesis mesin host (yaitu, virus yang menginfeksi bakteri.).Ada banyak kesamaan antara virus bakteriofag dan sel hewan. Dengan demikian, bakteriofag dapat dilihatsebagai sistem model untuk virus sel hewan. Selain itu pengetahuan tentang siklus hidup bakteriofagdiperlukan untuk memahami salah satu mekanisme yang gen bakteri dapat ditransfer dari satu bakteri yanglain.Pada suatu waktu ia berpikir bahwa penggunaan bakteriofag mungkin merupakan cara yang efektif untukmengobati infeksi bakteri, tetapi segera menjadi jelas bahwa fag dengan cepat dikeluarkan dari tubuh dandengan demikian, adalah nilai klinis yang kecil. Namun, bakteriofag digunakan di laboratorium diagnostikuntuk identifikasi bakteri patogen (fag mengetik). Meskipun mengetik fag tidak digunakan di laboratoriumklinis rutin, digunakan di laboratorium rujukan untuk tujuan epidemiologis. Baru-baru ini, minat baru telahberkembang dalam kemungkinan penggunaan bakteriofag untuk pengobatan infeksi bakteri dan profilaksis.Apakah bakteriofag akan digunakan dalam pengobatan klinis masih harus ditentukan. KATA KUNCI Bakteriofag Fag mengetik Kapsid Ekor Kontraktil selubung Base piring Tail serat Virulen fag Gerhana Awal dan akhir m-RNA Plak Pfu Lysogeny Beriklim fag Profag Lysogen Kohesif berakhir Situs khusus rekombinasi Represi
  • 27. Induksi Lisogenik konversi T4 bakteriofag (TEM x390, 000) © Dennis Kunkel Mikroskopi, Inc . Digunakan dengan izin Bakteriofag T4 Negatif noda mikrograf elektron © ICTV . Gambar 1 Struktur bakteriofag T4II. KOMPOSISI DAN STRUKTUR bakteriofagA. KomposisiMeskipun bakteriofag yang berbeda dapat mengandung bahan-bahan yang berbeda mereka semuamengandung asam nukleat dan protein.Tergantung pada fag, maka asam nukleat dapat berupa DNA atau RNA tetapi tidak baik dan dapat eksisdalam berbagai bentuk. Asam nukleat dari fag sering mengandung atau diubah basis biasa. Dasar tersebutdiubah melindungi asam nukleat fag dari nucleases yang memecah host asam nukleat selama infeksi fag.Ukuran asam nukleat bervariasi tergantung pada fag tersebut. The fag sederhana hanya memiliki asamnukleat yang cukup untuk kode untuk 3-5 produk gen ukuran rata-rata sedangkan fag yang lebih kompleksdapat kode untuk lebih dari 100 produk gen.Jumlah jenis protein dan jumlah masing-masing jenis protein dalam partikel fag akan bervariasi tergantungpada fag tersebut. Para fag sederhana memiliki banyak salinan satu atau dua yang berbeda hanya ketikafag protein yang lebih kompleks mungkin memiliki berbagai macam. Protein berfungsi dalam infeksi danuntuk melindungi asam nukleat dari nucleases di lingkungan.B. StrukturBakteriofag datang dalam berbagai ukuran dan bentuk. Fitur struktur dasar dari bakteriofag diilustrasikanpada Gambar 1, yang menggambarkan fag yang disebut T4.1. Ukuran - T4 merupakan salah satu fag terbesar; itu adalah sekitar 200 nm panjang dan lebar 80-100 nm.fag lainnya lebih kecil. Kebanyakan fag berbagai ukuran 24-200 nm panjangnya.
