Doctorat sciences - Outil de recherche : PubMed

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  • Etape 1 : concepts et mots-clefs ( ~ X min) Le MeSH comprend 83 qualificatifs (début 2008). Lors d’une recherche avec le MeSH dans PubMed et MedLine , il est possible d’ajouter un qualificatif au mot-clef choisi pour en préciser le sens d'un point de vue conceptuel. La syntaxe à utiliser dans ce cas est la suivante : termeMeSH/qualificatif. Il est possible de préciser la requête en indiquant de restreindre la recherche du mot-clef et du qualificatif dans le sujet principal des documents. La formule a utiliser est : termeMeSH/qualificatif[majr]. Pour que les mots-clefs soient cherchés dans tous les sujets, la syntaxe a utiliser est similaire : termeMeSH/qualificatif[mh]. Attention comme toujours lors de l’interrogation de MedLine avec PubMed les recherches sont explosées. Pour supprimer cette explosion, et faire en sorte que la recherche porte sur le sujet principal des documents, la syntaxe a utiliser est la suivante : termeMeSH/qualificatif[majr:noexp]. Pour supprimer l’explosion mais conduire la recherche dans tous les sujets du document, la syntaxe est analogue : termeMeSH/qualificatif[mh:noexp].
  • Doctorat sciences - Outil de recherche : PubMed

