• Save
NGS現場の会第2回_アメリエフ株式会社_SNVフィルタリング
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Like this? Share it with your network

Share
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Be the first to comment
No Downloads

Views

Total Views
3,074
On Slideshare
2,129
From Embeds
945
Number of Embeds
2

Actions

Shares
Downloads
0
Comments
0
Likes
1

Embeds 945

http://blog.amelieff.jp 940
http://webcache.googleusercontent.com 5

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
    No notes for slide

Transcript

  • 1. Exome解析における偽陽性SNVのフィルタリング 2012年5月24日 アメリエフ株式会社 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved
  • 2. G a l a x y ( h t t p : / / g a l a x y . p s u . e d u / ) と は • オープンソースの解析環境 • 米ペンシルバニア州立大学と米エモリー大学が開発・公開 • 解析をWebブラウザ上から実行できる • 作業記録が残せ、定型作業をワークフローとして保存できる • 定番のバイオ解析ツールの多くが既にGalaxy上に搭載されている • インターネット上で公開Galaxyサーバを使える • お客様のサーバに専用のGalaxyを構築することも可能! • インターネット上に出したくないデータが解析できる • データをサーバにアップロードする時間が短縮できる • 任意のツールを組み込むことができる2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 2
  • 3. G a l a x y 上 の R e s e q 解 析 例 1. リードデータ(Paired-end)をアップロード 2. リードのクオリティチェック 3. リードをリファレンスゲノムにマッピング 4. SNV/InDel検出 5. SNV/InDel絞り込み 6. アノテーション2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 3
  • 4. リ ー ド デ ー タ ( F o r w a r d 側 ) を ア ッ プ ロ ー ド す る ファイルの種類 リードデータのファイルを指定 ゲノムを指定2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 4
  • 5. リ ー ド デ ー タ ( F o r w a r d 側 ) が ア ッ プ ロ ー ド 完 了 作業記録 ファイルの内容2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 5
  • 6. リ ー ド デ ー タ ( R e v e r s e 側 ) も 同 様 に ア ッ プ ロ ー ド 完 了 作業記録 ファイルの内容2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 6
  • 7. リ ー ド デ ー タ ( F o r w a r d 側 ) の ク オ リ テ ィ を チ ェ ッ ク リード(Forward側)を指定2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 7
  • 8. リ ー ド デ ー タ ( F o r w a r d 側 ) の ク オ リ テ ィ チ ェ ッ ク 結 果 作業記録 再実行アイコンを クリック チェック結果2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 8
  • 9. リ ー ド デ ー タ ( R e v e r s e 側 ) の ク オ リ テ ィ を チ ェ ッ ク 【 F o r w a r d 側 の 作 業 記 録 を 再 利 用 し て 実 行 】 リード(Reverse側)を選択2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 9
  • 10. リ ー ド デ ー タ ( R e v e r s e 側 ) の ク オ リ テ ィ チ ェ ッ ク 結 果 作業記録 チェック内容2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 10
  • 11. リ ー ド デ ー タ を リ フ ァ レ ン ス ゲ ノ ム に マ ッ ピ ン グ す る リファレンスゲノムを選択 Single-endかPaired-endかを選択 リード(Forward側)を選択 リード(Reverse側)を選択2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 11
  • 12. リ ー ド デ ー タ を リ フ ァ レ ン ス ゲ ノ ム に マ ッ ピ ン グ 完 了 作業記録 マッピング結果2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 12
  • 13. マ ッ ピ ン グ 結 果 の フ ォ ー マ ッ ト を 変 換 す る ( S A M フ ォ ー マ ッ ト → B A M フ ォ ー マ ッ ト ) マッピング結果(SAMファイル)を選択2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 13
  • 14. マ ッ ピ ン グ 結 果 の フ ォ ー マ ッ ト が 変 換 完 了 ( S A M フ ォ ー マ ッ ト → B A M フ ォ ー マ ッ ト ) 作業記録2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 14
  • 15. マ ッ ピ ン グ 結 果 ( B A M 変 換 後 ) を 保 存 す る 保存アイコンを クリック マッピング結果(ソート済みBAM)およびインデックスファイルがダウンロードできる2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 15
  • 16. マ ッ ピ ン グ 結 果 ( B A M 変 換 後 ) を ビ ュ ー ア で 閲 覧 ゲノム上のポジション マッピング結果 既知遺伝子2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 16
  • 17. S N V / I n D e l を 検 出 す る2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 17
  • 18. S N V / I n D e l 検 出 結 果 作業記録 マッピング結果2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 18
  • 19. そ の 他 必 要 な ツ ー ル を 組 み 込 む こ と が 可 能 ・ リ ー ド の ク リ ー ニ ン グ と Q C を 一 括 で 実 行 す る ツ ー ル ・ S N V / I n D e l フ ィ ル タ リ ン グ ・ ア ノ テ ー シ ョ ン ツ ー ル 他 弊社ツール リードQC・ クリーニング ツール GATK、Picard など 弊社ツール フィルタリング・ アノテーション ツール2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 19
  • 20. 弊 社 ツ ー ル の 組 み 込 み イ メ ー ジ 解析に応じた細かいカスタマイズが可能です! Forward側とReverse側のリードを指定 リードあたり含んでよいN数の閾値 除外したリードを出力するかどうか2012/5/24 Copyright © Amelieff Co. Ltd. All Rights Reserved 20