  • 28. 2. Kepala atau kapsid - Semua fag berisi struktur kepala yang dapat bervariasi dalam ukuran dan bentuk.Beberapa icosahedral (20 sisi) yang lain filamen. Kepala atau kapsid terdiri dari banyak salinan atau lebihyang berbeda protein satu. Di dalam kepala ditemukan asam nukleat. kepala bertindak sebagai pelindungyang menutupi untuk asam nukleat.3. Tail - Banyak tapi tidak semua fag memiliki ekor yang menempel pada kepala fag. Ekor adalah tabunghampa di mana asam nukleat melewati selama infeksi. Ukuran ekor dapat bervariasi dan beberapa fagbahkan tidak memiliki struktur ekor. Di kompleks lebih mirip fag T4 ekor dikelilingi oleh selubung kontraktilyang kontrak selama infeksi bakteri. Pada akhir ekor kompleks fag lebih seperti T4 memiliki pelat dasardan satu atau serat ekor lebih melekat padanya. Plat dasar dan serat ekor terlibat dalam mengikat fag kesel bakteri. Tidak semua fag memiliki pelat dasar dan serat ekor. Dalam hal ini struktur lain yang terlibatdalam pengikatan partikel fag untuk bakteri.III. INFEKSI SEL HOSTA. adsorpsiLangkah pertama dalam proses infeksi adalah adsorpsi dari fag ke sel bakteri. Langkah ini dimediasi olehserat ekor atau oleh beberapa struktur analog pada orang-orang fag yang kurang serat ekor dan itu adalahreversibel. Serat ekor menempel pada reseptor spesifik pada sel bakteri dan spesifisitas host fag (yaitubakteri yang dapat menginfeksi) biasanya ditentukan oleh jenis serat ekor yang fag telah. Sifat darireseptor bakteri bervariasi untuk bakteri yang berbeda. Contohnya termasuk protein pada permukaan luardari bakteri, LPS, pili, dan lipoprotein. Reseptor-reseptor ini berada pada bakteri untuk tujuan lain dan fagtelah berevolusi untuk menggunakan reseptor untuk infeksi.B. ireversibel lampiranLampiran dari fag ke bakteri melalui serat ekor adalah satu lemah dan reversibel. ireversibel mengikat darifag untuk bakteri dimediasi oleh satu atau lebih komponen dari pelat dasar. Fag kurang pelat dasarmemiliki cara lain menjadi erat terikat pada sel bakteri. MOVIE Bakteriofag Memerlukan Quicktime © Mondo Media San Francisco, California 94107 Amerika Serikat dan The MicrobeLibrary Gambar 2 Kontraksi selubung ekor T4C. Sheath KontraksiPara ireversibel mengikat dari fag terhadap hasil bakteri dalam kontraksi sarungnya (bagi fag yang memilikiselubung a) dan serat ekor berlubang didorong melalui amplop bakteri (Gambar 2). Fag yang tidak memiliki
  • 29. selubung kontraktil menggunakan mekanisme lain untuk mendapatkan partikel fag melalui amplop bakteri.Beberapa fag memiliki enzim yang mencerna berbagai komponen amplop bakteri.D. Asam Nukleat InjeksiKetika fag telah mendapat melalui amplop bakteri asam nukleat dari kepala melewati ekor berlubang danmemasuki sel bakteri. Biasanya, komponen fag-satunya yang benar-benar masuk sel adalah asamnukleat. Sisa dari fag tetap di luar bakteri. Ada beberapa pengecualian untuk aturan ini. Ini berbeda darivirus sel hewan yang sebagian besar partikel virus biasanya masuk ke dalam sel. Perbedaan ini mungkindisebabkan oleh ketidakmampuan bakteri untuk bahan menelan. Gambar 3 Daur hidup sebuah fag litik Gambar 4 Assay untuk fag litikIV. Perkalian fag SIKLUSA. litik atau jahat fag1. DefinisiLitik atau fag fag ganas yang hanya dapat berkembang biak pada bakteri dan membunuh sel oleh lisispada akhir siklus hidup.2. Siklus hidupSiklus hidup dari fag litik diilustrasikan pada Gambar 3.a. Eclipse periodeSelama fase gerhana, tidak ada partikel fag menular dapat ditemukan baik di dalam atau di luar sel bakteri.Asam nukleat fag mengambil alih biosintetik mesin host dan fag tertentu m-RNA dan protein dibuat. Adaungkapan tertib fag diarahkan sintesis makromolekul, seperti orang melihat dalam infeksi virus hewan.
