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M1 BMC 2010-2011
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M1 BMC 2010-2011

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Support de cours de Maîtrise de l'information scientifique (MV401) pour les Master 1 Biologie moléculaire et cellulaire de l'UPMC.

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  • 1. MASTER 1 BMC 2010-2011 MAITRISE DE L’INFORMATION SCIENTIFIQUE claire.sonnefraud@upmc.fr
  • 2. Contenu de la formation 1 cours en salle info : 3h 1 examen : 1h Formation à distance : vidéos, cours et exercices disponibles sur Jubil Dates des examens: Semaine du 13 décembre 2010. Notes des examens : les points au-dessus de 10 sont divisés par deux et ajoutés à la note de l’oral de TP
  • 3. Formation à distance  Pour préparer le cours, il vous est demandé d’avoir lu ce diaporama et regardé les tutoriels vidéo.  La mention « Tutoriel vidéo » en bas à gauche d’une diapositive indique qu’une vidéo est disponible sur le sujet.  Pour retrouver les cours et les vidéos : aller sur Jubil (http://jubil.upmc.fr), Guides de recherche > Formations et autoformations à la recherche de documentation > Masters > Supports de cours dans chaque discipline et Vidéos (tutoriels) en ligne  Alternative à Jubil :  Slideshare pour les diaporamas http://www.slideshare.net/BUPMCformM/presentations  ITunes UPMC pour les vidéos (fonctionne avec le logiciel ITunes) : http://deimos3.apple.com/WebObjects/Core.woa/Browse/upmc.fr.4263834776.042638 34781 ou : http://itunes.upmc.fr Cours>Tutoriels vidéo de la Bibliothèque de l’Université Pierre et Marie Curie (BUPMC)  Pour compléter, il est conseillé de lire les supports de cours spécialisés sur : Jubil ; PubMed ; Web of Science ; EndNote Web
  • 4. Les tutoriels en ligne sur Jubil http://jubil.upmc.fr Rendez-vous dans la Rubrique « Guides de Recherche » pour retrouver les cours en ligne.
  • 5. Plan du cours 1. Rechercher l’information Ressources papier et électronique ; veille documentaire 2. Évaluer l’information Évaluer un site Internet ; principes de la bibliométrie 3. Présenter l’information Logiciels de gestion bibliographique
  • 6. RECHERCHER L’INFORMATION
  • 7. La recherche documentaire Le réflexe de tout le monde : chercher sur Google, Wikipédia > recherche intuitive, Information non validée Pour une information validée, suivre les étapes de la recherche documentaire méthodique  Définir le sujet et trouver les mots clés  Cibler les documents : les différents documents des bibliothèques
  • 8. Limites de Google  Avalanche de réponse, comment trier ?  Algorithme de recherche protégé par le secret commercial : pas de transparence sur les résultats de recherche  Le classement par popularité (PageRank) peut être facilement détourné : les « bombardements Google » (Google bombing)  Ne cherche pas dans le web invisible : bases de données, etc. = 70 à 75% du web total !
  • 9. Google : mieux l’utiliser Les guillemets (Expression exacte) Chercher une définition define: Limiter la recherche à un site site: ou à un type de fichier filetype:
  • 10. WIKIPEDIA : une encyclopédie collaborative  Une communauté d'auteurs : quelques erreurs mais une forte réactivité  Une liberté de rédaction : signature, structuration du document  Une information fiable ?  Prendre du recul : utiliser les onglets « historique » et « discussion ».
  • 11. Une méthode : les étapes de la recherche documentaire Du général 1. Définir son sujet 2. Trouver ses mots-clés 3. Rechercher des livres ou des articles sur le sujet Au spécialisé 4. Localiser les documents 5. Établir une bibliographie
  • 12. Une méthode : les étapes de la recherche documentaire Général Dictionnaires Encyclopédies Manuels Ouvrages Articles Spécialisé
  • 13. Une recherche documentaire efficace, c’est … Définition Cerner le du sujet niveau recherché Temps imparti à la recherche documentaire
  • 14. Pourquoi définir son sujet ? Objectif 1 : Déterminer le contexte général de votre recherche et le situer dans son champ disciplinaire, chronologique, géographique, etc. Cette définition des limites du sujet doit vous aider à élaborer une question, une problématique. Objectif 2 : Trouver les mots qui serviront à interroger les outils (moteurs de recherche, bases de données, etc.)
  • 15. Les mots clés Ce travail de questionnement sur le sujet permet de trouver des mots, des expressions que l'on appelle des mots clés. Ces mots doivent être sans ambiguïté. Exemple : Pour un sujet sur la « bioéthique », on notera comme mots clés : bioéthique, clonage, droits des malades, éthique, éthique biomédicale, génétique, bioethics, cloning, … Pour trouver ces mots on utilise une encyclopédie, un dictionnaire.
