MICROARREGLOS DE DNA UNA HERRAMIENTA PARA DETECCIÓN Y DIAGNÓSTICO JORGE RAMÍREZ SALCEDO

1. MICROARREGLOS DE DNA
UNA HERRAMIENTA
PARA DETECCIÓN
Y DIAGNÓSTICO

2. Que es un microarreglo??

3. Uso principal de los Glucosa
Microarreglos de DNA
2 hr + Glucosa 2 hr + Etanol
RNA total RNA total
Cy3 Cy5
cDNA cDNA

4. Cy3
Alexa555
Cy5
Síntesis de cDNA
Incorporación
Alexa647
indirecta de marca fluorescente

5. PREHIBRIDIZACIÓN
AISLAMIENTO
DE RNA TOTAL
SÍNTESIS Y
MARCADO HIBRIDIZACIÓN
DE cDNA
LAVADO
LECTURA

6. Cy3 + Cy5

7. http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

8. GENE EXPRESSION PATTERNS OF
BREAST CARCINOMAS
DISTINGUISH TUMOR SUBCLASSES
WITH CLINICAL IMPLICATIONS
Therese Sørliea, et al.
PNAS September 11, 2001 vol. 98 no. 19 10869–10874

9. Arreglo para genes específicos

10. Ejemplo de hibridización de un chip
diagnóstico para clasificar pacientes
por su firma genética para una patología

11. MICROARREGLOS DE DNA
PARA DETECCIÓN
DE PATÓGENOS

12. Diseño de sondas
DNA genómico E. coli
5´ 3´
sonda
DNA genómico C. jeyuni
5´ 3´
sonda
DNA genómico L. monocitogenes
5´ 3´
sonda
DNA genómico Salmonella spp
5´ 3´
sonda

13. Obtención de DNA marcado
DNA genómico E. coli
5´ 3´
DNA genómico C. jeyuni
5´ 3´
DNA genómico L. monocitogenes
5´ 3´
DNA genómico Salmonella spp
5´ 3´
Hibridización

14. Ejemplo de hibridización de chip diagnóstico para clasificar bacterias por su firma genética
Formato de chip de 16 retículas

15. MICROARREGLOS DE DNA
PARA DETECCIÓN
DE OGMs

16. ORGANISMO TRANSGEN ORGANISMO
BAJA
Exploración – tamizaje
Especificidad del blanco
(determinar si el promotor o el terminador están presentes)
Blanco específico del Gen
Construcción específica
(no importa la combinación de primers hay que asegurar que esta la construcción)
Blanco específico
(hay que asegurar que el evento esta inserto en la planta de acuerdo a los expedientes de los
desarrolladores, las secuencias que ellos proporcionan)
ALTA

17. ORGANISMO TRANSGEN ORGANISMO
Organismo y/o Evento 01
Organismo y/o Evento 02
Organismo y/o Evento 03
Organismo y/o Evento 04
Organismo y/o Evento 05
2.5 mm
Organismo y/o Evento 06
Organismo y/o Evento 07
Organismo y/o Evento 08
Organismo y/o Evento 09
Organismo y/o Evento 10
2.5 mm
PRUEBA DUPLICADO

18. Maíz-Control Maíz-MON863-5
O P A Tg Tr O P A Tg Tr
Maíz, MON-00810-6 B. thuringensis s. kur-cry1AB
Maíz, MON-00603-6 Agrobacterium sp-CP4 cp4
Maíz, MON-00863-5 B. thuringensis s. kum-cry3Bb1
Maíz, MON-00863-5 E. coli-ntpII
Maíz, DAS-01507-1 B. thuringensis v. Aiz-cry1F
Maíz, DAS-01507-1 S. viridochromognes-pat
Soya, MON-04032-6 Agrobacterium sp-5eno3P
Soya, MON-04032-6 E. coli-ntpII
Soya, DP-356043-5 B. licheniformis-gat4601
Soya, DP-356043-5 Glycine max-gm-hra
PRUEBA DUPLICADO

19. Hasta 1000 sondas por arreglo
16 muestras individuales
Idénticas condiciones de:
Hibridización
Lavado
Lectura
Desventajas; se deben procesar
las 16 muestras al mismo tiempo

20. Prototipo visual para la distribución de sondas
en microarreglos para detección y diagnóstico

21. Formatos de chip múltiple, para la prueba simultanea de muestras
1000 sondas
16 muestras individuales
1000 sondas
96 muestras individuales

22. UNIDAD DE MICROARREGLOS DE DNA
UNAM
INSTITUTO DE FISIOLOGÍA CELULAR
Ciudad Universitaria D.F. AP70242. CP04510
Tel. 56225753 FAX 56225630
e-mail jramirez@ifc.unam.mx
http://microarrays.ifc.unam.mx/