PyMOL_japanese_ver.1.0

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PyMOL_japanese_ver.1.0

  1. 1. 121124 Ver 1.0MacPyMOL & Plug-in on Mac OS X 10.6 Presented by S. Kume, Osaka Prefecture University 原子の選択 全原子の表示・非表示 % select Ca, name ca // Cαの選択 % show all // 全表示 % select bb, c+ca+n+o // 主鎖の選択 % hide all // 全非表示 残基の選択 % select 1-15/ // 1~15番目の残基を選択 % select 1-15, 1-15/ // 1~15番目の残基を名前付き(1-15)で選択 % select 50/ // 50番目の残基を選択 % select /A/50/ // A鎖の50番目の残基を選択 % select resn Trp // アミノ酸(トリプトファン)の選択 % select Trp, resn Trp // アミノ酸(トリプトファン)を名前付き(Trp)で選択 % select resn Tyr // アミノ酸(チロシン)の選択 % select resi 60 // 60番目の残基を選択
  2. 2. 2次構造の選択 % select helix, ss h // すべてのHelixの選択 % select strand, ss s // すべてのStrandの選択 % select loop, ss l // すべてのLoopの選択2次構造ごとに色を変える % color red, ss h // HelixをRed表示にする。 % color yellow, ss s // Strandをyellow表示にする。 % color white, ss l // Loopをwhite表示にする。Cαの重ね合わせ % align [Name A]////ca, [Name B], object=alignment or % align a/*/ca, b/*/ca or % align [aaa], [bbb] // オブジェクト名でも重ねられる。2次構造の変更 (H: helix, S: Strand, L: Loop)30~40番目のアミノ酸配列をHelixに変換 30~40番目のアミノ酸配列をStrandに変換% alter 30-40/, ss=H % alter 30-40/, ss=S% rebuild or % show cartoon % rebuild or % show cartoon
  3. 3. X軸、およびY軸方向への回転% rotate x, 90 or % turn x, 90 % rotate x, -90 or % turn x, -90% rotate y, 90 or % turn y, 90 % rotate y, -90 or % turn y, -90Ovalの設定(シート表示を無くす)% show cartoon // Cartoonの表示% cartoon oval // Cartoon Ovalの表示% set cartoon_oval_length, 0.6 // Cartoonの大きさ設定残基をStick Ball表示にする(%show stick) Cavityの表示% set stick_ball Setting → Surface → Cavities & Pockets (Culled)% set stick_ball_ratio, 1.3 % set cavity_cull, 40% set stick_radius, 0.3 % show surface水素原子を隠す[H]ボタン → Hydrogens → allSurfaceの透明度設定 側鎖とCαとの連結をよく表示する% show surface Setting → Cartoon → Side Chain Helper% set transparency, 07
  4. 4. ステレオ図のon/off Cartoonの初期設定に戻す % stereo on or % stereo off % cartoon automatic残基の削除 色分け区分をはっきりさせる % remove resi 5 % remove resn Trp % set cartoon_discrete_colors, onある残基から?? Å以内の原子を選択する % select resi 60 around 3 // 60番目の残基から3 Å以内の残基を選択する表示解像度の変更 % viewport 640, 480Cartoon & Surfaceの透明度 水素原子のon/off (残基の選択 active) % set cartoon_transparency, 0.5 % set surface_transparency, 0.8 % h_add原子間距離を測定する % distance 60/ca, 90/ca //60番目のCαと90番目のCαとの距離
  5. 5. アミノ酸側鎖への変異導入 (Menu) Wizard → Mutagenesis 共有結合 Menu → Mouse → Selection Mode → Atoms → 原子の選択: 各原子名を調べる % bond 原子名, 原子名 //共有結合を導入する % unbond 原子名, 原子名 //共有結合を削除する Bondの付加 % select pk1, 163/sg % select pk2, 171/sg (名前は、必ずpk1とpk2にする) % bond (or Build → Create bond)※ PDB fileのend前に、CONECT [原子番号] [原子番号]を挿入する方が手っ取り早い
  6. 6. 構造をきれいにする 背景を白にする % ray 1000 or % ray 1000, 1000 % bg_color white % ray 1500 or % ray 1500, 1500 or % set bg_rgb=[1, 1, 1]背景を透明にする 影を消す % set ray_opaque_background, off % set ray_shadows, 0 % rayマンガ絵のような表示設定 % set ray_trace_mode, 0~3 // Rayの設定 (0: Normal、1: Color + Black line、2: Black line、3: High quality) % rayイラスト風の表示設定 All Stateの表示 % set ray_trace_mode,2 % set all_states, 1 // On % set antialias,2 % set all_states, 0 // Off % ray
  7. 7. 動画の作成 (回転図) % mset 1 x160 // 160フレーム分作成する。 % movie.roll(1,80,1) // 1 ~ 80フレームでY軸方向に回転させる。 % movie.roll(81,160,1,"x") // 81 ~ 160フレームでX軸方向に回転させる。 % mstop // 動画を止める。 % mplay // 動画を再生する。動画の作成 (振動図) % mset 1 x30 // 30フレーム分作成する。 % set movie_fps, 30 // スピードの設定 % util.mrock(1,30,10,1,1) // 10 degreesで振る % mstop // 動画を止める。 % mpng sample // 動画を保存する。画像の結合 iMovieを立ち上げる 画像をクリック&ドラッグ 切り取り、KenBurns、および回転の設定 → 全体表示
  8. 8. KUME method% hide all% show cartoon% cartoon oval% set cartoon_oval_length, 0.6% color gray90% color tv_red, ss h% color skyblue, ss s% bg_color white% rayラベルの表示 L → residue % set label_size, 16 % set label_color, red % set label_outline_color, black % set label_font_id, 13 (7 or 10) ※ Command途中にTagを押すと、候補命令文が表示される。MacPyMOLでPlug-inを可能にする MacPyMOL.appの名前をPyMOLX11HYBRIDに変更する。
  9. 9. APBS Plug-in on MacPyMOLAPBS Pluginの設定 1. MacPyMOL.appのFile Nameを変更 → PyMOLX11HYBRID 2. Plugins → Manage Plugins → Install → APBS file内のbin → ApbsClient. py or ApbsClient.pycを読み込む。 3. MacPyMOLのFile Nameを変更 → PyMOLX11HYBRID※ Pluginsに表示されない場合、アプリケーションファイルをつくり直す(MacPyMOLをCopy&PasteしてFile Nameを変更する)。
  10. 10. PQR Fileの作製(Web Serverを使う方が楽!)1. PDB2PQR Serverにアクセスする。(http://kryptonite.nbcr.net/pdb2pqr/)2. Please enter either → a PDB ID or upload a PDB file3. Pick a forcefield to use → PARSE (default)4. Pick an output naming scheme to use → Internal naming scheme (default)5. Available options (default) → Submit6. PQR Fileをダウンロードする
  11. 11. APBS Toolsの使用方法 1. File → Open → PDB Fileの選択 2. PyMOLX11HYBRID → Plugin → APBS Tools...3. Main → Use another PQR→ PQR Fileの選択
  12. 12. 4. Configuration → default5. APBS Location→ APBS binary location→ apbsの選択6. APBS Location→ APBS psize.pylocation→ .pyの選択7. Set grid8. Run APBS→ 20 ~ 30 sかかる
  13. 13. 9. Visualization → Update10. Molecular Visualization→ Low: 10 & High: 10 → Show→右下図が出力される11. Command line → Ray12. Command line → Ray13. File → Save Image As → PNG保存

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