Biodb 2011-02

270 views

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
270
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
31
Actions
Shares
0
Downloads
2
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Biodb 2011-02

  1. 1. Стандартная запись Swiss-Prot
  2. 2. Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения
  3. 3. Enzyme (ферменты) http://enzyme.expasy.org/EC/2.7.10.1
  4. 4. NiceZyme View http://www.icp.ucl.ac.be/~opperd/lysozyme00/results/enzyme-search-ec.html
  5. 5. UniProt - Taxonomy http://www.uniprot.org/taxonomy/9986
  6. 6. Ссылки на статьи, использованные для аннотации
  7. 7. Комментарии
  8. 8. Возможные разделы комментариев
  9. 9. Cross-References
  10. 10. Cross-References регистрация
  11. 11. 3D-Structure (список структур)
  12. 12. Reactome - курируемая база знаний биологический путей http://www.reactome.org/ReactomeGWT/entrypoint. html http://www.genomeknowledge.org/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=177934
  13. 13. GO terms Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации http://www.geneontology.org/ Поиск гена или его продукта, BLAST, поиск по GO ID, просмотр онтологии
  14. 14. Cross-References, Keywords
  15. 15. KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/
  16. 16. KEGG (pathway viewer)
  17. 17. DrugBank
  18. 18. UniProt http://www.uniprot.org/
  19. 19. http://www.uniprot.org/uniprot/Q7M419
  20. 20. Keywords
  21. 21. Сервер Expasy http://www.expasy.org/
  22. 22. Словарь ключевых слов http://www.uniprot.org/docs/keywlist
  23. 23. FASTA format Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman): >(the definition line)_уникальный_ID + короткое описание ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ RAW format – без definition line
  24. 24. Базы данных Exp.Method Proteins Nucleic Acids Protein/NA Complexes Other Total На 22.02.2011 PDB
  25. 25. Базы данных OCA

×