Afleiding formule van Michaelis Menten <ul><li>k 1  [E].[S] = (k 2  + k -1 )[ES] </li></ul><ul><li>K M  = (k -1  + k 2  )/...
Betekenis van K M <ul><li>Wanneer [S]=K M  dan V 0 =V max /2. </li></ul><ul><li>Een lage K M  wilt dus zeggen dat bij een ...
Bepaling van K m  en V max  Lineweaver-Burk plot.
Turnover number van Enzym <ul><li>Turnover number is het aantal substraat moleculen dat wordt omgezet in product per secon...
f ES  fractie van het aantal enzymen dat is bezet met subtraat. <ul><li>Een andere belangrijke grootheid is de fractie van...
k cat /K M <ul><li>V 0  = {k cat /K M  }[E T ][S] geldt als [S]<<K M </li></ul><ul><li>Dus de snelheid onder deze conditie...
Remming van enzymen <ul><li>Irreversibele remmers: dissocieren zeer langzaam, sterk gebonden aan enzym. (voorbeeld penicil...
Remming enzymen
Remming Enzymen De oncompetitieve binding site wordt gecreëerd door binding van substraat aan enzym.
Remming Enzymen.
Competitieve remmer. K M app  = K M (1 + [I]/K i )
Reversibele remmers zijn kinetisch te onderscheiden. <ul><li>Competitive remmer. </li></ul>V max  verandert niet K M  neem...
Competitieve remmer. <ul><li>De dissociatie constante voor de remmer is:  </li></ul><ul><li>K i  = [E][I]/[EI] Bij lage K ...
Competitieve remmer. Dehydrofolaat reductase
Non-Competitieve remmer V max app = V max (1 + [I]/K i )
Non-competitive remmer V max  neemt af K M  verandert niet
Non-Competitieve remmer V max app = V max (1 + [I]/K i )
Un-competitieve remmer
Oncompetitieve remmer V max  neemt af  K M  neemt af
Afleiding formule van Michaelis Menten <ul><li>E + S  </li></ul><ul><li>E + S  </li></ul><ul><li>E + S  </li></ul><ul><li>...
Oncompetitieve remmer V max  neemt af  K M  neemt af
Irreversibele remmers kunnen gebruikt worden om de actieve site te bepalen. <ul><li>Groep specifieke remmers. Deze reagere...
<ul><li>Affinity labels zijn moleculen die structureel identiek zijn aan substraat en covalent binden aan actieve site res...
 
Catalytic Strategies. Chapter 9. Wat is de katalytische kracht en specificiteit van enzymen? Hoe verlaagt een enzym de act...
Bespreking 4 klasse van enzymen <ul><li>Serine proteases (chymotrypsine) </li></ul><ul><li>Carbonic anhydrase </li></ul><u...
Algemene katalytische principes <ul><li>Covalent Catalysis : een reactieve groep vormt tijdelijk een covalente binding met...
Algemeen <ul><li>De bindingsenergie is de vrije energie die vrijkomt bij de vorming van een groot aantal zwakke interactie...
Bespreking 4 klasse van enzymen <ul><li>Serine proteases (chymotrypsine) </li></ul><ul><li>Carbonic anhydrase </li></ul><u...
Proteases vergemakkelijken een fundamenteel moeilijke reactie
Specificiteit van chymotrypsine Chymotrypsie knipt peptidebindingen selectief aan de carbonyl terminale site van grote hyd...
Chymotrypsine gebruikt een krachtige nucleofiel om de niet reactieve carbonylgroep aan te vallen  Wat is het nucleofiel da...
Reacief serine op 195 speelt een essentiele rol  Enzym behandelen met di-isopropylphosphofluoraat (irreversibele remmer). ...
Meten enzymreactie <ul><li>“ Stopped flow” methode: mengen substraat en enzym en binnen milliseconde hoeveelheid product m...
Hydrolyse door chymotrypsine verloopt in twee stappen
Hydrolyse door chymotrypsine vindt plaats in twee stappen Stap 1 acylation waarbij acyl-enzym intermediate ontsaat, stap 2...
The active site is formed by two loop regions from each domain catalytic strategies
Ser 195 is een onderdeel van Catalytic triade: Asp102; His57 en Ser195. Serine 195 wordt omgezet in een nucleofiel.  Hoe z...
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Enzymen 3e deel