  • 30. Awal-RNA kode m untuk protein awal yang diperlukan untuk sintesis DNA fag dan untuk mematikan inangDNA, RNA dan biosintesis protein. Dalam beberapa kasus, protein awal sebenarnya menurunkankromosom inang. Setelah DNA fag dibuat terlambat m-RNA dan protein terlambat dibuat. Protein akhiradalah protein struktural yang terdiri dari fag serta protein yang diperlukan untuk lisis dari sel bakteri.b. Akumulasi intraseluler TahapPada fase ini asam nukleat dan protein struktural yang telah dibuat dirakit dan partikel fag menularmenumpuk dalam sel.c. Lisis dan Tahap ReleaseSetelah beberapa saat bakteri mulai melisiskan akibat akumulasi protein dan lisis fag fag intraseluler yangdilepaskan ke medium. Jumlah partikel dirilis per bakteri mungkin terinfeksi setinggi 1000.3. Assay untuk fag litika. Plaque assayLitik fag yang disebutkan oleh assay plak. plak adalah daerah yang jelas yang dihasilkan dari lisis bakteri(Gambar 4). Setiap plak muncul dari fag menular tunggal. Partikel menular yang menimbulkan plak inidisebut pfu suatu (plak forming unit). Gambar. 5. Circularization kromosom fag: berakhir kohesif Gambar Situs Tertentu rekombinasi 6B. lisogenik atau Beriklim fag1. DefinisiLisogenik atau fag beriklim adalah mereka yang bisa memperbanyak melalui siklus litik atau masukkankeadaan diam di dalam sel. Dalam keadaan diam sebagian besar gen tidak ditranskripsi fag, fag genomada dalam keadaan tertekan. DNA fag dalam keadaan tertekan disebut profag karena tidak fag tetapi iamemiliki potensi untuk menghasilkan fag. Dalam kebanyakan kasus DNA fag benar-benar terintegrasi kedalam kromosom inang dan direplikasi bersama dengan kromosom inang dan diteruskan ke sel anak. Selmenyembunyikan profag tidak terpengaruh oleh kehadiran profag dan negara lisogenik dapat bertahanselamanya. Sel menyembunyikan profag disebut sebuah lysogen.2. Acara Memimpin untuk LysogenyThe fag Prototype: Lambdaa. Circularization kromosom fagLambda DNA adalah molekul linear terdampar ganda dengan kecil daerah beruntai tunggal pada 5berakhir. Ini berakhir beruntai tunggal saling melengkapi (berakhir kohesif) sehingga mereka dapat dasar
  • 31. pasangan dan menghasilkan molekul melingkar. Dalam sel bebas ujung lingkaran dapat diligasikan untukmembentuk lingkaran tertutup kovalen seperti yang diilustrasikan pada Gambar 5.b. Situs khusus rekombinasiSebuah peristiwa rekombinasi, dikatalisis oleh suatu fag kode enzim, terjadi antara situs tertentu pada DNAfag diedarkan dan situs tertentu pada kromosom inang. Hasilnya adalah integrasi DNA fag ke dalamkromosom inang seperti yang diilustrasikan pada Gambar 6.c. Represi dari genome fagSebuah fag kode protein, disebut represor, adalah dibuat yang mengikat ke suatu situs tertentu pada DNAfag, yang disebut operator, dan menutup off transkripsi gen fag paling KECUALI gen represor. Hasilnyaadalah fag genom direpresi stabil yang terintegrasi ke dalam kromosom inang. Setiap fag beriklim hanyaakan menekan DNA sendiri dan bukan dari fag lain, sehingga represi sangat spesifik (kekebalan terhadapsuperinfeksi dengan fag sama). Gambar 7 Pemutusan lysogeny Gambar 8A Scanning mikrograf elektron (SEM) Escherichia coli sel dengan partikel fag(yang muncul sebagai titik-titik putih kecil) yang menempel pada luar sel. © Scott Kachlany, Cornell University Ithaca, NewYork, Amerika Serikat dan The MicrobeLibrary Gambar 8BSEM sel E. coli dengan amplop sel terganggu, mungkin karena fag rilis. Setelah fag replikasi dalam seltuan rumah, mereka harus dibebaskan dari sel inang. Hal ini sering terjadi dengan Gambaran sel.© Scott Kachlany, Universitas Cornell Ithaca, New York, Amerika Serikat dan The MicrobeLibrary3. Acara terkemuka untuk Pengakhiran LysogenyKapan saja bakteri lisogenik terkena kondisi buruk, negara lisogenik dapat dihentikan. Proses ini disebutinduksi. Kondisi yang mendukung penghentian negara lisogenik meliputi: pengeringan, paparan UV atauradiasi pengion, paparan bahan kimia mutagenik, dll kondisi buruk menyebabkan produksi protease (recprotein A) yang menghancurkan protein represor. Hal ini pada gilirannya menyebabkan ekspresi gen fag,pembalikan dari proses integrasi dan perkalian litik.4. Litik vs Siklus lisogenikKeputusan untuk lambda untuk memasuki atau siklus litik lisogenik ketika pertama kali masuk selditentukan oleh konsentrasi represor dan protein lain yang disebut fag CRO dalam sel. Protein CROmematikan sintesis represor dan dengan demikian mencegah pembentukan lysogeny. Kondisi lingkungan
