CESGA SVG Upgrade 2012                Aplicaciones                Aurelio Rodríguez                aurelio@cesga.esCESGA, ...
AGENDA     ●         Aplicaciones disponibles     ●         Compiladores y herramientas de desarrollo:           ●        ...
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Compiladores y herramientas de desarrollo  Combinaciones de compiladores, librerías BLAS/LAPACK y MPI disponibles:  ➢Compi...
Compiladores Intel             module load icc/ifort: Carga los compiladores de Intel             module help icc/ifort: B...
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Compilación y ejecución con IMPI
Compilación y ejecución con IMPI
MKL      http://software.intel.com/en-us/intel-mkl
MKL
Rendimiento MKL DGEMM         350000         300000         250000                                                        ...
Rendimiento Aplicaciones: Gromacs 4.5.5 d.dppc                                 A phospholipid membrane, a total of 121,856...
Rendimiento Aplicaciones: Gromacs 4.5.5 d.dppc         4000                        FT         3500                        ...
Rendimiento Aplicaciones: Gromacs 4.5.5 d.dppc         300                                                      Sandy 1nod...
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Rendimiento Aplicaciones: Gaussian 09 DFT                                 Sandy cc-pVTZ         4500                      ...
Rendimiento Aplicaciones: Gaussian 09 DFT                                 Sandy cc-pVTZ                                 AM...
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Rendimiento Aplicaciones: MrBayes           450           400                                     SANDY-primates          ...
Rendimiento Aplicaciones: MrBayes             1800             1600                                                       ...
Rendimiento Aplicaciones: Resumen   MrBayes                                                FT                             ...
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Workshop actualización SVG CESGA 2012. Aplicaciones

  1. 1. CESGA SVG Upgrade 2012 Aplicaciones Aurelio Rodríguez aurelio@cesga.esCESGA, GALICIA SUPERCOMPUTING CENTER
  2. 2. AGENDA ● Aplicaciones disponibles ● Compiladores y herramientas de desarrollo: ● Compiladores de Intel ● Rendimiento: ● Librerías ● Aplicaciones reales
  3. 3. Aplicaciones disponibles ➔ www.cesga.es ➔ SOPORTE USUARIOS ➔ Aplicaciones ➔ SVG module av
  4. 4. module help
  5. 5. Compiladores y herramientas de desarrollo Combinaciones de compiladores, librerías BLAS/LAPACK y MPI disponibles: ➢Compiladores de intel. ➢Compiladores de PGI. ➢Compiladores Open64. ➢Compiladores GNU. ➔www.cesga.es ➔INFRAESTRUCTURAS ➔Computación ➔SVG
  6. 6. Compiladores Intel module load icc/ifort: Carga los compiladores de Intel module help icc/ifort: Breve guía de uso
  7. 7. Opciones importantes -O3 (2 1 0) Nivel de optimización -ip/-ipo Optimización entre procedimientos -ftz “Flush to zero” denormals http://software.intel.com/sites/products/collateral/hpc/compilers/compiler_qrg12.pdf
  8. 8. Compilación y ejecución con IMPI https://www.cesga.es/soporte_usuarios/usr-servicio-computacion/Aplicaciones?app=Intel%20MPI%20Library
  9. 9. Compilación y ejecución con IMPI
  10. 10. Compilación y ejecución con IMPI
  11. 11. MKL http://software.intel.com/en-us/intel-mkl
  12. 12. MKL
  13. 13. Rendimiento MKL DGEMM 350000 300000 250000 Sandy-16mflops 200000 AMD-24 150000 FT 100000 50000 300000 0 0 2000 4000 6000 8000 10000 12000 250000 14000 16000 matrix size 200000 150000 100000 50000 0 0 200 400 600 800 1000 1200 1400 1600 1800 2000
  14. 14. Rendimiento Aplicaciones: Gromacs 4.5.5 d.dppc A phospholipid membrane, a total of 121,856 atoms.
  15. 15. Rendimiento Aplicaciones: Gromacs 4.5.5 d.dppc 4000 FT 3500 Sandy 1node AMD 1node 3000 FT 1node AMDTime/s 2500 2000 1500 SANDY 1000 500 0 1 2 4 6 8 10 12 nproc
  16. 16. Rendimiento Aplicaciones: Gromacs 4.5.5 d.dppc 300 Sandy 1node 250 Sandy 2nodes Sandy 4nodes AMD 1nodeTime/s 200 FT 1node 150 100 50 0 16 24 32 64 nproc
  17. 17. Rendimiento Aplicaciones: Gaussian 09 DFT #p B3LYP / cc-pVTZ scf(Tight,MaxCycle=5) Integral(Grid=UltraFine) nosym test Azaindole dimer 01 C C 1 B1 H 2 B2 1 A1 C 2 B3 1 A2 3 D1 ...cc-pVTZ 824 basis functions, 1332 primitive gaussians, 940 cartesian basis functions
  18. 18. Rendimiento Aplicaciones: Gaussian 09 DFT Sandy cc-pVTZ 4500 AMD cc-pVTZ FT cc-pVTZ 4000 3500 3000Time/s 2500 2000 1500 1000 500 0 1 2 4 8 12 16 24 nproc
  19. 19. Rendimiento Aplicaciones: Gaussian 09 DFT Sandy cc-pVTZ AMD cc-pVTZ 450 FT cc-pVTZ 400 350 300Time/s 250 200 150 100 50 0 12 16 24 nproc
  20. 20. Rendimiento Aplicaciones: MrBayes Primates.nex [mcmc settings] mcmcp temp=0.1 nchain=8 samplefreq=1000 printfr=100 nruns=2; mcmcp filename=hymenopteraDating; mcmc ngen=100000; hymfossil.nex: [Data from: Ronquist F, Klopfstein S, Vilhelmsen L, Schulmeister S, Murray DL, Rasnitsyn AP. (submitted 2011 to Systematic Biology): A total-evidence approach to dating with fossils, applied to the early radiation of the Hymenoptera] [mcmc settings] mcmcp temp=0.1 nchain=12 samplefreq=1000 printfr=100 nruns=2; mcmcp filename=hymenopteraDating; mcmc ngen=10000;
  21. 21. Rendimiento Aplicaciones: MrBayes 450 400 SANDY-primates 350 AMD-primates FT-primates 300 Time/s 250 200 150 100 50 0 1 2 4 8 12 16 24 nproc
  22. 22. Rendimiento Aplicaciones: MrBayes 1800 1600 SANDY 1400 AMD 1200 Time/s 1000 800 600 400 200 0 1 2 4 8 12 16 24 nproc
  23. 23. Rendimiento Aplicaciones: Resumen MrBayes FT AMD SANDY Gaussian Gromacs dgemm 0 0,5 1 1,5 2 2,5 3 3,5 4
  24. 24. Preguntas????

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