AutoDock_japanese_ver.1.0

1,410 views
1,252 views

Published on

This is a graphical manual of AutoDock & AutoDockTools in Japanese. Autodock is a molecular docking simulation software.

Published in: Education, Technology
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
1,410
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
4
Actions
Shares
0
Downloads
36
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

AutoDock_japanese_ver.1.0

  1. 1. 120816 version 1.0AutoDock 4.2 & MGLTools on Mac OSX Provided by Satoshi Kume & Masatoshi Nakatsuji Osaka Prefecture University
  2. 2. 1. AutoDock4 (http://autodock.scripps.edu/)とMGL Tools (http://mgltools.scripps.edu/)をダウンロードする。AutoDock4MGL Tools
  3. 3. 2. MGL ToolsのAutoDock Toolsを起動する (ダブルクリック)。 この画面が表示される
  4. 4. 3. PBD fileの取得 Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do) PDB IDまたはkeywordを入力 PDB Fileのダウンロード
  5. 5. 4. Ligand fileの取得① Protein Data Bankから取得② PubChem ~ CORINA Compound nameを入力 1. PubChemでSMILEを取得する http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 2. Online Demo CORINA 3. PDB fileのダウンロード SMILEからPDB fileへの変換 SMILEの入力 SmileをCORINAに投げる。 http://www.molecular-networks.com/node/84
  6. 6. 5. ProteinとLigandのPDBファイルからPDBQTへ変換する。PDBQTファイルは、原子電荷とTorsionの定義を付け加えたPDBファイルである。Process for Protein① File → Read Molecule → Open PDB file (Check Ribon.)② Edit → Hydrogens → add → Polar only → OK. ②③ Edit → Charges → Compute Gasteiger → OK(④ Edit → Hydrogens → Merge Non-Polar)(⑤ Edit → Atoms → Assign AD4 type)⑥ File → save → Write PDBQT (or Grid → Macromolecule→ Choose 同じPDB file → Save PDBQT)⑦ Edit → Delete → All molecules① PDB Fileの表示
  7. 7. ③ ④ ⑤ ⑥ ⑦
  8. 8. Process for Ligand ① Ligand → input → open Ligand PDB File ② Ligand → Torsion Tree → Direct Root ③ Ligand → Torsion Tree → Choose Torsions → Done ④ Ligand → Output → save as PDBQT ⑤ Edit → Delete → All molecules① PDB Fileを呼び出す②
  9. 9. ③ 最大32個まで回転可能 ④ 回転箇所の確認 PDBQT Fileとして保存
  10. 10. 6. GridBoxを設定する。 ① Grid → Micromolecules → Open PBDQT file ② Grid → Set Map Types → Open ligand PDBQT file ③ Grid → Grid Box → Grid Boxの設定 → File → close saving current ④ Grid → output → Save GPF① Protein Fileの表示② Ligand Fileの表示
  11. 11. ③ Grid Boxの 大きさ変更 Grid BoxのSave ④ Grid Boxの 位置変更 GPF Fileの保存
  12. 12. 7. Run AUTOgrid※ PDBQTとGPF Fileを同じフォルダにおく。① RUN → AUTOgrid4② Program Pathname → universal darwin10のAUTOgrid4を選択③ Parameter Filename → gpf file④ Log Filename → glg file⑤ ターミナルを起動 → bashを起動する。⑥ PDBQTのあるFileまで移動して、CMDコードを貼付け、Enter。Map fileができる。⑦ Edit → Delete → All molecules ①② autogrid4を選択する③ GPF fileを選択する ④ Nameを付ける⑤ CmdをCopyする
  13. 13. ⑤ bashと入力する % ls: 現在のフォルダを表示 % cd: フォルダの移動 % cd AAA*: AAAから始まる 実行Fileがあるフォルダへ移動 PDBQTとGPFがあるフォルダに移動する⑥ CmdをCopy&Pasteして、Enter。※ 1 分ぐらいで完了する。 ⑦ PDBQT fileを消す
  14. 14. 8. Dockingパラメータを設定する。① Docking → Macromolecules → Set Rigid Filename → PDBQT File of Protein② Docking → Ligand → Open PDBQT File of ligand → Accept③ Docking → Search Parameters → Genetical Algoritm Parameters→ Number of GA Runs ≥ 200, Maximum Number of generation: 270000 → Accept④ Docking → Docking Parameters → Accept⑤ Docking → Output → Lamarckian GA ① Rigid Protein Fileの 読み込み ② Ligand FileのDocking
  15. 15. ③④⑤
  16. 16. 9. RUN AutoDock4 ① Run → Run AUTODOCK4 ② Program Pathname → Browse → universal darwin10 → AUTODOCK4を選択 ③ Parameter Filename → DPF File ④ Log Filename → DLG File ⑤ ターミナルの起動 → Bashに変更 → 実行フォルダに移動 ⑥ CMD codeの貼付け → Enter ⑦ ユーティリティ → アクティビティモニタ → Autodockの動作確認 ※ MGL Tools、及びX11は消しても大丈夫。 ① ② ③ ④ ⑤
  17. 17. 10. Analysis of AutoDock Data ① Analyze → Dockings → Open DLG file ② Analyze → Macromolecule → Open PDBQT file of Protein ③ Analyze → Clusterings → Show → Docking Parameter表示 ④ Analyze → Dockings → Show Interactions → for all residuesにチェック ⑤ Docking Parameterの各グラフをダブルクリックでDocking表示 ※ .dlg fileをテキストエディットで表示することで各Docking結果を表示可能 (rankで検索,2個目)① Ligand .dlg file の読み込み② Protein .pdbqt file の読み込み
  18. 18. Docking③ Parameterの表示④11. DLG fileをPDB fileへ変換 ① ターミナル起動 → docking fileのあるディレクトリへ移動 (% cd) ② % grep ‘^DOCKED’ XXX.dlg | cut -c9- > XXX.pdbqt ③ % cut -c-66 XXX.pdbqt > XXX.pdb # XXXは任意のファイル名 ④ Pymol上でProteinとLigandのPDB fileを開き,重ね合わせる 補足: % less XXX.dlg # DLG file内をターミナル上で表示するコマンド

×