Plone per applicazioni web tecnico‑scientifiche

          Ivan Rossi – BioDec S.r.l.




                   Milano, 28/4/...
Cosa fa BioDec ...


                                    Software e consulenza
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    la produzione dei dati,
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Gestione dati strumentali (LIMS)
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Esempi
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Requisiti fondamentali
●   Fornitore e committente sono in città diverse
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BioDec BMS
●   Integrazione dati di laboratorio (biologia
    molecolare) con database di informazioni
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Haplone
●   Dati sensibili: dati personali e genetici
●   Calcolo di dati derivati (genealogie, aplogruppi)
●   Inseriment...
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  Milano, 28/4/2010
Grazie per l'attenzione!



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        Via Calzavecchio 20/2
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  1. 1. Plone per applicazioni web tecnico‑scientifiche Ivan Rossi – BioDec S.r.l. Milano, 28/4/2010
  2. 2. Cosa fa BioDec ... Software e consulenza in Bioinformatica BioDec S.r.l. Applicazioni web Via Calzavecchio 20/2 40033 Casalecchio di Reno (BO) tecnico‑scientifiche info@biodec.com www.biodec.com Sistemistica Unix/Linux Milano, 28/4/2010
  3. 3. Gestione dati tecnici: ma perché? ● I tecnici lavorano per la produzione dei dati, la loro visualizzazione e gestione non sono percepite altrettanto prioritarie ... però ... ● Spesso i dati devono essere fruiti da chi tanto tecnico non è Milano, 28/4/2010
  4. 4. ... OK, ma quando? ... ● In presenza di dati strutturati – Sappiamo ogni volta che “forma” hanno ● Quando non tutto deve essere visibile a tutti – Una parte dei dati sono confidenziali – Esiste una distinzione di ruoli tra chi accede ai dati ● Quando il processo di analisi è definito – Esiste un “protocollo” da seguire ● Quando i file Excel è troppo grande o sono >1! – Gli spreadsheet servono per fare prototipi Milano, 28/4/2010
  5. 5. ... cioè? Fammi un esempio ... Gestione dati strumentali (LIMS) ● Monitoraggio apparecchiature, anche distribuite ● Aggregazione dati da sorgenti diverse ● Taratura strumentazioni ● Implementazione di protocolli di analisi ● Calcolo e visualizzazione di dati derivati ● Ricerca dati storici Milano, 28/4/2010
  6. 6. Esempi ● BioDec BMS: Raccolta di analisi su composti confidenziali effettuata da fornitore esterno ● BioDec BMS: integrazione dati di laboratorio (biologia molecolare) con database di informazioni accessorie ● Haplone: database di dati speciali, che necessitano del calcolo di quantità derivate Milano, 28/4/2010
  7. 7. Analisi da fornitore esterno Requisiti fondamentali ● Fornitore e committente sono in città diverse (MI e RM): trasmissione crittata via Internet. ● Il fornitore non deve conoscere dettagli sul composto (patent pending) ● Il fornitore deve avere accesso solo ai composti di sua competenza. ● Analisi specifica (IHC) Milano, 28/4/2010
  8. 8. Vediamola Milano, 28/4/2010
  9. 9. BioDec BMS ● Integrazione dati di laboratorio (biologia molecolare) con database di informazioni accessorie (proprietà biosequenze) ● Gestione di protocolli di analisi ● Ricerca e organizzazione dati ● Cross-linking tra dati e piattaforma collaborativa ● Browser di biosequenze rilasciato free (GPL, http://plone4bio.org) Milano, 28/4/2010
  10. 10. Vediamola Milano, 28/4/2010
  11. 11. Haplone ● Dati sensibili: dati personali e genetici ● Calcolo di dati derivati (genealogie, aplogruppi) ● Inserimento dati sia manuale che massivo ● Validazione dati inseriti ● Ricerca sottoinsiemi di dati e loro export ● Statistiche sugli insiemi selezionati Milano, 28/4/2010
  12. 12. Vediamola Milano, 28/4/2010
  13. 13. Grazie per l'attenzione! BioDec S.r.l. Via Calzavecchio 20/2 40033 Casalecchio di Reno (BO) Email: info@biodec.com WWW: www.biodec.com Telefono: 051-0548263 Milano, 28/4/2010
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