Ligplot+_japanese_ver.1.1
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This is a Japanese manual of LigPlot+. LigPlot+ is a graphical front-end to the LIGPLOT and DIMPLOT programs.

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Ligplot+_japanese_ver.1.1 Ligplot+_japanese_ver.1.1 Presentation Transcript

  • 120816 version 1.1 LigPlot + on Mac OSXLigPlot+は、LIGPLOT (Protein-Ligand) & DIMPLOT (Protein-Protein)プログラムのためのユーザーインファーフェースである。ここでは、LigPlot+上でのAutoDock Dataの扱い方を解説する。 Presented by Satoshi Kume Osaka Prefecture University
  • 1. LigPlot+のダウンロード Academic free (ライセンス登録必要) http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/ 2. LigPlot+の起動 LigPlus.jar をダブルクリックする → (1) パス設定画面が表示される → PyMOL executableの設定 (/Applications/MacPyMOL) → save → (2) LIGPLOT+の画面が表示される(1) (2)
  • 3. PDB fileを開く (1) File → Open PDB file (2) Enter PDB code → PDB codeを入力する or Browse → パソコン内のPDB fileを選択する! → 例として、3o22を読み込んだ (1) (2)4. Run LIGPLOT(1) LIGPLOTの画面を選択(2) Select ligand to plot → リガンドの選択 (1)この場合、OLA 200(A)、PLM201(A)、 (2)OLA191(A)、PLM192(A)の4種類のリガンドが存在する。 (3)(3) Include waters → check! (4)(4) Run
  • 5. PLOTの表示 6. PLOTの保存下図のようなPLOTが表示される (1) (2) (1) DRW fileとして保存する (LigPlot形式) (2) PostScriptとして保存する補足
  • 7. LigPlot上でのAutoDock Dataの扱い方(1) DLG fileの編集 (AutoDock Manualを参照のこと) (ターミナル起動 → DLG fileのあるフォルダに移動する) % grep ^DOCKED XXX.dlg | cut -c9- > XXX.pdbqt # XXXは任意のfile name % cut -c-66 XXX.pdbqt > XXX.pdb → XXX.pdbをテキストで開くと、以下のようなリガンドの原子座標がある。 (計算回数分のリガンド座標が存在する) USER x y z vdW Elec USER _______ _______ _______ _____ _____ ROOT ATOM 1 N4 LIG A 99 25.308 5.516 13.258 -0.16 -0.11 ATOM 2 C15 LIG A 99 25.118 4.470 14.124 -0.26 +0.01 ATOM 3 C16 LIG A 99 25.104 5.030 15.399 -0.24 -0.01 . . . . ATOM 43 C3 LIG A 99 25.976 9.029 9.807 -0.29 +0.01 ATOM 44 C31 LIG A 99 26.328 9.801 8.593 -0.41 +0.03 BRANCH 39 45 ATOM 45 C35 LIG A 99 27.145 10.250 11.588 -0.34 +0.00 ATOM 46 C36 LIG A 99 28.482 10.252 11.528 -0.31 +0.00 ENDBRANCH 39 45 ENDBRANCH 5 36 削除 TORSDOF 12 TER ENDMDL
  • (2) タンパク質及びリガンド座標の重ね合わせ → XXX.pdb内の”ATOM”行から”TER”行までをコピーする(赤線表示部分)。 → タンパク質のPDB file内にペーストし、残基番号等を編集する。 詳細は、PDB fileの編集例を参照のこと(3) LIGPLOT上での表示 → LIGPLOT+の起動 → File → Open PDB file → 上記で作製したPDB fileを読み込む 詳細は、他のセクションを参照のこと
  • PDB fileの編集例① リガンドの各原子番号は1スタートで良い。② リガンド名は任意で良い。③ 残基番号: 最後の残基番号 + 1に設定する。 ④ 原子種: 特に記載する必要はない。 ATOM 1223 O GLU 156 削除 33.613 29.047 16.892 1.00132.15 O ATOM 1224 OXT GLU 156 32.278 29.736 15.257 1.00132.15 O 削除 TER 1225 GLU 156 ATOM 1 N4 LIG 157 18.434 15.863 5.447 -0.13 -0.04 ATOM 2 C15 LIG 157 18.529 14.740 6.228 -0.36 +0.01 ATOM 3 C16 LIG 157 17.903 13.724 5.508 -0.44 -0.01 ATOM 4 C17 LIG 157 17.178 14.361 4.433 -0.45 -0.01 ATOM 5 C18 LIG 157 17.564 15.691 4.411 -0.46 +0.01 ATOM 6 C24 LIG 157 16.223 13.714 3.490 -0.09 +0.01 ATOM 7 H6 LIG 157 18.792 16.760 5.744 -0.44 +0.01 ATOM 8 C14 LIG 157 19.222 14.812 7.478 +0.02 +0.02 ATOM 9 C13 LIG 157 18.911 14.086 8.574 -0.24 +0.02 . . . ATOM 40 H4 LIG 157 18.609 18.177 5.580 -0.15 +0.03 ATOM 41 C4 LIG 157 18.033 20.041 4.803 -0.25 +0.08 ATOM 42 O1 LIG 157 18.518 20.862 5.560 -0.36 -0.10 TER END ① ②③ ④ 1. タンパク質とリガンドの間にある”TER”行を削除する。 注意点 この場合は、TER 1225 GLU 156を削除する。 2. BRANCH、ENDBRANCH、TORSDOF、CONTACTの行は削除しても良い。 3. 各原子座標(x, y, z)は、ピリオドを必ず える。また、残基番号とx座標間は必ず 半角スペース6個入れる。 4. リガンド側にはChain名 (Aなど)を記述しない。タンパク質にはあっても良い。