  • 16. L'Encyclopædia universalis : http://www.universalis-edu.com/ Points faibles : Mise à jour assez lente, pas d'indication de la date de rédaction de l'article Points forts : Information validée par un comité scientifique et publiée, auteur connu Sommaire, article structuré Bibliographie Une piste solide pour définir son sujet de recherche
  • 17. Pour trouver et traduire ses mots clés http://www.granddictionnaire.com/ Grand dictionnaire terminologique Dédié aux sciences et techniques Bilingue : français/anglais Définitions précises Synonymes et expressions dérivées Facile à utiliser Gratuit
  • 18. Trouver les traductions de mots- clés  Le dictionnaire TermSciences du CNRS http://www.termsciences.fr/  site du CISMeF : catalogue et index des sites médicaux francophones, onglet « Terminologie » http://www.cismef.org/ > À partir de fin 2010, devient le Portail Terminologique de santé : http://pts.chu- rouen.fr/
  • 19. Vocabulaire spécialisé : MeSH - Mesh = Medical Subject Headings (descripteurs médicaux) - Thésaurus de mots-clés spécialisé en sciences biomédicales - Administré par la National library of Medicine (NLM) et utilisé dans ses outils (PubMed, NLM Gateway) - Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux, répartis en 16 grandes catégories - Mise à jour annuelle Traduction française par l’INSERM Voir le support de cours sur PubMed
  • 20. Après la définition : cibler des documents Définir le type d’information dont on a besoin Donc définir le type de document utile au travail en cours
  • 21. Quels documents peut-on trouver dans les bibliothèques ?
  • 22. Quels documents peut-on trouver dans les bibliothèques ? Livres (= monographies, ouvrages, etc.) : contiennent des chapitres Revues (= périodiques) : contiennent des articles Thèses : travail universitaire non publié Cartes Multimédia : CD-ROM, DVD, etc. Bases de données bibliographiques Tous ces types de documents peuvent exister sur papier ou en numérique : e-books, revues en ligne, etc.
  • 23. Rechercher des imprimés Livres, revues, journaux papier catalogue de la bibliothèque, directement ou par le portail Jubil http://jubil.upmc.fr Permet la recherche et la localisation
  • 24. Rechercher des articles Attention : seule la recherche par titre de revue est possible sur le catalogue. Lire un état de collection : vol. 1, n. 3 (1965) – … vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975) vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975) ; vol. 12, n. 1 (1977) – … La cote : identification du livre dans la bibliothèque, son adresse.
  • 25. Rechercher des articles De plus en plus d’abonnements e-only Des collections papier très riches Vérifier la complémentarité des abonnements papier et online : Jubil. Utiliser les bases de données bibliographiques pour obtenir les références des articles.
  • 26. Astuces de recherche Opérateurs booléens (ou logiques) - pour construire une équation de recherche - fonctionnent selon un ordre de priorité : () : associe deux termes et un opérateur SAME : recherche dans la même phrase NOT : exclusion AND : intersection OR : union
  • 27. Astuces de recherche Opérateurs booléens les plus courants AND : intersection OR : union NOT : exclusion
  • 28. Astuces de recherche  Troncature ? 1 caractère seulement * 0 ou plusieurs caractères $ 1 ou 0 caractères Gene* >>> Genes, General, Generation Dosto?evsk* >>> Dostoyevsky, Dostoievskii
  • 29. Astuces de recherche Sur Internet : * : troncature « maladie d’Alzheimer » : recherche une expression +Alzheimer -maladie: exclure un mot +Alzheimer +maladie : imposer un mot
  • 30. Veille documentaire  Pour rester informé des nouveautés dans un domaine  Revues généralistes :  Nature, Science, Lab Times (gratuit, en ligne : http://www.lab-times.org/)  Revues de référence :  Trends in… ; Annual reviews; Current topics in…  Outils : alertes, fils RSS
  • 31. Les outils de la recherche d’information : le portail Jubil
  • 32. Pourquoi un « portail » ?  Un point d’accès unique à la documentation disponible à l’UPMC (papier ou numérique)  Un ensemble d’outils de recherche pour accéder à cette documentation  Un ensemble de services et d’informations autour de cette documentation.
