PubMed

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PubMed

  1. 1. Fonctions avancées Contact : david.benoist[at]upmc.fr
  2. 2. Fonctions avancées présentées • Le MeSH • Recherche étape par étape • Nouvelle recherche avancée • Exploiter les résultats • Compte personnel MyNCBI
  3. 3. PubMed / MedLine : présentation - MEDLINE (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) - Base de données bibliographiques (= références d’articles ≠ texte des articles) en sciences biologiques et biomédicales - Base gérée et mise à jour par la bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (
  4. 4. PubMed / MedLine : contenu - MedLine = le contenu (base de données) ≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine + autres bases) - 19 millions d’articles, tirés de 5 000 revues, depuis les années 1950 - Une centaine de titres français - Liste des revues : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#J
  5. 5. PubMed via JUBIL PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais si on passe par JUBIL pour s’y connecter : On garde l’interface classique + lien vers texte intégral si nos bibliothèques sont abonnées
  6. 6. PubMed via JUBIL
  7. 7. PubMed via JUBIL Accès distant possible, quand on se connecte depuis chez soi ou dans son service !
  8. 8. Exemple d’article accessible
  9. 9. Interroger PubMed • Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais • Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH • MeSH pour Medical Subject Headings • Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome= Mongolism) + permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier
  10. 10. Qu’est-ce que le MeSH ? - Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux, répartis en 16 grandes catégories - Mise à jour annuelle - Traduction française par l’INSERM
  11. 11. Le MeSH est accessible via PubMed
  12. 12. Des tutoriels sur le MeSH
  13. 13. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH (on part du général pour arriver au plus précis)
  14. 14. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences
  15. 15. Une recherche dans l’idéal : Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français • On détermine un mot-clef intéressant en français • On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le MeSH français • Le site du CISMeF propose la traduction française du vocabulaire MeSH
  16. 16. Équivalent du mot-clef dans le MeSH français : http://www.cismef.org/ • On se rend sur le site du CISMeF, onglet Terminologie
  17. 17. Exemple : moelle épinière
  18. 18. Étape 2 : On utilise le terme MeSH anglais dans la rubrique MeSH de PubMed
  19. 19. Étape 3 : On choisit le terme MeSH correspondant
  20. 20. Étape 4 : on limite éventuellement la recherche en cochant des qualificatifs
  21. 21. Les qualificatifs du MeSH Le MeSH comprend 83 qualificatifs Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains qualificatifs AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology AD Administration and Dosage EN Enzymology PO Poisoning AE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and Control AG Agonists ES Ethics PX Psychology AA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation Effects AN Analysis ET Etiology RA Radiography AH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide Imaging AI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT Radiotherapy BI Biosynthesis HI History RH Rehabilitation BS Blood Supply IM Immunology SC Secondary BL Blood IN Injuries SE Secretion CF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST Standards CS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical Data CI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and Distribution CH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU Surgery CL Classification MA Manpower TU Therapeutic Use CO Complications ME Metabolism TH Therapy CN Congenital MT Methods TO Toxicity CT Contraindications MI Microbiology TM Transmission CY Cytology MO Mortality TR Transplantation DF Deficiency NU Nursing TD Trends DI Diagnosis OG Organization and Administration US Ultrasonography DU Diagnostic Use PS Parasitology UL Ultrastructure DH Diet Therapy PY Pathogenicity UR Urine DE Drug Effects PA Pathology UT Utilization DT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE Veterinary EC Economics PD Pharmacology VI Virology ED Education PH Physiology
