Sebestyén Endre - Genomok, genomprogramok, biotechnológia 2010-ben - Budapest Science Meetup December

859 views
790 views

Published on

Published in: Education, Travel, Technology
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
859
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
2
Actions
Shares
0
Downloads
5
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide
  • Mi az hogy dns szekvenálás, ACGT, genom, géntérképezés, stb
  • USA Dept of Energy Celera Genomics Draft sequence 2000, cikk 2001
  • Drozi, arabidopsis Haszon és modell növények, állatok, később filogenetikailag fontos fajok is, különböző törzsekből
  • Idő, lefedettség, ár folyamatosan csökken Újabbak Life Technologies, Complete Genomics humán genomokra specializálódva Helicos, NABSys, Oxford Nanopore, stb Kiköpött adatmenyyiségről mondani valamit
  • emrég publikált cikk
  • Sebestyén Endre - Genomok, genomprogramok, biotechnológia 2010-ben - Budapest Science Meetup December

    1. 1. Genomok, genomprogramok, biotechnológia 2010-ben Sebestyén Endre [email_address] Budapest Science Meetup December 15.
    2. 2. DNS és DNS szekvenálás <ul><li>DNS bázissorrend meghatározása </li></ul><ul><li>AACACGTGTACAC… </li></ul><ul><li>Humán genom mérete több mint 3 Gb </li></ul><ul><li>Egyéb fajoké nagyon változatos </li></ul>
    3. 3. Humán genomprogram <ul><li>1990 - 2001 </li></ul><ul><li>1998 - 2001 </li></ul>
    4. 4. Egyéb genomok
    5. 5. Új generációs szekvenáló módszerek <ul><li>Nagy hatékonyságú/kapacitású módszerek </li></ul><ul><li>Párhuzamosítják a szekvenálást </li></ul><ul><li>Első 3 cég </li></ul><ul><ul><li>Roche (454) </li></ul></ul><ul><ul><li>Illumina (Solexa) </li></ul></ul><ul><ul><li>Abi (Solid) </li></ul></ul>
    6. 6. 1000 Genomes <ul><li>Legalább 1000 résztvevő genomjának megszekvenálása </li></ul><ul><li>Komplex, részletes katalógus a humán genetikai variabilitásról. </li></ul><ul><li>www.1000genomes.org </li></ul><ul><li>A map of human genome variation from population-scale sequencing </li></ul><ul><li>Nature Vol: 467, Pages: 1061–1073 (28 October 2010) doi:10.1038/nature09534 </li></ul>
    7. 7. 1001 – 10000 Genomes <ul><li>1001 Genomes </li></ul><ul><ul><li>Arabidopsis thaliana genomok </li></ul></ul><ul><ul><li>Hasonló elképzelés mint a 1000 genom program esetén </li></ul></ul><ul><li>10000 Genomes </li></ul><ul><ul><li>10000 gerinces genom </li></ul></ul><ul><ul><li>Az evolúciós folyamatok megértése a fő cél </li></ul></ul><ul><ul><li>Valójában 16203, többek között kihalt fajok is </li></ul></ul>
    8. 8. Aktuális helyzet humán genomok esetében <ul><li>Genomes by the thousand </li></ul><ul><li>Nature Volume: 467, Pages: 1026-1027 (28 Occtober 2010) doi:10.1038/4671026a </li></ul><ul><li>Október végére 2700 teljes genom </li></ul><ul><li>2011 végére több mint 30000 </li></ul>
    9. 9. Na de mire jó ez a sok adat <ul><li>Az emberi populációk genetikájának megértése. Különbségek és variabilitás vizsgálata </li></ul><ul><li>Betegségek </li></ul><ul><ul><li>Rákos sejtvonalak genomjának vizsgálata </li></ul></ul><ul><ul><li>Crohn betegség, neurodegeneratív betegségek </li></ul></ul><ul><ul><li>Sokminden egyéb </li></ul></ul><ul><li>Egyedi különbségek vizsgálata </li></ul><ul><ul><li>Ha $100 és 2 nap egy genom, akkor miért ne? </li></ul></ul>

    ×