  • 33. Accéder à Jubil : http://jubil.upmc.fr Par le portail de l’UPMC ou par Google en cherchant jubil (1er résultat) Tutoriel vidéo
  • 34. Jubil
  • 35. Les Bibliothèques de Biologie de la BUPMC Biologie Recherche M–D– Biologie Enseignants Enseignement Chercheurs L2-M1 WIFI (canal IP-UPMC)
  • 36. Les Bibliothèques de Biologie de la BUPMC BE : Biologie Enseignement Bât 31 - Rez-de-chaussée Du lundi au vendredi de 9h à 19h bibbe@upmc.fr – 01 44 27 43 68 BR : Biologie Recherche Bâtiment C – 4e étage Du lundi au vendredi de 9h à 18h bibbr@upmc.fr – 01 44 27 53 48
  • 37. Guides de recherche : tout sur la recherche documentaire
  • 38. Quelques ressources en sciences de la vie
  • 39.  Essentiel : Recherche dans des bases de données d’articles  PubMed : Medline et PubMed Central http://www.pubmed.gov http://www.pubmedcentral.nih.gov/  Web of Science http://www.isiknowledge.com/wos  Recherche dans les ressources du web  Intute http://www.intute.ac.uk/  Biology browser http://www.biologybrowser.org  Recherche web et bases de données  NLM Gateway http://gateway.nlm.nih.gov  Scirus http://www.scirus.com/
  • 40. Tutoriel vidéo
  • 41. PubMed MEDLINE (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) - Base de données bibliographique en sciences biologiques et biomédicales. 19 millions d’articles, tirés de 5 000 revues, depuis les années 1950. - Base gérée et mise à jour par la bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (NLM) -Intérêt de l’outil : exhaustif en sciences biomédicales Tutoriel vidéo
  • 42. Interroger PubMed  Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais  Les articles sont indexés avec un système de mots-clés hiérarchisés : le MeSH, Medical Subject Headings  Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism) et permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier Tutoriel vidéo
  • 43. PubMed Central Tutoriel vidéo
  • 44. PubMed Central  Notion d’archive ouverte : publications des chercheurs financés par l’état américain.  Accès gratuit au plein texte. Barrière mobile.  Administré par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) de la NLM Tutoriel vidéo
  • 45. Web of Science Tutoriel vidéo
  • 46. Web of Science  Dépouillement de plus de 9200 revues (depuis 1900) + Conference Proceedings (depuis 2000).  Nouveaux enregistrements par semaine : plus de 20 000  Nouvelles références citées chaque semaine : + de 420 000  L'accès aux articles (texte intégral) des revues dépouillées est possible via un abonnement de l'Université Tutoriel vidéo
  • 47. Intute
  • 48. Intute  Site alimenté par des membres de l’éducation nationale du Royaume Uni  Une sélection de sites par discipline  Des présentations pour connaître et évaluer l’information scientifique pour chaque discipline (Tour/Discover/Judge/Success)
  • 49. Biology Browser
  • 50. Biology Browser  Moteur de recherche gratuit de l’éditeur Thomson Reuters (Web of Science)  Possibilité de parcourir les sites par organismes, thèmes et par lieu.  Recherche par public (étudiant, chercheur, etc.)
  • 51. NLM Gateway Tutoriel vidéo
  • 52. NLM Gateway  Portail d’accès aux ressources de la NLM (Medline, PubMedCentral, encyclopédies, etc.  Recherche MeSH  Gratuit Tutoriel vidéo
  • 53. Scirus Tutoriel vidéo
  • 54. Scirus  Moteur de recherche généraliste en sciences, gratuit, d’Elsevier.  Cherche sur le web et dans des bases spécifiques : bibliographiques comme PubMed, d’articles comme ScienceDirect, bases de brevets, thèses US, etc.  Possibilité d’affiner par base, par thème et par format de document. Tutoriel vidéo
  • 55. Consultation de revues en ligne et ebooks à la bibliothèque ou à distance sur identification  ScienceDirect : éditeur Elsevier http://www.sciencedirect.com/  InterScience : éditeur Wiley-Blackwell http://www3.interscience.wiley.com/  SpringerLink : éditeur Springer http://www.springerlink.com/  Pour les autres éditeurs, vérifier si la bibliothèque est abonnée dans Jubil > Ressources en ligne > Revues de A à Z.
