Your SlideShare is downloading. ×
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
CRVvrouwendag genomic-selection 2013
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Thanks for flagging this SlideShare!

Oops! An error has occurred.

×
Saving this for later? Get the SlideShare app to save on your phone or tablet. Read anywhere, anytime – even offline.
Text the download link to your phone
Standard text messaging rates apply

CRVvrouwendag genomic-selection 2013

158

Published on

Presentatie CRV Vrouwendag 2013 …

Presentatie CRV Vrouwendag 2013
Genomic Selection

Published in: Education
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
158
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0
Actions
Shares
0
Downloads
5
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. Oktober 2013 Genomic Selection Workshop CRV vrouwendag 2013 Marianne Stoop Rekencentrum CRV (Animal Evaluation Unit)
  • 2. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 2 Rekencentrum CRV-AEU
  • 3. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 3 Inhoud workshop • Inleiding Genomic Selection – Fokkerij op het bedijf: waarom willen we genomische info?! – Genomic Selection: wat is het en hoe werkt het? – Verschillende fokwaarden • Talentscan-uitslagformulier • Opdracht – Selecteer de beste vaarzen
  • 4. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 4 Inhoud workshop • Inleiding – Fokkerij op het bedijf: waarom willen we genomische info?! – Genomic Selection: wat is het en hoe werkt het? – Verschillende fokwaarden • Talentscan-uitslagformulier • Opdracht – Selecteer de beste vaarzen
  • 5. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 5 Inleiding: Fokkerij op het bedrijf Hands-on High-Tech Robuustekoeproductie-gerichtekoe Welk type koe heeft UW bedrijf nodig? Welke genen heeft UW bedrijf nodig?!
  • 6. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 6 Inleiding: Fokkerij op het bedrijf
  • 7. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 7 Inleiding: Fokkerij op het bedrijf
  • 8. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 8 Inleiding: De best presterende... Stel je nu eens voor dat je in het kalfje kan kijken en je zou kunnen zien of ze de goede of de slechte eigenschappen van vader en moeder heeft meegekregen. Welkom in de wereld van Genomic Selection
  • 9. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 9 Inleiding: Toepassing GS 0 0 Geneticlevel years Impact of using GS for chosing heifers for replacement breeding program herd with continuous GS
  • 10. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 10 Inleiding: Toepassing GS • Selecteer de beste dieren voor vervanging/ spoelen/export/ …
  • 11. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 11 Inhoud workshop • Inleiding – Fokkerij op het bedijf: waarom willen we genomische info?! – Genomic Selection: wat is het en hoe werkt het? – Verschillende fokwaarden • Talentscan-uitslagformulier • Opdracht – Selecteer de beste vaarzen
  • 12. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 12 Genomic Selection • Merker informatie • Meten is weten • Voor- en Nadelen
  • 13. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 13 Genomic Selection Dochter-fokwaardenDNA ?DNA Fokwaarden??? Pedigree
  • 14. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 14 Genomic Selection Dochter-fokwaardenDNA ?DNA Fokwaarden??? STAP 1: DNA bepalen
  • 15. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 15 DNA • De erfelijke informatie van een dier ligt opgeslagen in het DNA. • Van ieder stukje DNA heb je 2 kopieën: – 1 kopie van je vader – 1 kopie van je moeder Blauw = veel melk Rood = weinig melk
  • 16. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 16 DNA vergeleken met SNP Chip (merkers) Door fluorescentie een bepaalde kleur (rood of groen) Met behulp van scanner weten welke kopieën het dier heeft. Genetische merkers in kaart gebracht! Merker = 1 stukje DNA met 2 kopieën DNA-test = 50.000 merkers
  • 17. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 17 Genomic Selection Dochter-fokwaarden ?Fokwaarden??? DNA DNA Pedigree
  • 18. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 18 Genomic Selection Dochter-fokwaarden ?Fokwaarden??? DNA DNA STAP 2: Waarde merker schatten
  • 19. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 19 Merker informatie: meten Van zoveel mogelijk dochter-geteste stieren de merkers bepalen. Per dier 6000 – 800 000 merkers gemeten. Deze groep stieren heet de referentie-populatie.
  • 20. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 20 Meten is weten • Bij iedere merker kunnen we stieren indelen: 2x groen, groen&rood, of 2x rood • De gemiddelde fokwaarden van de stieren in elke groep zijn een maat voor het merker-effect (fokwaarde = meest betrouwbare meting van gen-effect) 1 1 1 1 1 1 1 1 1
  • 21. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 21 Meten is weten • Bij iedere merker kunnen we stieren indelen: 2x groen, groen&rood, of 2x rood • De gemiddelde fokwaarden van de stieren in elke groep zijn een maat voor het merker-effect (fokwaarde = meest betrouwbare meting van gen-effect) 2 2 2 2 2 2 2 2 2
  • 22. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 22 Meten is weten • Bij iedere merker kunnen we stieren indelen: 2x groen, groen&rood, of 2x rood • De gemiddelde fokwaarden van de stieren in elke groep zijn een maat voor het merker-effect (fokwaarde = meest betrouwbare meting van gen-effect) … … … … … … … … …
