Your SlideShare is downloading. ×
Ngs 6
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Thanks for flagging this SlideShare!

Oops! An error has occurred.

×
Saving this for later? Get the SlideShare app to save on your phone or tablet. Read anywhere, anytime – even offline.
Text the download link to your phone
Standard text messaging rates apply

Ngs 6

77

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
77
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
1
Actions
Shares
0
Downloads
2
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. Шестое домашнее задание Граф де Брюйна 2 1. Упрощение графа Используя программу из задания №5, попробуйте две наиболее простые стратегии очистки графа от мусора: ● отбрасывание всех типов (тупиковых ребер с небольшим покрытием и небольшой длиной) ● отбрасывание всех низкопокрытых и коротких ребер Оцените, какой подход лучше, то есть письменно приведите краткое обоснование. 2. Оценка качества ассемблера Оцените полученные вами контиги, используя QUAST (/storage/labnas/NGS/6/ quast/). Тоже хотелось бы краткий отчет своими словами. Данные: Папка: /storage/labnas/NGS/6/ Данные: s_6.first1000.fastq s_6.first10000.fastq s_6.first100000.fastq Соответствующие им геномы: MG1655-K12.first1K.fasta MG1655-K12.first10K.fasta MG1655-K12.first100K.fasta

×