Ngs 4

239 views
175 views

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
239
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
7
Actions
Shares
0
Downloads
3
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Ngs 4

  1. 1. Quake Сайт: http://www.cbcb.umd.edu/software/quake/ На сервере программа находится в /storage/labnas/NGS/4/Quake Запуск bin/quake.py Четвертое домашнее задание 1. Оценка качества работы Quake Исправить риды с помощью Quake (используя k=15), и приложив их и исходные риды к геному, оценить: ● False positives — количество ошибок в изначальных данных, которые не были исправлены ● False negatives — количество правильных нуклеотидов, замененных на неверные ● True negative — количество исправленных ошибок Мутациями принебречь 2*. Улучшить потребление памяти Quake Снова необязательное бонусное задание В файле correct.cpp есть строчка: bithash *trusted = new bithash(k); Она вызывает конструктор bithash (bithash.cpp, bithash.h), который создает бит сет размером 4k. Для k=19 это уже 32Гб. Попробуйте изменить класс bithash так, чтобы память использовалась более экономно, при этом сильно не замедлив выполнение программы. Данные: Папка: /storage/labnas/NGS/4/ Данные: SRR350492_1.fastq Тестовые данные: test.fastq Референсный геном: MG1655-K12.fasta P.S. Презентация с основами matplotlib, может кому пригодится http://mit.spbau.ru/files/ scipy.pdf

×