  22. 22. Major topic et explosion • 2 options • « Major topic » : limite la recherche aux articles ayant pour sujet principal le terme recherché • « Ne pas exploser » : ne pas récupérer les articles indexés avec des termes situés en- dessous dans l’arborescence MeSH
  23. 23. Étape 5 : on envoie dans la fenêtre de recherche…
  24. 24. Étape 6 : on lance la recherche
  25. 25. Pourquoi utiliser le MeSH ? • Recherche dans PubMed – Avec « moelle épinière » : 2 articles seulement – Avec « moelle spinale » : 1 article seulement – Avec « spinal cord » (directement) : plus de 130 000 articles – Avec « spinal cord [MeSH] » : 67 000 articles – Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » : 2 300 articles
  26. 26. Combiner les termes recherchés • Opérateurs booléens (en majuscules) AND / OR / NOT • (AND) par défaut (en majuscule !) • Troncature (transpl*) + guillemets (« kidney allograft ») + parenthèses
  27. 27. PubMed : stopwords • Mots courants non indexés :
  28. 28. PubMed : mapping • Termes recherchés directement, sans guillemets et sans passer par le MeSH = PubMed vérifie, dans l’ordre – dans le MeSH – dans les revues – dans les auteurs Correspondance automatique des termes (ATM = Automatic Term Mapping)
  29. 29. Chercher un auteur • Rentrer son nom et l’initiale de son prénom • PubMed comprend qu’on cherche une personne
  30. 30. Nouvelle recherche avancée
  31. 31. Nouvelle recherche avancée
  32. 32. Nouvelle recherche avancée • Regroupe les onglets suivants (autrefois présents sur la page principale)
  33. 33. Nouvelle recherche avancée
  34. 34. D’abord, une fenêtre de recherche
  35. 35. Puis l’historique • Équivalent de l’onglet « history » • Historique automatique, conservé 8 heures
  36. 36. Puis l’équivalent de l’ancien « Single Citation Matcher » • Recherche par auteur / revue / date • Pour retrouver une référence d’article précise • D’autres champs disponibles en cliquant sur le bouton jaune
  37. 37. Recherche d’un article précis • Champs titre de l’article / vol. / n° / pages
  38. 38. Puis les limites • Reprend l’onglet « Limits » • Limiter le nombre de résultats (par langue, type de document, population, etc.)
  39. 39. Puis la recherche par clefs d’index • Reprend l’onglet « Preview / index »
  40. 40. Preview / Index • On choisit le champ de recherche à gauche • L’index s’affiche avec le nombre de références correspondantes • On sélectionne les termes et on clique sur « add to search box » avec un booléen pour envoyer vers la fenêtre de recherche
  41. 41. Preview / Index avec MeSH 1 2 3 4
  42. 42. Preview / Index avec auteur 1 2 3 4
  43. 43. Enfin les requêtes spécifiques et les accès à d’autres bases
  44. 44. Exploiter les résultats
  45. 45. Liste de résultats dans PubMed
  46. 46. Changer d’affichage • Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation • Abstract : résumé + lien vers PDF • Citation : voir indexation MeSH • MEDLINE : export vers bibliographie ( EndNote, Zotero…)
  47. 47. Affichage Abstract : liens vers PDF
  48. 48. Compte personnel MyNCBI
  49. 49. Création de compte gratuit : My NCBI • Intérêts : – Sauvegarder ses résultats – Sauvegarder ses recherches habituelles – Créer des alertes (RSS ou courriel) – Appliquer des filtres automatiques sur les résultats
  50. 50. Création de compte gratuit : My NCBI
  51. 51. Création de compte gratuit : My NCBI
  52. 52. Création de filtres pour les recherches
  53. 53. On choisit PubMed dans la liste…
  54. 54. On cherche le filtre JUBIL
  55. 55. Les résultats sont triés
  56. 56. Les résultats sont triés • JUBIL : articles parus dans des revues accessibles en ligne via JUBIL (5 000 revues) • ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP (300 revues) • ifrbinslib: articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm
  57. 57. Liens vers les PDF Ne fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)
  58. 58. Plus d’infos • Diaporama réalisé pour partie grâce aux documents suivants, à consulter pour plus d’infos • HOSPICES CIVILS DE LYON, Manuel d’utilisa • MOUILLET, Evelyne, PubMed 2009
  59. 59. À bientôt à la bibliothèque !

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