  • 56. EVALUER L’INFORMATION
  • 57. Sur le Web : Les deux étapes de l’évaluation 1. Identification de l’organisation, du site de l’auteur de la nature du document et de l’information 2. Évaluation source, auteur contenu structuration du site ou du document accessibilité et aspects techniques date de publication des informations Tutoriel vidéo
  • 58. Recherche et évaluation d’information sur le Web Une méthode intéressante : « DEBUSQUER l’information » Voir le site : http://www.educnet.education.fr/dossier/rechercher/fil- conducteur/debusquer Différents outils Esprit critique Bookmark organisé Url significative Syntaxe de recherche Questions préalables Utilisation réfléchie Evaluation Règles à respecter
  • 59. Recherche et évaluation d’information sur le Web Tutoriels vidéo : - Conseils de l’INSA - Grille d’analyse du réseau de santé de Montréal - NetScoring
  • 60. Quelques sites utiles  La page du guide de recherche documentaire Sapristi ! de l'Insa de Lyon : http://csidoc.insa-lyon.fr/sapristi/index.php?rub=1004  Comment évaluer de manière critiques les ressources Internet : http://users.skynet.be/ameurant/francinfo/validite/evaluer .html Guide clair et précis de la Commission "français et Informatique" de l'enseignement catholique belge (un peu ancien). [sites consultés le 16/07/2010]
  • 61. Évaluation de la littérature scientifique  La validation par les pairs : articles « peer-reviewed » : comité de rédaction des revues  La bibliométrie : évaluation mathématique du volume et de l’impact des publications  Outils : Scopus et Scimago ; Journal of Citation Reports sur le Web of Knowledge
  • 62. Les indicateurs de lecture : Le facteur d’impact Nombre de citations pour les années n-1 et n-2 I.F. année n = ---------------------------------------------------------------- Nombre d’articles publiés pour les années n-1 et n-2 nombre moyen de citation par article des deux dernières années dans les publications de l’année en étudiée  Ex. : Impact factor 2009 de Journal of cell biology  Citations 2009 d’articles de 2008 : 3454 2007 : 4235 = 7689  Articles publiés en 2008 : 393 2007 : 410 = 803  IF : 7689/803 = 9,575
  • 63. Problèmes liés au facteur d’impact  Le décalage temporel : paraît toujours une année après, ne tient pas compte des évolutions récentes de la politique éditoriale  Le lissage par revue et par citation : les chiffres sont donnés pour l’ensemble de la revue, pas pour tel ou tel article ; les citations négatives sont sur le même plan que les positives et que les autocitations  La non prise en compte du degré de spécialisation : par nature, les revues généralistes sont plus citées que les revues très spécialisées, on peut difficilement les comparer.
  • 64. Autres indicateurs  L’indice d’immédiateté : rapidité de citation, présence dans l’actualité.  La demi-vie de citation : validité de l’information publiée à long-terme  Eigenfactor : enlève les autocitations et donne plus d’importance aux citations dans des revues très citées, sur le modèle du PageRank de Google.
  • 65. PRESENTER L’INFORMATION
  • 66. Vos objectifs  Honnêteté scientifique: mentionner les sources exactes et vérifiables qui ont permis de faire votre travail.  Validation: permettre à la personne qui vous lit de vérifier ce que vous dites  Évaluation: montrer que vous avez étudié la question correctement  Élargissement: permettre à ceux qui lisent votre travail d’approfondir
  • 67. Rédiger une bibliographie  Un principe général : uniformiser la présentation des références de façon cohérente.
  • 68. Comment faire ?  Quel que soit le support (livre, article, site Web), donner toutes les informations permettant de le retrouver  Choisir une présentation: une norme, parfois imposée (prof, revue…)  Cohérence: plus important que le choix de la norme, le fait de s’y tenir  Diversité de sources et de types de documents (ouvrages, sites, articles…)
  • 69. Rédiger une bibliographie Informations nécessaires par type de document :  Livre : Nom de l’auteur, Titre, Edition, Lieu d’édition, Editeur, Nombre de pages, Année d’édition.  Article : Nom de l’auteur, Titre de l’article, Titre de la revue, Numéro de la revue, Pages de l’article, Date de parution.  Site Web : Auteur (personne ou organisme), Titre de la page, URL, Date de dernière consultation.
  • 70. Rédiger une bibliographie  Les normes de présentation (ponctuation, ordre des informations, etc.) varient en fonction des revues, des enseignants. Demander au commanditaire du travail quelle norme il faut utiliser.
  • 71. Les logiciels de gestion bibliographique  Principes :  Importer facilement des références  Base de données  Extraire les enregistrement pour générer des notes dans un article et des références présentées d’une façon uniforme
  • 72. Les logiciels de gestion bibliographique  Quelques logiciels :  Zotero (gratuit, plugin Firefox)  JabRef (BibTex)  EndNote et EndNote Web (lié au Web of Science, UPMC abonnée) Tutoriels vidéo
  • 73. Zotero  Plug-in Firefox, gratuit, open source et extensible  Stocker des références sur le disque dur et en lign (synchronisation)  Partager de références bibliographiques  Collecter de références bibliographiques depuis des catalogues de bibliothèques et des bases de données en ligne  Stocker et gérer :  des références bibliographiques  les documents qu’elles décrivent  des captures de pages Web et des annotations de pages Web  des liens vers des pages Web Pour en savoir plus : voir le support de cours
  • 74. À bientôt à la bibliothèque ! claire.sonnefraud@upmc.fr