4,474 views
4,051 views

Published on

1 Comment
1 Like
Statistics
Notes
No Downloads
Views
Total views
4,474
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
2
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
1
Likes
1
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Enzymen 3e deel

  1. 1.
  2. 2. Afleiding formule van Michaelis Menten <ul><li>k 1 [E].[S] = (k 2 + k -1 )[ES] </li></ul><ul><li>K M = (k -1 + k 2 )/k 1 </li></ul><ul><li>[ES]=[E][S]/K M </li></ul><ul><li>[E] = [E] T – ES </li></ul><ul><li>V max = k 2 [E] T </li></ul><ul><li>V 0 = V max . [S] / {[S]+K M } </li></ul>
  3. 3. Betekenis van K M <ul><li>Wanneer [S]=K M dan V 0 =V max /2. </li></ul><ul><li>Een lage K M wilt dus zeggen dat bij een lage substraat concentratie al een snelheid bereikt wordt die gelijk is aan de helft van de maximale. </li></ul><ul><li>Fysiologische betekenis van K M </li></ul>
  4. 4. Bepaling van K m en V max Lineweaver-Burk plot.
  5. 5. Turnover number van Enzym <ul><li>Turnover number is het aantal substraat moleculen dat wordt omgezet in product per seconde wanneer het enzym volledig verzadigd is met substraat. </li></ul><ul><li>Turnover number is gelijk aan k 2 (ook wel k cat genoemd. </li></ul><ul><li>V max =k 2 [E] T </li></ul>
  6. 6. f ES fractie van het aantal enzymen dat is bezet met subtraat. <ul><li>Een andere belangrijke grootheid is de fractie van het enzym dat bezet is met substraat: </li></ul><ul><li>f ES = V / V max = [S] / {[S]+ K M } </li></ul>
  7. 7. k cat /K M <ul><li>V 0 = {k cat /K M }[E T ][S] geldt als [S]<<K M </li></ul><ul><li>Dus de snelheid onder deze condities is afhankelijk van k cat /K M , [S] en [E T ]. </li></ul><ul><li>k cat /K M is de snelheids constante voor de interactie van E plus substraat. </li></ul>
  8. 8. Remming van enzymen <ul><li>Irreversibele remmers: dissocieren zeer langzaam, sterk gebonden aan enzym. (voorbeeld penicilline bindt covalent aan enzym transpeptidase) </li></ul><ul><li>Reversibele remmers: Snelle dissociatie ; </li></ul><ul><li>Competitieve; oncompetitieve en noncompetitieve </li></ul>
  9. 9. Remming enzymen
  10. 10. Remming Enzymen De oncompetitieve binding site wordt gecreëerd door binding van substraat aan enzym.
  11. 11. Remming Enzymen.
  12. 12. Competitieve remmer. K M app = K M (1 + [I]/K i )
  13. 13. Reversibele remmers zijn kinetisch te onderscheiden. <ul><li>Competitive remmer. </li></ul>V max verandert niet K M neemt toe.
  14. 14. Competitieve remmer. <ul><li>De dissociatie constante voor de remmer is: </li></ul><ul><li>K i = [E][I]/[EI] Bij lage K i bindt de remmer sterk aan enzym. </li></ul><ul><li>K M van enzym wordt groter er is meer substraat concentratie nodig om halve snelheid te bereiken. </li></ul><ul><li>K M app = K M (1 +[I]/K i ) </li></ul>
  15. 15. Competitieve remmer. Dehydrofolaat reductase
  16. 16. Non-Competitieve remmer V max app = V max (1 + [I]/K i )
  17. 17. Non-competitive remmer V max neemt af K M verandert niet
  18. 18. Non-Competitieve remmer V max app = V max (1 + [I]/K i )
  19. 19. Un-competitieve remmer
  20. 20. Oncompetitieve remmer V max neemt af K M neemt af
  21. 21. Afleiding formule van Michaelis Menten <ul><li>E + S </li></ul><ul><li>E + S </li></ul><ul><li>E + S </li></ul><ul><li>E + S ES E + P </li></ul><ul><li>V 0 = k 2 [ES] </li></ul><ul><li>Steady state Snelheid van vorming ES is gelijk aan de afbraak van ES. (k -2 is bij benadering 0) </li></ul><ul><li>k 1 [E].[S] = (k 2 + k -1 )[ES] </li></ul>k -2 k 2 k -1 k 1
