Your SlideShare is downloading. ×

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
52
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
2
Actions
Shares
0
Downloads
1
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. BWA Сайт: http://bio-bwa.sourceforge.net/ Мануал: http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml Программа находится в @ace:/labnas/NGS/3/bwa-0.6.1. Треть домашнее задание 1. Посчитать статиситики из второго домашнего задания с помощью BWA. Сравнить результаты полученные с помощью BWA и Bowtie. a) Покрытие генома б) Распределение расстояния вставки 2. Сравнить общее число прикладываемых ридов с помощью двух программ. Попробовать найти параметры BWA, такие что результаты прикладывания максимально похожи на результаты Bowtie. Входные данные те же: Если ваша фамилия начинается на А-И: Папка: /2/E.coli/ Датасет №1: 05.reads.left.corrected.fastq, 05.reads.right.corrected.fastq Датасет №2: s_6_1.fastq, s_6_2.fastq Геном: MG1655-K12.fasta Если ваша фамилия начинается на К-Я: Папка: /2/P.stipitis/ Датасет №1: HTC10499_s_8_1.fastq, HTC10499_s_8_2.fastq Датасет №2: HTC10508_s_8_1.fastq, HTC10508_s_8_2.fastq Геном: P.stipitis.fasta

×