• Share
  • Email
  • Embed
  • Like
  • Save
  • Private Content
Ngs 5 0
 

Ngs 5 0

on

  • 264 views

 

Statistics

Views

Total Views
264
Views on SlideShare
194
Embed Views
70

Actions

Likes
0
Downloads
0
Comments
0

2 Embeds 70

http://bioinformaticsinstitute.ru 61
http://edyday.org 9

Accessibility

Categories

Upload Details

Uploaded via as Adobe PDF

Usage Rights

© All Rights Reserved

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Processing…
Post Comment
Edit your comment

    Ngs 5 0 Ngs 5 0 Document Transcript

    • Пятое домашнее задание Граф де Брюйна Можно почитать: http://bioinf.spbau.ru/bootcamp/assembly особенно http://bioinf.spbau.ru/sites/default/files/Pevzner_Final2.pdf 1. Построить сжатый граф де Брюйна Написать программу, которая по заданному k и fasta/fastq файлу: ● строила бы сжатый граф де Брюйна ● считала среднее покрытие каждого ребра ● выводила ребра в .fasta файл ● выводила граф в .dot файл Рекомендую не пренебрегать эффективностью программы, а также её гибкостью. Она вам понадобится в следующем ДЗ. Данные: Папка: /storage/labnas/NGS/5/ Данные: test1.fasta test2.fasta ECOLI_IS220_QUAKE_1K_single_reads.fasta ECOLI_IS220_QUAKE_1K_paired_reads.fasta s_6.first1000.fastq s_6.first10000.fastq s_6.first100000.fastq