Noprianto garlic

413 views
372 views

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
413
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
2
Actions
Shares
0
Downloads
2
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Noprianto garlic

  1. 1. Tutorial GTK garlic Visualisasi Molekul dengan garlic garlic, free molecular visualization program, bisa menjalankannya dengan perintah protein structure, DNA structure, PDB, mo- garlic. Dan sebuah window pun akan lecular rendering, biological macromolecule, dihadirkan kepada Anda. Sebuah unix, linux, free software download, open antarmuka yang menyebalkan apabila source software, Damir Zucic. kita belum menyelam ke dalamnya, dan harus diakui sebagai antarmuka yang H arus diakui bahwa sekolah- lebih lebih stabil daripada program luar biasa seiring dengan penggunaan. sekolah di Indonesia kebanyakan molekular lainnya, menurut sang (Hampir) semua dari kontrol program menggantungkan dirinya kepada pembuat, DR. Damir Zucic. Segala garlic dapat dilakukan dengan program-program yang proprietary. visualisasi yang Anda buat akan menggunakan keyboard. Hampir semua Bahkan terkadang sampai kalangan membuat Anda terus, terus, terus, dan perintah dapat diberikan dalam bentuk beberapa universitas pun berpendapat terus ingin mencipta, dengan bantuan pendek tiga karakter. Berikut ini kita bahwa software proprietary adalah solusi garlic. Mari... akan melihat perintah-perintah alam yang terbaik untuk komputasi, garlic. mengingat tren pasar dan ketersediaan garlic dan cara ADD ADD Melakukan ekspansi pada. dukungan dari vendor. Sebagai penggunaannya seleksi yang sedang aktif. pendukung free software, alangkah garlic lahir pada akhir bulan September ANG ANGLE Mendefinisikan derajat. baiknya apabila kita mampu menerobos 1998, ketika sang penciptanya ATO ATOMS Mengubah gaya penggam- ke setiap pelosok ilmu pendidikan dan memerlukan visualisator yang baik baran untuk atom. meningkatkan produktivitas dengan untuk gambar molekul. Bosan mencoba- BAC BACKBONE menggunakan free software tersebut. coba dengan RasMol, akhirnya sang Menggambar tulang belakang Tulisan kali ini akan menerobos ke jenius ini mempelajari pemrograman X (backbone). bidang ilmu yang mempelajari molekular dan mempersembahkan garlic sebagai BACKG BACKGROUND dan memperkenalkan garlic untuk proyek pertamanya yang serius. Nama Mengubah warna latar meningkatkan daya kreasinya. garlic dapat diartikan sebagai sebuah inti belakang window utama. Ya, Anda dapat menggunakan garlic yang dilengkapi dengan berbagai BG BACKGROUND untuk memvisualisasikan molekul, pelengkap di luarnya, kurang lebih sama Sama seperti BACKG. struktur protein, struktur DNA, seperti bawang putih. garlic juga dapat BON BONDS Mengubah gaya makromolekul biologi dan hal sejenis diartikan sebagai singkatan dari GNU, penggambaran rangka. lainnya dalam suatu antarmuka yang Analysis and Rendering, LInux, serta C CAT CATCH Mengaktifkan suatu struktur. mudah. Jauh lebih mudah apabila Anda (bahasa C). CEN CENTER Mengubah sistem koordinat menggunakan program pengolah citra Anda bisa mendapatkan garlic di internal. ataupun pengolah vektor untuk situsnya, http://pref.etfos.hr/sources/ COL COLOR Mengatur warna. membuatnya secara manual. Dan jauh garlic/. Anda bisa membaca petunjuk COM COMPARE langkah demi langkah Membandingkan dua sekuens. untuk melakukan DIS DISCARD Mengabaikan perubahan pada kompilasi yang telah struktur. ditulis dengan sangat DOC DOCK Menyiapkan dua struktur baik. Apabila untuk docking. menggunakan Debian, EXE EXECUTE Menjalankan script garlic. Anda dapat EXI EXIT Keluar dari sesi garlic. memberikan perintah EXP EXPAND Sama seperti ADD. apt-get install garlic FAD FADING Mengubah parameter color garlic-doc. garlic telah fading. dimasukkan sebagai FG FOREGROUND paket standar dari Mengubah warna window distro Debian GNU/ utama. Linux. FON FONT Mengubah font. Asumsikan garlic FOREG FOREGROUND Gambar 1. Antarmuka garlic telah terinstalasi, Anda Sama seperti FG. 50 INFOLINUX MEI 2003 www.infolinux.web.id
