Ngs 5 0

261
-1

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
261
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
4
Actions
Shares
0
Downloads
2
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Ngs 5 0

  1. 1. Пятое домашнее задание Граф де Брюйна Можно почитать: http://bioinf.spbau.ru/bootcamp/assembly особенно http://bioinf.spbau.ru/sites/default/files/Pevzner_Final2.pdf 1. Построить сжатый граф де Брюйна Написать программу, которая по заданному k и fasta/fastq файлу: ● строила бы сжатый граф де Брюйна ● считала среднее покрытие каждого ребра ● выводила ребра в .fasta файл ● выводила граф в .dot файл Рекомендую не пренебрегать эффективностью программы, а также её гибкостью. Она вам понадобится в следующем ДЗ. Данные: Папка: /storage/labnas/NGS/5/ Данные: test1.fasta test2.fasta ECOLI_IS220_QUAKE_1K_single_reads.fasta ECOLI_IS220_QUAKE_1K_paired_reads.fasta s_6.first1000.fastq s_6.first10000.fastq s_6.first100000.fastq

×