120713 Ver 1.0                                 Raccoon on Mac OSX                Presented by Satoshi Kume, Osaka Prefectu...
3. Raccoonの実行   (1) 事前に作業フォルダに移動する。   (2) 同フォルダ内にraccoon.pyをコピーしておく。   % pythonsh raccoon.py           # Raccoonの実行   以下のよ...
4. Ligand fileの設定(1) Ligand(s) → [+] Add ligands... → リガンドファイルを選択 (PQBQT or PDB or mol2)(2) PDBQT generation options → Par...
5. Protein fileの設定 構造が1個の場合 (1) Recepter(s) → Single target → Check (2) Receptor structure → Add receptor file... → タンパク質の...
6. Mapsの設定(1) Maps → Run AutoGrid... → now (and cache the maps)を選択する。(2) Change the AutoGrid executable → AutoGridを指定する (パ...
7. Dockingの設定(1) Docking → From template... を選択する。(2) DPF template → Load DPF template... → DPF fileを選択する → O.K.(3) ウィンドウ上...
8. VS Generationsの設定 (1) VS Generations → Set directory... → 保存フォルダの設定 (../new_file) ※ 新規フォルダのパスを作製することを推奨する (2) OS Option...
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AutoDock_Raccoon_japanese_ver.1.0

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This is a japanese manual of Raccoon. Raccoon is a graphical interface for preparing AutoDock virtual screenings.

Raccoonのグラフィカルマニュアルです。Raccoonは、AutoDock上でバーチャルスクリーニングを行うためのグラフィカルインターフェースである。

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AutoDock_Raccoon_japanese_ver.1.0

  1. 1. 120713 Ver 1.0 Raccoon on Mac OSX Presented by Satoshi Kume, Osaka Prefecture University0. About Raccoon Raccoonは、AutoDock上でバーチャルスクリーニングを行うためのグラフィカルイン ターフェースである。1. Raccoon (raccoon.py) のダウンロード http://autodock.scripps.edu/resources/raccoon/にてMac版Raccoonをダウンロードする。2. PATHの設定(ターミナルの起動 ・ Homeディレクトリにて)% bash% vi .bashrc         # .bashrcを編集する--------------------------------------------------------------#AutoDock Raccoon # 任意export PATH=$PATH:/Library/MGLTools/1.5.4/binexport PATH=$PATH:/Library/MGLTools/1.5.4/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24export PATH=$PATH:/Users/.../.../universalDarwin10 # AutoDockのPATH (任意ディレクトリ)--------------------------------------------------------------(上記のように、PATHを記述する)% source .bashrc # 念のために% echo $PATH # 上記のPATHが通っているかの確認
  2. 2. 3. Raccoonの実行 (1) 事前に作業フォルダに移動する。 (2) 同フォルダ内にraccoon.pyをコピーしておく。 % pythonsh raccoon.py # Raccoonの実行 以下のようなウィンドウが表示されれば、O.K.Ligand(s)、Receptor(s)、Maps、Docking、VS Generationの順に設定を行う。
  3. 3. 4. Ligand fileの設定(1) Ligand(s) → [+] Add ligands... → リガンドファイルを選択 (PQBQT or PDB or mol2)(2) PDBQT generation options → Partial charges (Add Gasteiger) → Structure repair(Both) → Structure clean-up (Both) → O.K.Optional: (3) Filter ligand list...→ H-bond donorsやMolecular weightなどによりリガンドを間引く。※ Lipinskiルールも選択可能 (1) mol2かPDBの場合 (2) (3) Default Lipinski
  4. 4. 5. Protein fileの設定 構造が1個の場合 (1) Recepter(s) → Single target → Check (2) Receptor structure → Add receptor file... → タンパク質の構造を選択する。 (3) PDBQT generation options → 図のように設定 → O.K. 構造が複数個 (アンサンブルドッキング) の場合 (1) Recepter(s) → Multiple conformations → Check!! → (2) & (3)の設定 (1) 1個 複数 Proteinを選ぶ (2) (3)
  5. 5. 6. Mapsの設定(1) Maps → Run AutoGrid... → now (and cache the maps)を選択する。(2) Change the AutoGrid executable → AutoGridを指定する (パスの設定)(3) GPF template → Load GPF template... → GPF fileを選択する → O.K.(4) ウィンドウ上にGPF fileが表示される※ 作製済みのGPF fileを読み込むことを推奨する。作製方法は、AutoDock Manualを参照のこと。 (1) (2) (3) (4) GPF file内が表示される
  6. 6. 7. Dockingの設定(1) Docking → From template... を選択する。(2) DPF template → Load DPF template... → DPF fileを選択する → O.K.(3) ウィンドウ上にDPF fileが表示される※ 作製済みのDPF fileを読み込むことを推奨する。作製方法は、AutoDock Manualを参照のこと。 (1) (2) (3) DPF fileが表示される
  7. 7. 8. VS Generationsの設定 (1) VS Generations → Set directory... → 保存フォルダの設定 (../new_file) ※ 新規フォルダのパスを作製することを推奨する (2) OS Options → Workstations → Script generation (master script for starting the VS) → Create a VS package file (disabled) (3) GENERATE → DONEになれば、終了! → VS用フォルダが作製されれば、O.K. Ligands、Receptor、Maps、 Docking、Set directoryが緑色 なら、O.K. (1) (2) (3)9. AutoDock VSの実行 (Terminal上で作製したディレクトリに移動する) (RunVS.shがあるディレクトリで以下を実行する) % ./RunVS.sh # AutoDock VSの実行

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