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    SynbioSS SynbioSS Presentation Transcript

    • SynbioSS Synthetic Biology Software Suite
    • Conceptos previos
        • - REGISTRY OF STANDARD BIOLOGICAL PARTS:
          • Colección de “ladrillos” biológicos para diseñar nuevos organismos o rediseñar los existentes.
    • ¿Qué es un biobrick?
        • · Secuencias de ADN con una función específica.
        • · No hay por qué conocer la secuencia de pares de bases por la que está formado, sólo su funcionalidad-> Abstracción.
    • Biobrick: Ejemplos
    • SynbioSS
      • Software de simulación biológica
      • Tres módulos:
        • Desktop Simulator
        • Designer
        • SynbioSS Wiki
    • SynbioSS: Módulos
    • SynbioSS: ¿Cómo funciona?
    • SynbioSS: Requisitos
      • Windows
      • Mac
      • Distribuciones Unix en general
    • SynbioSS: Designer
      • Transforma el diseño hecho con Biobricks
      • en un fichero SBML o netCDF.
    • SynbioSS: Desktop
      • Crea simulaciones a partir de un fichero SBML o netCDF.
      • Permite crear o modificar estos ficheros de reacciones.
    • SynbioSS: Wiki
      • Base de datos
      • Almacena reacciones y datos cinéticos.
      • Con ello se pueden modificar las reacciones existentes en un fichero o crear uno desde cero.
    • SBML y SBGN
      • Systems Biology Markup Language: Lenguaje de marcas para definir modelos biológicos computacionalmente.
      • Systems Biology Graphical Notation: Notación gráfica para representar procesos biológicos y relaciones.
    • SBML: Ventajas
      • No convierte el modelo en un conjunto de EDO's.
      • Cada programa interpreta el código como quiere:
        • SynbioSS lo interpreta como EDO's.
        • Otros lo usan para generar gráficos (SBGN)
        • Etc...
    • SBML: Ejemplo
      • <?xml version=&quot;1.0&quot; encoding=&quot;UTF-8&quot;?>
      • <sbml level=&quot;2&quot; version=&quot;3&quot; xmlns=&quot;http://www.sbml.org/sbml/level2/version3&quot;>
      • <model name=&quot;EnzymaticReaction&quot;>
      • <listOfUnitDefinitions>
      • <unitDefinition id=&quot;per_second&quot;>
      • <listOfUnits>
      • <unit kind=&quot;second&quot; exponent=&quot;-1&quot;/>
      • </listOfUnits>
      • </unitDefinition>
      • <unitDefinition id=&quot;litre_per_mole_per_second&quot;>
      • <listOfUnits>
      • <unit kind=&quot;mole&quot; exponent=&quot;-1&quot;/>
      • <unit kind=&quot;litre&quot; exponent=&quot;1&quot;/>
      • ....
    • SBML: Esquema
      • ¿Qué hay en todo éste código?
      • Listas de definición de:
        • Funciones
        • Unidades
        • Compartimentos
        • Especies
        • Reacciones
        • ...
    • SBGN
      • Dispone de tres tipos de representaciones gráficas:
        • PD: Process Description
        • ER: Entity Relationship
        • AF: Activity Flow
    • SBGN: Process Description
      • Muestra como varias entidades bioquímicas reaccionan entre sí a lo largo del tiempo.
      • Procesos secuenciales y en paralelo.
    • SBGN: Process Description
    • SBGN: Entity Relationship
      • Permite ver todas las relaciones en las que participan varias entidades.
      • Independientemente del tiempo.
    • SBGN: Entity Relationship
    • SBGN: Activity Flow
      • Describe cómo ciertas actividades biológicas influencian o son influenciadas por otras.
      • Bueno para representar el efecto de las perturbaciones (genéticas o ambientales).
    • SBGN: Activity Flow
    • SBML - SBGN
      • Algunos programas transforman ficheros SBML en gráficos SBGN y viceversa.
      • En concreto utilizan los diagramas PD.