Doctorat sciences - Outil de recherche : PubMed
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  • Etape 1 : concepts et mots-clefs ( ~ X min) Le MeSH comprend 83 qualificatifs (début 2008). Lors d’une recherche avec le MeSH dans PubMed et MedLine , il est possible d’ajouter un qualificatif au mot-clef choisi pour en préciser le sens d'un point de vue conceptuel. La syntaxe à utiliser dans ce cas est la suivante : termeMeSH/qualificatif. Il est possible de préciser la requête en indiquant de restreindre la recherche du mot-clef et du qualificatif dans le sujet principal des documents. La formule a utiliser est : termeMeSH/qualificatif[majr]. Pour que les mots-clefs soient cherchés dans tous les sujets, la syntaxe a utiliser est similaire : termeMeSH/qualificatif[mh]. Attention comme toujours lors de l’interrogation de MedLine avec PubMed les recherches sont explosées. Pour supprimer cette explosion, et faire en sorte que la recherche porte sur le sujet principal des documents, la syntaxe a utiliser est la suivante : termeMeSH/qualificatif[majr:noexp]. Pour supprimer l’explosion mais conduire la recherche dans tous les sujets du document, la syntaxe est analogue : termeMeSH/qualificatif[mh:noexp].

Doctorat sciences - Outil de recherche : PubMed Doctorat sciences - Outil de recherche : PubMed Presentation Transcript

  • Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed Dernière mise à jour : 24/10/2012
  • Base de données spécialisée : PubMed 1. PubMed et Medline 2. Le thésaurus MeSH 3. Recherche MeSH à partir de l’interface NLM 4. Exploitation des résultats 5. Recherche à partir de l’interface Cismef 6. Recherche avancée 7. Le compte MyNCBI Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr
  • 1. PubMed et Medline PubMed - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/ NLM (National Library of Medecine) et NIH (National Institutes of Health)  Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie, sciences chimiques, bio ingénierie, principalement Medline + autres références (articles non encore indexés par la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed Central)  Plus de 22 millions de notices  Remonte à 1946  Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project, PubChem, etc.
  • 1. PubMed et Medline Jubil > Ressources en lignes > Les bases de données
  • 1. PubMed-UPMC PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais PubMed-UPMC, accessible depuis Jubil et sur http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ifrbiusjlib, vous permet d’afficher le bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC
  • 1. Liste de résultats PubMed-UPMC Le mode d’affichage Abstract permet d’afficher dès la liste de résultats le bouton SFX
  • 1. Principales fonctionnalités de PubMed  Interface de recherche • • • Recherche depuis l’interface PubMed ou MeSH Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc. Opérateurs : AND, OR, NOT • Filters : affiner les résultats par type de publication, tranche d’âge, humains/animaux, etc. • Recherche avancée › Search builder : construire une équation de recherche en combinant des champs › Search history : historique des recherches  Résultats • Différentes options d’affichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.) • Clipboard : sélectionner jusqu’à 500 références pour les sauvegarder, imprimer, etc. - valide 8 heures • Search details : détails sur la recherche en cours
  • 2. Le thésaurus MESH Par Iguanasan Source : Flickr
  • 2. Le thésaurus MESH  Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH  MeSH pour Medical Subject Headings  Intérêt du MeSH : • gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism) • permet de chercher sur le sujet seulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell) • permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier
  • 2. Le thésaurus MESH  15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals and drugs, etc.  Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B pour organisms, C pour disease  Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées par la lettre de la branche principale + 1 chiffre
  • 2. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH On part du + général pour arriver au + précis
  • 2. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences
  • 2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH Sans utiliser le MeSH En utilisant le MeSH Sans MeSH : Mapping PubMed cherche automatiquement une correspondance avec le terme recherché : • dans le MeSH, • puis dans l’index des titres de revue, • puis dans l’index des auteurs. La recherche est lancée en + dans tous les champs (résumé, auteur, etc.). Avec MeSH PubMed cherche uniquement dans les mots-clé MeSH attribués par les documentalistes de la NLM.