  • 32. yang mendukung produksi CRO akan mengarah pada siklus litik sementara mereka yang mendukungproduksi represor akan menguntungkan lysogeny.5. Pentingnya Lysogenya. Model untuk transformasi virus hewanLysogeny adalah sistem model untuk transformasi virus sel hewanb. Lisogenik konversiKetika sel menjadi lysogenized, ekstra gen kadang-kadang dilakukan oleh fag mendapatkan dinyatakandalam sel. Gen ini dapat mengubah sifat sel bakteri. Proses ini disebut atau konversi fag lisogenik. Hal inidapat signifikansi klinis. lisogenik misalnya fag telah terbukti membawa gen yang dapat memodifikasiantigen O Salmonella, yang merupakan salah satu antigen utama yang respon imun diarahkan. ProduksiToksin oleh Corynebacterium diphtheriae dimediasi oleh gen yang dibawa oleh seorang fag. Hanyamereka strain yang telah diubah oleh lysogeny bersifat patogehttp://pathmicro.med.sc.edu/mhunt/replicat.htmVirus kuantifikasi melibatkan menghitung jumlah virus dalam volume yang spesifik untukmenentukan konsentrasi virus. Hal ini digunakan dalam penelitian dan pengembangan (R & D)di laboratorium komersial dan akademik serta situasi produksi di mana jumlah virus padaberbagai langkah merupakan variabel penting. Sebagai contoh, produksi virus vaksin , proteinrekombinan menggunakan vektor virus dan virus antigen semuanya memerlukan kuantifikasivirus untuk terus beradaptasi dan memonitor proses dalam rangka mengoptimalkan hasilproduksi dan merespon tuntutan perubahan yang pernah dan aplikasi. Contoh kasus tertentu dimana virus yang dikenal perlu dikuantifikasi termasuk skrining klon, keanekaragaman infeksi(MOI) optimalisasi dan adaptasi metode untuk kultur sel. Halaman ini membahas berbagaiteknik yang saat ini digunakan untuk mengukur virus dalam sampel cair. Metode ini dipisahkanmenjadi dua kategori, metode tradisional vs modern. metode tradisional adalah metode standarindustri yang telah digunakan selama puluhan tahun tetapi umumnya lambat dan padat karya.metode modern relatif baru produk komersial yang tersedia dan kit yang sangat mengurangiwaktu kuantifikasi. Hal ini tidak dimaksudkan sebagai kajian mendalam dari semua metode yangpotensial, melainkan sebuah salib perwakilan-bagian dari metode tradisional dan baru, komersialmetode yang ada. Sementara metode dipublikasikan lain mungkin ada untuk kuantifikasi virus,metode non-komersial yang tidak dibahas di sini.Plaque assay
  • 33. Plak virus Herpes Simplex VirusPengujian berbasis Plak merupakan metode standar yang digunakan untuk menentukankonsentrasi virus dalam hal dosis menular. plak Viral uji menentukan jumlah plak membentukunit (pfu) dalam sampel virus, yang merupakan salah satu ukuran kuantitas virus. Uji inididasarkan pada metode mikrobiologi dilakukan pada cawan petri atau piring multi-well. Secarakhusus, sebuah monolayer terimpit dari host sel yang terinfeksi dengan virus pada dilusibervariasi dan ditutup dengan media semi-padat, seperti agar-agar, untuk mencegah infeksi virusdari penyebaran tanpa pandang bulu. Sebuah plakat virus terbentuk ketika virus menginfeksi seldalam monolayer sel tetap. [1] Virus akan lisis sel yang terinfeksi dan menyebarkan infeksi ke selyang berdekatan di mana-untuk-lisis siklus infeksi diulang. Daerah sel yang terinfeksi akanmembuat plak (area infeksi dikelilingi oleh sel yang tidak terinfeksi) yang dapat dilihat secaravisual atau dengan mikroskop optik. pembentukan Plak dapat mengambil 3 - 14 hari, tergantungpada virus yang sedang dianalisis. Plak umumnya dihitung secara manual dan hasilnya, dalamkombinasi dengan faktor pengenceran yang digunakan untuk menyiapkan piring, digunakanuntuk menghitung jumlah plak membentuk unit per satuan volume sampel (pfu / mL). pfu ini /hasil mL menunjukkan jumlah partikel infektif dalam sampel dan didasarkan pada asumsi bahwasetiap plak terbentuk merupakan perwakilan dari satu partikel virus infektif. [2]

×