  2. 2. Tutorial garlic Tutorial GTK HID HIDE Menyembunyikan atom yang Memanipulasi buffer. 1 Memindahkan kembali permukaan telah dipilih. SHO SHOW Menampilkan atom terpilih. slab pada sumbu sesuai arah positif. HYB HYBONDS Membuat tulang-tulang SLA SLAB Mengubah parameter slab. 2 Melakukan rotasi pada struktur hidrogen. SSB SSB Mengubah gaya searah jarum jam pada sumbu x. IGN IGNORE Tidak melakukan apa-apa. penggambaran untuk rangka 3 Memindahkan kembali permukaan LAB LABELS Menampilkan label. disulfida. slab pada sumbu z sesuai arah: LOA LOAD Membuka file. STE STEREO Mengubah ke modus steroe. negatif. LOG LOG menulis perintah ke dalam TAG TAG Meng-assign tag untuk suatu 4 Melakukan rotasi pada struktur file log. struktur. searah jarum jam pada sumbu y. MON MONO Berpindah ke modus mono. TAK TAKE Sama seperti CATCH. 5 Memindahkan struktur pada sumbu MOV MOVE Mendefinisikan object yang TBG TEXT_BACKGROUND z sesuai arah positif. ingin dipindahkan. Mengubah warna teks latar. 6 Melakukan rotasi berlawanan arah NEI NEIGHBORHOOD TFG TEXT_FOREGROUND jarum jam pada sumbu y. Menampilkan atau menyem- Memeriksa warna teks. 7 Melakukan rotasi berlawanan arah bunyikan object tetangga. TIT TITLE Menambahkan judul ke jarum jam pada sumbu z. PAU PAUSE Melakukan pause (untuk window utama. 8 Melakukan rotasi berlawanan arah eksekusi script). TRA TRANSLATE jarum jam pada sumbu x. PLA PLANE Manipulasi plane. Menerjemahkan struktur. 9 Melakukan rotasi searah jarum jam PLO PLOT Melakukan plot untuk VEN VENN Menggambar diagram Venn. pada sumbu z. averaged hydrophob. WHE WHEEL Menggambar roda helikal. delete Memindahkan permukaan slab yang POS POSITION Memindahkan struktur ke WIN WINDOW Mengatur lebar sliding pada dekat pada sumbu z sesuai arah lokasi tertentu. window. positif. QUI QUIT Sama seperti EXIT. enter Memindahkan permukaan slab yang RAD RADIUS Mendefinisikan ukuran jari- Setiap perintah tersebut dapat dekat pada sumbu z sesuai arah jari bola. diketikan setiap saat. Selain perintah negatif. RAM RAMACHANDRAN pada garlic, ada baiknya bagi kita untuk / Memindahkan struktur ke kiri. Menggambar plot mengetahui tombol-tombol keyboard * Memindahkan struktur ke kanan Ramachandran. yang dapat digunakan untuk - (minus) memindahkan struktur ke REA READ Sama seperti LOAD. mempercepat navigasi. Anda juga bisa atas REG REGISTER Melakukan registrasi garlic. menggunakan mouse dan mengklik pada + (plus) memindahkan struktur ke RES RESTRICT Membatasi seleksi aktif. tombol yang tersedia. Untuk bawah. ROT ROTATE Melakukan rotasi atas penggunaan keyboard, garlic F1 Memindahkan permukaan warna struktur. menggunakan tombol fungsi (F1, F2...) belakang pada sumbu z sesuai arah SAV SAVE Menyimpan ke dalam file. dan keypad yang terletak di bagian kanan positif. SCA SCALE Memilih skala hydrophobicity. keyboard. Berikut ini adalah referensi F2 Memindahkan permukaan warna SEL SELECT Memilih atom. singkat untuk navigasi menggunakan belakang pada sumbu z sesuai arah SEQ SEQUENCE keyboard. negatif. Gambar 2. Membuka struktur dari file Gambar 3. Merotasikan struktur www.infolinux.web.id INFOLINUX MEI 2003 51
  3. 3. Tutorial GTK garlic Gambar 4. Memindahkan struktur Gambar 5. Mendekatkan struktur Gambar 6. Memodifikasi ukuran rangka Gambar 7. Mengubah gambar atom menjadi gambar bola F3 Memindahkan permukaan warna Mulai! Mulai! Mulai! apabila distro Anda meletakkannya depan pada sumbu z sesuai arah Berikut ini kita akan memodifikasi sebuah di tempat yang berbeda. Perhatikan positif. struktur asam amino tunggal yang juga prefix kompilasi apabila Anda F4 Memindahkan permukaan warna disediakan dalam bentuk yang sangat melakukan kompilasi sendiri. Berikan depan pada sumbu z sesuai arah sederhana menjadi bentuk visualisasi perintah: negatif. yang mencengangkan! Anda bisa loa /usr/share/doc/garlic/examples/ Escape Kembali ke modus penggambaran melupakan mouse untuk sementara. trp.pdb utama. Setiap langkah akan melibatkan penggunaan tombol-tombol keyboard. Sekarang, seharusnya area kerja Efek dari kontrol-kontrol tersebut Langkah-langkahnya adalah: garlic Anda telah menampilkan masih dapat dimodifikasi ukurannya 1 . Jalankan garlic. Setelah dijalankan, sebuah struktur asam amino. (lihat dengan tombol pengubah berikut ini: garlic akan menampilkan sebuah Gambar 2.) shift besar window. 