  • 23. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 23 Meten is weten Merker 1 Merker 2 Merker … Merker 50000 Kg melk = + … kg = - …. kg = + … kg = - …. kg … … … … Kg vet = + … kg = - …. kg = + … kg = - …. kg … … … … Kg eiwit = + … kg = - …. kg = + … kg = - …. kg … … Vru-index = + … pnt = - …. pnt = + … pnt = - …. pnt … … Ugh-index = + … pnt = - …. pnt = + … pnt = - …. pnt … … …. … … … …
  • 24. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 24 Genomic Selection Dochter-fokwaarden ?Fokwaarden??? DNA DNA Pedigree
  • 25. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 25 Genomic Selection Dochter-fokwaarden ?Fokwaarden??? DNA DNA STAP 3:merkers optellen STAP 4: fokwaarde bepalen
  • 26. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 26 Meten is weten: Genomic Selection Merker-fokwaarde Optelsom van merker- effecten Genomic fokwaarde Inweging van merker- fokwaarde, ouder-info, evt. eigen prestatie en/ of dochter-prestaties Selecteren Op basis van beste Genomic fokwaarde
  • 27. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 27 Genomic Selection Dochter-fokwaarden !!!Genomic Fokwaarden DNA DNA Pedigree, evt. eigen prestatie en/of dochter- prestaties
  • 28. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 28 Nadelen Genomic Selection • Betrouwbaarheid lager dan op basis van dochterinformatie. Gevolg: fokwaarde kan nog schommelen – Een aantal stieren/vaarzen zullen het beter doen dan verwacht – Een aantal stieren/vaarzen zal alsnog tegenvallen • Genetische merkers moeten bepaald worden. • Kenmerken moeten gemeten blijven worden om de merker effecten te kunnen schatten. • Genomic Selection blijft een schatting!
  • 29. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 29 Voordelen Genomic Selection • Op basis van merkers selecteren geeft een betere voorspelling van genetisch potentieel dan oudergemiddelde • Snellere vooruitgang in de fokkerij – Eerst: Stier/Vaars voorselecteren op basis van ouder- informatie, pas nadat ze zelf produceren (of dochters hebben) betrouwbare info – Nu: DNA bekijken en direct veel betrouwbaarder info dan alleen ouder-info • Check tegenvallende vaarzen-lactatie: slecht DNA of niet? • Check goede vaarzen-lactatie: kandidaat voor spoeling?
  • 30. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 30 Voordelen Genomic Selection • Kosten besparing: – Jongere (betere?!) generatie stieren eerder breed inzetbaar en minder stieren als proefstier getest – Betere vaarzen-selectie kan leiden tot minder uitval (bijv. door tegenvallende producties), lager vervangingspercentage, dus lagere opfokkosten, een scherpere vaarzenselectie (minder vaarzen nodig) en betere prestaties (je houdt de beste) en daardoor hogere opbrengsten.
  • 31. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 31 Inhoud workshop • Inleiding – Fokkerij op het bedijf: waarom willen we genomische info?! – Genomic Selection: wat is het en hoe werkt het? – Verschillende fokwaarden • Talentscan-uitslagformulier • Opdracht – Selecteer de beste vaarzen
  • 32. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 32 Verschillende fokwaarden • Verwachtingswaarde – gebaseerd op ouder-informatie (gemiddelde van ouders) – lage betrouwbaarheid • Genomische fokwaarde – gebaseerd op ouder-informatie, en … – gebaseerd op genomische informatie – evt. gebaseerd op eigen observatie en/of informatie van nakomelingen – middelhoge tot hoge betrouwbaarheid • Fokwaarde – gebaseerd op ouder-informatie, en... – gebaseerd op eigen observatie en/of informatie van nakomelingen – middelhoge tot hoge betrouwbaarheid
  • 33. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 33 Verschillende fokwaarden 10096 104 VW, kalf Gfw, kalf FW, na 3de lactatie Gfw_x, na 3de lact.
  • 34. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 34 Inhoud workshop • Inleiding – Fokkerij op het bedijf: waarom willen we genomische info?! – Genomic Selection: wat is het en hoe werkt het? – Verschillende fokwaarden • Talentscan-uitslagformulier • Opdracht – Selecteer de beste vaarzen
  • 35. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 35 Talentscan formulier
  • 36. Genomic Selection | Marianne Stoop | 2 oktober 2012 | 36 Talentscan formulier
  • 37. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 37 Talentscan formulier
  • 38. Genomic Selection | Marianne Stoop | 2 oktober 2012 | 38 Talentscan formulier
  • 39. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 39 Talentscan formulier
  • 40. Genomic Selection | Marianne Stoop | 2 oktober 2012 | 40 Talentscan formulier
  • 41. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 41 Inhoud workshop • Inleiding – Fokkerij op het bedijf: waarom willen we genomische info?! – Genomic Selection: wat is het en hoe werkt het? – Verschillende fokwaarden • Talentscan-uitslagformulier • Opdracht – Selecteer de beste vaarzen
  • 42. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 42 OPDRACHT Selecteer de beste vaarzen
  • 43. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 43 Van kalf naar GS fokwaarde CRV stuurt haarzakje naar Boer Boer neemt haarmonster (en/of bloedmonster/ neusswab) van kalf en stuurt ‘t haarzakje terug naar CRV Haar zo verwerkt dat het naar het laboratorium kan, waar de genetische merkers bepaald worden.
  • 44. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 44 Van kalf naar GS fokwaarde
  • 45. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 45 DNA vergeleken met SNP Chip (merkers) Door fluorescentie een bepaalde kleur (rood of groen) Met behulp van scanner weten welke kopieën het dier heeft. Genetische merkers in kaart gebracht! Van kalf naar GS fokwaarde
  • 46. Genomic Selection | Marianne Stoop | oktober 2013 | 46 Van kalf naar GS fokwaarde Terug naar CRV voor Genomic Selection analyse Inwegen verwachtingswaarde/fokwaarde en merker-info Genomic fokwaarde

×