  • Comment ça marche? Par zigazou76 Source Flickr
  • 3. Recherche MeSH à partir de l’interface NLM OU
  • 3. Détail d’un terme MeSH Terme et champ d’application Qualificatifs possibles Explosion et pondération Synonymes Termes associés Hiérarchie Permettent de préciser la recherche
  • 3. Détail d’un terme MeSH : les qualificatifs  Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect microbiologique, Aspect radiographique).  En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être par + de 45 termes.  Appliquer des qualificatifs • à partir du MeSH • syntaxe descripteur/qualificatif ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh] • code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non) ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh]
  • 3. Détail d’un terme MeSH : l’explosion  Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de recherche  Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence  Désactiver l’explosion • à partir du MeSH • en utilisant le utiliser le code [mh:noexp]
  • 3. Détail d’un terme MeSH : la pondération  La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article  Appliquer la pondération • à partir du MeSH • en utilisant le code [majr] • en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le code [majr:noexp]
  • 3. Recherche MeSH - interface NLM 1 2 : ajouter 1 Search buildertermes des qualificatifs, la non-explosion, combiner des 2 Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou avec pondération
  • 3. Recherche MeSH - interface NLM
  • 4. Exploitation des résultats Par DrJohnBullas Source Flickr
  • 4. Changer d’affichage • Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation • Abstract : résumé + bouton SFX
  • 4. Affiner les résultats avec les filtres • Seuls les filtres pertinents (i. e. s’appliquant aux résultats de la liste) sont proposés. • Les filtres sont actifs pour toutes les recherches tant qu’ils n’ont pas été supprimés Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles pour lesquels une version en ligne existe
  • 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : RSS Créer un flux RSS sur une requête
  • 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : export d’un fichier de références
  • 5. Recherche à partir de l’interface CISMEF
  • 5. Recherche CISMEF : pourquoi? L’interface du CISMEF permet d’interroger la traduction française du Mesh et de lancer directement une requête dans PubMed.
  • 6. Recherche avancée
  • 6. Recherche avancée : Search builder 1 choix du critère de recherche 3 choix de l’opérateur booléen 2 envoi automatique vers la fenêtre de recherche Search = lancer la recherche Add to history = ajouter à l’historique de recherche, pour combiner la requête avec une autre accès aux index
  • 6. Recherche avancée : Search builder Equation de recherche construite au moyen du Search builder Combiner les termes recherchés • Opérateurs booléens (en majuscules) AND / OR / NOT • (AND) par défaut (en majuscule !) • Troncature (transpl*) + guillemets (« kidney allograft ») + parenthèses
  • 6. Recherche avancée : Search history Historique automatique, conservé 8 heures Modifier l’équation de recherche créée dans le Search builder Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes
  • 6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés en MeSH, notamment les articles les plus récents en cours d’indexation Pas encore paru en imprimé
  • 6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents [TIAB] = champs titre et résumé NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) = exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc indexé en MeSH, et les articles les + anciens, non indexés en MesH Construire une équation de recherche, en utilisant tous les synonymes (Entry terms) du terme MeSH retenu
  • 7. Compte My NCBI  Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche  Personnaliser l’interface  Définir des filtres sur les résultats de recherche Par Edwård Source Flickr
  • 7. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées Nouveaux résultats correspondant à la requête Alerte par courriel
  • 7. Compte My NCBI : filtrer les résultats LinkOut : liens à d’autres bases, au texte intégral, etc. Properties : dates, limites PubMed, etc. Links : liens vers PubMed Central et ressources NCBI, etc. Create custom filter : créer un filtre à partir d’une requête
  • 7. Compte My NCBI : filtres d’accès  ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP  ifrbinslib : articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm
  • 7. Compte My NCBI : filtres d’accès JUBIL : articles parus dans des revues accessibles via les abonnements de la BUPMC Revues en ligne signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Revues imprimées signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX : privilégiez ce dernier pour l’accès au texte intégral (et aux autres services qu’il propose)
  • 7. Compte My NCBI : filtres Properties Possibilité d’utiliser simultanément 15 filtres maximum sur PubMed
  • 7. Compte My NCBI : paramétrer l’interface Autocomplétion Affichage des résultats de recherche
  • Interroger PubMed autrement? LigerCat - http://ligercat.ubio.org/articles Interrogation par recherche simple et nuage de mots MeSH