A_road_to_AMBER_simulations_ver_1.0

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A_road_to_AMBER_simulations_ver_1.0

  1. 1. 121213 ver 1.0 A road to AMBER Simulations ∼ CentOS 6.2 on Mac OS X ∼ Contents 1. CentOS/rEFlt on Mac OS X 2. CentOS/VirtualBox on Mac OS X 3. AMBER12 on CentOS 6.2 4. VMD on CentOS 6.2 5. MPI on CentOS 6.2 Satoshi Kume, Osaka prefecture university
  2. 2. 1. How to boot CentOS/rEFlt on Mac OS X1. ディスクユーティリティによるディスク検証 ※ アプリケーション ユーティリティ ディスクユーティリティ ※ First Aid ディスクのアクセス権を検証・修復 ※ First Aid ディスクを検証・修復2. デフラグ (iDefrag4) ※ ハードの断片化がヒドい場合(有料)3. rEFltのダウンロード・インストール ※ パソコン立ち上げ時に、選択可能 http://refit.sourceforge.net/4. CentOS 6のダウンロード・ isoディスクの作成 ※ isoディスクの作成は、ディスクユーティリティを使ってDVDに焼く5. (再起動) CentOS 6 メディアから起動・インストール http://www.centos.org/ ※ 起動後、60 秒くらい待つ (Auto installでないとエラーが起こる) ※ Rootパスワードの入力 ※ パーティションの設定: 40 GB (et3)、2048 MB (SWAP)、1 GB (Free)。 ※ 起動設定: Desktopを選択してインストールする ※ Start Partition Tool MBRのupdate パソコンの再起動 CentOSの起動 ユーザーの設定
  3. 3. 2. How to install CentOS6/VirtualBox on Mac OS X 1. Oracle VM VirtualBoxのダウンロード 2. CentOS 6のダウンロード ※ iso形式のまま使用する 3. VirtualBoxの起動 ※ 新規 LINUX Red Hat 64bitを選択 https://www.virtualbox.org/ ※ 設定 ストレージ CD/DVDドライブとしてiso fileを選択する ※ 元の画面に戻って、起動ボタンを押す ※ CentOSのインストール (各種設定は、別章参照) ※ Nit Disconnect errorの場合の対処法: Ctrl + Alt + F1 (or F2) login % shutdown -h now
  4. 4. 3. How to install Amber12 on CentOS 6.20. CentOS 6の設定 RootでのLog in (Log in の際に) Other → Username: root → Password: (任意) → O.K. a. スーパーユーザー (root)の権限取得 (Applications System Tools ターミナルの起動) % su - // -だけ (rootパスワードを入力) /rootからはじまる b. root時における書き換え権限の設定 % cd /usr % chmod 777 local // local(ファイル名)での書き換え権限を与える % cd local % mkdir amber12 // local内に、amber12 fileをつくる % chmod 777 amber121. AmberTools12のダウンロード・解凍 user/local/amber12内に、configureなどの AmberTools12の中身をおく。 http://ambermd.org/AmberTools-get.html
  5. 5. 2. Amber12の解凍 user/local/amber12内に、中身だけおく。※ DOC, Read meはそのまま。3. PATHの設定 % vi .bash_profile // ホームディレクトリで ------------------------ % AMBERHOME=/user/local/amber12 % export AMBERHOME % export PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH ------------------------(escをおしてから、Shift +zzで保存・終了) % source .bash_profile4. yum install (root時に) (% yum install yum-fastestmirror) (% yum -vy update) % yum install tk-devel % yum groupinstall “development Tools ” // sの後はスペース? % yum install libX* % yum install bzip2-devel (% yum install xorg*) (% yum install libx*) (% yum install libbz2-del zlib1g-del) ※※ 有線でネットに繋ぐ 右上ネットワークアイコンにてsystem eth0を選択する
  6. 6. 5. Configure (in Amber12 File) % ./configure gnu % make instal (結構時間がかかる) ※ Completeとなれば、Amber12のインストール完了。 ※ エラーが出る場合、4のステップに戻る。6. Amber12の起動確認 % cd bin // user/local/amber12/bin % ./xleap // xleapが立ち上がることを確認7. 再びパスの設定 (どこでもO.K.) % PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin % export PATH (or % export PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin) % echo $PATH // PATHの確認Remarks: /homeにある.bash_profileをviで開き、 % export PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin を追加する。 (/etc/profileを編集する場合、全ユーザーに適応される)
  7. 7. 4-1. How to install VMD on CentOS 6.21. VMDのダウンロード・解凍・インストール ※ デスクトップ上にて解凍 ※ ターミナル起動 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ % su - // root権限の取得 (rootパスワード入力) ※ VMD file内に移動 % ./configure (何かメッセージが出るが無視) % cd src % make install (or % sudo make install) (VMD installation complete. Enjoy!が出れば、O.K.) % vmd // VMDが起動するはず!! (ダメな場合は、以下を入力する) % yum -vy update // システム全体の更新 % export PATH=$PATH:/usr/local/bin/vmd % vmd // 再挑戦!!
  8. 8. 4-2. How to use VMD on MacMD結果の視覚化 1. File → New Molecule... 2. Load files for → New Molecule → .prmtop fileの選択 (AMBER7 Parm) → Load 3. Load files for → .prmtop fileの選択 → .mdcrd fileの選択 → Load   ※ 溶媒和ボックス(TIP3PBOX etc)の場合、AMBER Coordinates with Periodic Box   ※ その他の場合(仮想溶媒 igb = 1など)、AMBER Coordinates を選択する 4. Displayに出力される1. 2. 4. 3. 再生ボタン
  9. 9. 5. MPI (Message-Passing Interface) on Cent OS 1. パッケージのインストール (ターミナル) % su // Root権限 <パスワード> (% yum install gcc*) % yum install glibc* // 一通りのパッケージをインストール % yum install compat* // するのがお手軽。 % yum install libstdc* % yum install libb* % yum install openmpi* // いらないかも? % yum install mpi* // 必須 2. AMBER-MPIのインストール % cd $AMBERHOME // 設定済みであることが前提。 % ./configure -mpi gnu (...) (Configure complete ...) % make install (...) (Installation of AmberTools12 MPI ...) % cd src // src ディレクトリに移動 % make (or % make parallel) (...) % which sander.MPI // インストール ・ パスの確認 .../amber12/bin/sander.MPI // となれば、インストール成功!!
  10. 10. 3. MPIの設定(1個の計算機ノードの場合) % which mpiexec (or % which mpd) // インストール ・ パスの確認 % cd $HOME // ホームディレクトリに移動 (マニュアル可) % touch .mpd.conf // .mpd.conf の作製 (% ls -a // 確認) % chmod 600 .mpd.conf % vi .mpd.conf --------------------------------------------------- secretword = protein123 // protein123 は任意 --------------------------------------------------- % vi mpd.hosts // 新規作成 & 編集 --------------------------------------------------- localhost.localdomain // localhost は任意 .... // 他にもホストが有れば、列記する --------------------------------------------------- % mpdboot -f mpd.hosts // 重要!! (% mpdboot -n 4 -f mpd.hosts // 複数機の並列計算の場合) % mpdtrace // MPDデーモンの確認 localhost // と表示されれば、O.K.
  11. 11. 4. sander.MPIの実行方法 4個のCPUを用いた並列計算の場合 % mpiexec -np 4 sander.MPI -O -i X.in -c -p .....       -np 4 : 使用するコア数       sander.MPI : 使用する計算プログラム名 -O -i X.in -c -p .....: SANDER コマンド        MPDデーモンの終了 % mpdallexit // 1ノードの場合、必要か?

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