3 . Bermain-mainlah dengan tombol alt_shift besar sekali 2 . Kita perlu menggunakan sebuah 4,6,2 dan 8 untuk melakukan rotasi. control kecil struktur yang telah disediakan garlic. Anda juga dapat menggunakan shift_control kecil sekali Untuk itu, kita perlu membuka perintah rot untuk merotasikan sebuah file dengan nama trp.pdb. struktur. Contoh penggunaan Sehingga penekanan alt_shift / akan File tersebut umumnya terletak di / perintah rot adalah: rot x 90 untuk memindahkan struktur ke kiri dalam jarak usr/share/doc/garlic/examples/. merotasikan struktur sebesar 90 yang sangat besar. Cobalah mencari ke lokasi lain derajat pada sumbu x. Setelah 52 INFOLINUX MEI 2003 www.infolinux.web.id
  4. 4. Tutorial garlic Tutorial GTK Gambar 8. Memberikan kesan membara pada atom Gambar 9. Penambahan plane dan label mencoba, kembalikanlah struktur 8 . Sekarang kita dalam pandangan awal. (lihat akan bermain- Gambar 3.) main dengan 4. Bermain-mainlah dengan tombol / warna. Anda ,*,- dan + untuk melakukan bisa mencoba perpindahakan posisi struktur. Anda untuk dapat pula menggunakan perintah memberikan pos untuk memindahkan struktur ke perintah col posisi yang spesifik. Contoh dengan nilai- penggunaan pos adalah: pos 0 0 0 nilai berikut yang akan memindahkan struktur ke sebagai tengah-tengah layar. Setelah selesai parameternya: mencoba, berikan perintah pos 0 0 red, green, 0. (lihat Gambar 4.) blue, yellow, 5. Berikan perintah pos 0 0 -120 cyan, magenta, untuk mendekatkan struktur ke mata white, yellow- Gambar 10. Sentuhan personal struktur asam amino kita. (lihat Gambar 5.) green, cyan- 6. Berikan perintah bon 0 untuk grezen, cyan-blue, magenta-blue, melakukan loa sebanyak jumlah struktur menggambar rangka dengan ukuran magenta-red, orange, hot, cold, cpk. apabila semuanya disimpan di dalam pixel 0. Karena digambar dengan Setelah mencoba-coba, berikan file. Kemudian berikan perintah cat ukuran pixel 0, maka rangka menjadi perintah col hot. (lihat Gambar 8.) <n> untuk memilih struktur dimana n tidak kelihatan. Anda juga bisa 9 . Sebagai sentuhan akhir, berikan adalah nomor urut struktur dimulai dari mencoba ukuran rangka yang lain perintah plane dan label. Bagaimana 1. Setelah berhasil memilih suatu dengan memberikan nilai dari 0 pendapat Anda tentang struktur struktur, Anda bebas untuk sampai 5 untuk perintah bon. asam amino kita sekarang? memodifikasinya seperti langkah- Setelah mencoba-coba, berikan Bagaimana perbandingan dengan langkah sebelumnya. Untuk keluar tanpa perintah bon 4. (lihat Gambar 6.) gambar awal? (lihat Gambar 9.) menyimpan Anda bisa menggunakan 7. Berikan perintah ato bal untuk 10. Kreasikan struktur asam amino perintah dis all. Untuk menyimpan menggantikan gambar atom menjadi Anda dengan menekan tombol F1, berikan perintah sav. gambar bola. Untuk memperindah F2, F3, dan F4. Jadikanlah ini Bagaimana kesan Anda tentang gambar atom, Anda mungkin sebagai sentuhan personal Anda program ini? Belajar kimia dan biologi menginginkan parameter ba2 untuk yang penuh kreativitas! (lihat menjadi lebih menyenangkan ? Mari kita perintah ato. Selain bal dan ba2, Gambar 10.) buktikan bahwa sekolah akan lebih Anda bisa juga mencoba big, bi2, menyenangkan apabila kita menggu- spa, sp2. Setelah mencoba-coba, Berikut ini adalah petunjuk bagi Anda nakan sistem operasi GNU/Linux dan berikan perintah ato ba2. (lihat yang ingin bekerja dengan beberapa free software lainnya. Salam. Gambar 7.) struktur sekaligus. Anda harus Noprianto (noprianto@infolinux.co.id) www.infolinux.web.id INFOLINUX MEI 2003 53

×