Your SlideShare is downloading. ×

Biodb 2011-03

65
views

Published on


0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
65
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
2
Actions
Shares
0
Downloads
1
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. SCOP - Structural Classification Of Proteins • Организована в соответствии со структурными семействами белков. • Иерархическая система.
  • 2. NCBI - Entrez • Entrez - поисковая машина для баз NCBI. • Поиск начинается с выбора адекватной области для поикса (Nucleotide, белки). • Можно использовать определители полей, логические операторы, условия и т.д.
  • 3. NCBI - Entrez Ограничения:
  • 4. SRS (Sequence Retrieval System). • Исталлирована на множестве серверов. • Имеет связи со многими базами данных. • Предоставляет множество инструментов и служб для анализа. • Позволяет сохранить результаты работы и анализа и продолжить работу локально.
  • 5. SRS Рабочая среда Выбор базы данных Заполнение формы запроса Страница результатов
  • 6. Текстовый поиск Общие принципы: 1. Все главные базы предоставляют удобные средства для тектового поиска. 2. Поиск по ключевым словам или полям. 3. Одновременный поиск в нескольких базах. 4. Дополнительные условия (дата, длина и т.д.).
  • 7. Эффективность поиска Эффективность: время и адекватные результаты!
  • 8. Проект ENCODE http://genome.ucsc.edu/