    1. 1. Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed Dernière mise à jour : 16/02/2015 - Auteur : Frédérique Flamerie
    2. 2. Base de données spécialisée : PubMed 1. PubMed et Medline 2. Le thésaurus MeSH 3. Recherche MeSH à partir de l’interface NLM 4. Exploitation des résultats 5. Recherche avancée 6. Le compte MyNCBI Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr
    3. 3. PubMed - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/ NLM (National Library of Medecine) et NIH (National Institutes of Health)  Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie, sciences chimiques, bio ingénierie, principalement Medline + autres références (articles non encore indexés par la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed Central)  Plus de 22 millions de notices  Remonte à 1946  Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project, PubChem, etc. 1. PubMed et Medline
    4. 4. 1. PubMed et Medline Jubil > Ressources en lignes > Les bases de données
    5. 5. 1. PubMed-UPMC PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais PubMed-UPMC, accessible depuis Jubil et sur http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ifrbiusjlib, vous permet d’afficher le bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC
    6. 6. 1. Liste de résultats PubMed-UPMC Le mode d’affichage Abstract permet d’afficher dès la liste de résultats le bouton SFX
    7. 7. 1. Principales fonctionnalités de PubMed  Interface de recherche • Recherche depuis l’interface PubMed ou MeSH • Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc. • Opérateurs : AND, OR, NOT • Filters : affiner les résultats par type de publication, tranche d’âge, humains/animaux, etc. • Recherche avancée › Search builder : construire une équation de recherche en combinant des champs › Search history : historique des recherches  Résultats • Différentes options d’affichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.) • Clipboard : sélectionner jusqu’à 500 références pour les sauvegarder, imprimer, etc. - valide 8 heures • Search details : détails sur la recherche en cours
    8. 8. 2. Le thésaurus MESH Par Iguanasan Source : Flickr
    9. 9. 2. Le thésaurus MESH  Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH  MeSH pour Medical Subject Headings  Intérêt du MeSH : • gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism) • permet de chercher sur le sujet seulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell) • permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier
    10. 10.  15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals and drugs, etc.  Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B pour organisms, C pour disease  Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées par la lettre de la branche principale + 1 chiffre 2. Le thésaurus MESH
    11. 11. 2. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH On part du + général pour arriver au + précis
    12. 12. 2. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences
    13. 13. Sans MeSH : Mapping PubMed cherche automatiquement une correspondance avec le terme recherché : • dans le MeSH, • puis dans l’index des titres de revue, • puis dans l’index des auteurs. La recherche est lancée en + dans tous les champs (résumé, auteur, etc.). 2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH Sans utiliser le MeSH En utilisant le MeSH Avec MeSH PubMed cherche uniquement dans les mots-clé MeSH attribués par les documentalistes de la NLM.
    14. 14. Comment ça marche? Par zigazou76 Source Flickr
    15. 15. 3. Recherche MeSH à partir de l’interface NLM OU
    16. 16. 3. Détail d’un terme MeSH Terme et champ d’application Qualificatifs possibles Explosion et pondération Synonymes Termes associés Hiérarchie Permettent de préciser la recherche
    17. 17.  Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect microbiologique, Aspect radiographique).  En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être par + de 45 termes.  Appliquer des qualificatifs • à partir du MeSH • syntaxe descripteur/qualificatif ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh] • code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non) ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh] 3. Détail d’un terme MeSH : les qualificatifs
    18. 18.  Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de recherche  Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence  Désactiver l’explosion • à partir du MeSH • en utilisant le utiliser le code [mh:noexp] 3. Détail d’un terme MeSH : l’explosion
    19. 19.  La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article  Appliquer la pondération • à partir du MeSH • en utilisant le code [majr] • en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le code [majr:noexp] 3. Détail d’un terme MeSH : la pondération
    20. 20. 3. Recherche MeSH - interface NLM 2 1 1 2 Search builder : ajouter des qualificatifs, la non-explosion, combiner des termes Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou avec pondération
    21. 21. 3. Recherche MeSH - interface NLM
    22. 22. 4. Exploitation des résultats Par DrJohnBullas Source Flickr
    23. 23. 4. Changer d’affichage • Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation • Abstract : résumé + bouton SFX
    24. 24. 4. Affiner les résultats avec les filtres • Seuls les filtres pertinents (i. e. s’appliquant aux résultats de la liste) sont proposés. • Les filtres sont actifs pour toutes les recherches tant qu’ils n’ont pas été supprimés Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles pour lesquels une version en ligne existe
    25. 25. 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : RSS Créer un flux RSS sur une requête
    26. 26. 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : export d’un fichier de références
    27. 27. 5. Recherche avancée 5.1 Search builder et Search history 5.2 La recherche par sujet au-delà du MeSH : le langage naturel pour une recherche exhaustive 5.3 L’interface Cismef pour construire une requête en MeSH et en langage naturel Par : AdvancedPhotonSource - BY-NC-SA - http://flic.kr/p/a3ZPPQ
    28. 28. 5.1 Recherche avancée
    29. 29. 5.1 Search builder choix du critère de recherche choix de l’opérateur booléen 1 3 2 envoi automatique vers la fenêtre de recherche accès aux index Search = lancer la recherche Add to history = ajouter à l’historique de recherche, pour combiner la requête avec une autre
    30. 30. 5.1 Search history Historique automatique, conservé 8 heures Modifier l’équation de recherche créée dans le Search builder Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes
    31. 31. 5.2 Pourquoi le langage naturel? • Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés en MeSH, notamment les articles les plus récents • Tous vos mots-clé n’ont pas d’équivalent MeSH en cours d’indexation Pas encore paru en imprimé
    32. 32. 5.2 Interroger PubMed en langage naturel  2 vidéos de la Bibliothèque de médecine de Yale • Systematic Approaches to Searching the Health Science Literature #4: Building Search Strategies (Part I) : interroger PubMed en MeSH • Systematic Approaches to Searching the Health Science Literature #5: Building Search Strategies (Part II) : interroger PubMed en langage naturel  Recourir aux opérateurs de recherche • Opérateurs booléens et parenthèses • Seul caractère de remplacement = troncature = * • Guillemets « » pour rechercher une chaîne de caractère • NB les guillemets désactivent le mapping (i. e. recherche de correspondances dans le MeSH  Penser aux synonymes et aux variantes (graphies alternatives)
    33. 33. 5.2 Interroger PubMed en langage naturel Sur quels champs faire porter la requête? Title/Abstract [TIAB] Words and numbers included in a citation's title, collection title, abstract, and other abstract. English language abstracts are taken directly from the published article. If an article does not have a published abstract, NLM does not create one. Text Words [TW] Includes all words and numbers in the title, abstract, other abstract, MeSH terms, MeSH Subheadings, Publication Types, Substance Names, Personal Name as Subject, Corporate Author, Secondary Source, Comment/Correction Notes, and Other Terms (see Other Term [OT] above) typically non-MeSH subject terms (keywords), including NASA Space Flight Mission, assigned by an organization other than NLM.
    34. 34. [TIAB] = champs titre et résumé NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) = exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc indexé en MeSH, et les articles les + anciens, non indexés en MesH 5.2 Exemple de recherche en langage naturel Construire une équation de recherche, en utilisant tous les synonymes (Entry terms) du terme MeSH retenu Objectif : rechercher uniquement les articles les plus récents
    35. 35. 5.3 L’interface CISMEF http://www.cismef.org/
    36. 36. 5.3 L’interface CISMEF : pourquoi? L’interface du CISMEF permet d’interroger la traduction française du Mesh et de lancer directement dans PubMed une requête combinant interrogation en MeSH et en langage naturel.
    37. 37. 5.3 Du CISMEF à PubMed
    38. 38. 5 Exemple de stratégie de recherche Source : PhD on track - CC BY-NC-SA
    39. 39. 6. Compte My NCBI  Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche  Personnaliser l’interface  Définir des filtres sur les résultats de recherche Par Edwård Source Flickr
    40. 40. 6. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées Alerte par courriel Nouveaux résultats correspondant à la requête
    41. 41. 6. Compte My NCBI : filtrer les résultats LinkOut : liens à d’autres bases, au texte intégral, etc. Properties : dates, limites PubMed, etc. Links : liens vers PubMed Central et ressources NCBI, etc. Create custom filter : créer un filtre à partir d’une requête
    42. 42.  ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP  ifrbinslib : articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm 6. Compte My NCBI : filtres d’accès
    43. 43. JUBIL : articles parus dans des revues accessibles via les abonnements de la BUPMC 6. Compte My NCBI : filtres d’accès Revues en ligne signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Revues imprimées signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX : privilégiez ce dernier pour l’accès au texte intégral (et aux autres services qu’il propose)
    44. 44. 6. Compte My NCBI : filtres Properties Possibilité d’utiliser simultanément 15 filtres maximum sur PubMed
    45. 45. 6. Compte My NCBI : paramétrer l’interface Affichage des résultats de recherche Auto- complétion
    46. 46. Interroger PubMed autrement? LigerCat - http://ligercat.ubio.org/articles Interrogation par recherche simple et nuage de mots MeSH

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