  22. 22. Oncompetitieve remmer V max neemt af K M neemt af
  23. 23. Irreversibele remmers kunnen gebruikt worden om de actieve site te bepalen. <ul><li>Groep specifieke remmers. Deze reageren met specifieke zijketens van aminozuren. </li></ul>
  24. 24. <ul><li>Affinity labels zijn moleculen die structureel identiek zijn aan substraat en covalent binden aan actieve site residuen. </li></ul>Affinity labels
  25. 26. Catalytic Strategies. Chapter 9. Wat is de katalytische kracht en specificiteit van enzymen? Hoe verlaagt een enzym de activeringsenergie?
  26. 27. Bespreking 4 klasse van enzymen <ul><li>Serine proteases (chymotrypsine) </li></ul><ul><li>Carbonic anhydrase </li></ul><ul><li>Restriction endonucleases </li></ul><ul><li>Nucleoside monophosphate kinases </li></ul>
  27. 28. Algemene katalytische principes <ul><li>Covalent Catalysis : een reactieve groep vormt tijdelijk een covalente binding met substraat. </li></ul><ul><li>General Acid-Base Catalysis : een molecuul (anders dan water) speelt de rol van een proton-donor of -acceptor. </li></ul><ul><li>Catalysis by Approximation: Twee substraten worden bij elkaar gebracht langs een bindings-oppervlak op een enzym. </li></ul><ul><li>Metal Ion Catalysis: een metaal-ion kan zorgen voor de vorming van een nucleofiel of dient als een elektrofiel stabiliserend negatieve lading. </li></ul>
  28. 29. Algemeen <ul><li>De bindingsenergie is de vrije energie die vrijkomt bij de vorming van een groot aantal zwakke interacties tussen enzym en substraat. </li></ul><ul><li>Deze bindingsenergie zorgt voor specificiteit en toename efficiëntie van katalyse. </li></ul><ul><li>Interactie tussen enzym en substraat stabiliseert de transition state hetgeen verlaging van de activeringsenergie tot gevolg heeft. </li></ul>
  29. 30. Bespreking 4 klasse van enzymen <ul><li>Serine proteases (chymotrypsine) </li></ul><ul><li>Carbonic anhydrase </li></ul><ul><li>Restriction endonucleases </li></ul><ul><li>Nucleoside monophosphate kinases </li></ul>
  30. 31. Proteases vergemakkelijken een fundamenteel moeilijke reactie
  31. 32. Specificiteit van chymotrypsine Chymotrypsie knipt peptidebindingen selectief aan de carbonyl terminale site van grote hydrofobe aminozuren.
  32. 33. Chymotrypsine gebruikt een krachtige nucleofiel om de niet reactieve carbonylgroep aan te vallen Wat is het nucleofiel dat chymotrypsine gebruikt?
  33. 34. Reacief serine op 195 speelt een essentiele rol Enzym behandelen met di-isopropylphosphofluoraat (irreversibele remmer). DIPF modificeert 1 van de 28 ser in chymotrypsine. Het remt het enzym volledig. Uit structureel werk bleek dat ser 195 was gemodificeerd.
  34. 35. Meten enzymreactie <ul><li>“ Stopped flow” methode: mengen substraat en enzym en binnen milliseconde hoeveelheid product meten. </li></ul>
  35. 36. Hydrolyse door chymotrypsine verloopt in twee stappen
  36. 37. Hydrolyse door chymotrypsine vindt plaats in twee stappen Stap 1 acylation waarbij acyl-enzym intermediate ontsaat, stap 2. deacylation met H 2 O Voorbeeld dus van covalent catalyse
  37. 38. The active site is formed by two loop regions from each domain catalytic strategies
  38. 39. Ser 195 is een onderdeel van Catalytic triade: Asp102; His57 en Ser195. Serine 195 wordt omgezet in een nucleofiel. Hoe zorgt de rangschikking van de drie residuen in de triade tot een hoge reactiviteit van ser 195.

×