Biodb 2011-04

281 views

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
281
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
18
Actions
Shares
0
Downloads
3
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Biodb 2011-04

  1. 1. Анализ белковой последовательности Анализ только аминокислотную последовательность (первичную структуру) белка без боковых цепей.  Предсказание физико-химических параметров белка  Предсказание продуктов расщепления протеазами  Гидрофобные, гидрофильные участки: например, трансмембранные сегменты  Пост-трансляционные модификации  Функциональные домены, принадлежность к функциональным семействам  Фолдинг  Клеточная локализация
  2. 2. Анализ белковой последовательности The ExPASy server – протеомика http://www.expasy.ch/tools/#primary  The Swiss EMBnet – coiled-coil участки, выравнивания и др. http://www.ch.embnet.org  The CBS Prediction Servers – локализация, пост-трансляционные модификации… http://www.cbs.dtu.dk/services
  3. 3. ProtParam - предсказание физико-химических параметров белка
  4. 4. ProtParam Молекулярный вес Аминокислотный состав Extinction coefficient – коэффициент поглощения (280 nm) Instability (менее 40 – хорошо) – нестабильность в эксперименте (test tube, статистика дипептидов) Half-life (yeast in vivo, mammalian reticulocytes in vitro, Escherichia coli in vivo) Алифатический индекс Grand average of hydropathicity (GRAVY) гидрофильность – (-), гидрофобность – (+)
  5. 5. Compute pI/Mw
  6. 6. PeptideMass
  7. 7. PeptideMass - output
  8. 8. PeptideCutter
  9. 9. PeptideCutter - output
  10. 10. PeptideCutter - output
  11. 11. Метод скользящего окна Анализируется последовательность в несколько аминокислот, параметр усредняется по окну. Значение приписывается средней аминокислоте. Output – график Seq. LQAPVLPSDLLSWSCVGAVGILALVSFTCV <---*---> Window 1 <---*---> Window 2 <---*---> Window 3 Размер окна должен соответствовать характерному размеру анализируемого свойства (для ТМ – 19!) Методы, основанные на технике скользящего окна, как правило, не интерпретируют результаты. При интерпретации важно:  Учитывать только очень четко выраженные сигналы  Не зависящие от параметров программы – размера окна, конкретного метода и т.п.
  12. 12. Предсказание трансмембранных сегментов: ProtScale 56 аминокислотных шкал (с литературными ссылками), скользящее окно -> выбор ширины окна
  13. 13. ProtScale - output
  14. 14. Более сложное предсказание трансмембранных сегментов: TMHMM Transmembrane beta barrel prediction: PROFtmb (http://rostlab.org/services/proftmb ); PRED-TMBB (http://biophysics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB/); TBBPred (http://www.imtech.res.in/raghava/tbbpred )
  15. 15. TMHMM - результаты TMHMM предсказывает сегменты, а также топологию межсегментных Находит только 7! TMs

×